| Page | Description | Tags |
| Ble |
Bleはブレオマイシン活性を抑えるブレオマイシン耐性遺伝子。
Gene Accession X52869 InterPro Bleomycin resistance protein family
PDB
*
*
酵素,
抗生物質,
Jmol,
InterPro,
PDB… |
酵素,
抗生物質,
Jmol,
InterPro,
PDB |
| GCN4-bZIP |
ロイシンジッパーと塩基性へリックス(bZIP)とDNAの完全な複合体の結晶構造解析。
PDB,
DNA結合タンパク質 |
PDB,
DNA結合タンパク質 |
| Molecule of the Month in 2005 |
<- Molecule of the Month2004 - Molecule of the Month2006->
Molecule of the Month - 2005 by D.S. Goodsell
* Phenylalanine Hydroxylase by D.S. Goodsell and … |
Protein,
PDB |
| Molecule of the month 2000 |
Molecule of the Month2001->
Molecule of the Month - 2000 by D.S. Goodsell
* Myoglobin
* Bacteriophage phiX174
* DNA Polymerase
* Collagen
* Cytochrome… |
Protein,
PDB |
| Molecule of the month 2001 |
<- Molecule of the Month2000 - Molecule of the Month2002->
Molecule of the Month - 2001 by D.S. Goodsell
* Alcohol Dehydrogenase
* Insulin
* Transfer RN… |
Protein,
PDB |
| Molecule of the month 2002 |
<- Molecule of the Month2001 - Molecule of the Month2003->
Molecule of the month 2002
Molecule of the Month - 2002 by D.S. Goodsell
* Thrombin
* Nitrog… |
Protein,
PDB |
| Molecule of the month 2004 |
<- Molecule of the Month2003 - Molecule of the Month2005->
Molecule of the Month - 2004
by D.S. Goodsell
* The Glycolytic Enzymes
* The Calcium Pump
* … |
Protein,
PDB |
| Molecule of the month in 2003 |
<- Molecule of the Month2002 - Molecule of the Month2004->
Molecule of the Month - 2003 by D.S. Goodsell
* Serum Albumin by D.S. Goodsell
* Potassium Cha… |
Protein,
PDB |
| Nucleosome |
PDB entry
PDB |
PDB |
| PDB category |
<- Japanese
This category (namespace) is a space for the PDB files. You can read the PDB files from any pages using Jmol plugin in the Symplus Wiki. You can … |
PDB,
chemistry |
| PDBカテゴリ |
日本語|English
このカテゴリは、PDBファイルをアップロードするための場所です。このカテゴリに圧縮したPDBファイルをアップロードしておけば、このWiki内の他ページで分子モデルビューワーJmolで表示出来るようになります。… |
Index,
Jmol,
PDB,
書き方 |
| Pfu DNAリガーゼ |
好熱細菌 Pyrococcus furiosus (Pfu)のDNAリガーゼ。
PDB
酵素,
PDB,
JMol,
PCR |
酵素,
PDB,
JMol,
PCR |
| SV40 |
ウィルス粒子は、単純かつ巧妙な構造を持っている。SV40は 5243塩基 の環状DNAを格納できる殻を、1種類のキャプシドタンパク質360個で組み上げてしまう。
* 今月の分子2003
* Simian Virus 40… |
構造タンパク質,
ウィルス,
PDB |
| Taq DNA ポリメラーゼI |
好熱細菌Thermus aquaticus(Taq)のDNAポリメラーゼI。高温でも活性を失わないため、PCRに利用される。
PDB
Taq DNA ポリメラーゼ/DNAの複合体結晶構造
* PCR
* Pfu DNA ligase
酵素,
PDB,
JMol,
PCR… |
酵素,
PDB,
JMol,
PCR |
| jmol.jsコードを利用する |
Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。
CPKモデルのオプション
<jmol pro.pdb.gz 200 200>
jmolBr();
jmolRadioGroup([
"s… |
Jmol,
PDB,
書き方 |
| jmol.jsコードを利用する |
<- PDBトップ
Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。
CPKモデルのオプション
<jmol pro.pdb.gz 200 200>
jmolBr();
jmolRadioGr… |
Jmol,
PDB,
書き方 |
| アナボリックステロイド (Anabolic Steroids) |
アナボリックステロイドは、テストステロン様の構造で筋肉増強剤として使用されている。このステロイドには、男性ホルモンとしての役割(胚の成長・分化への作用や思春期のテストステロン濃度の上昇)と、同化作用(筋肉中のタンパク質合成・血球の生成・性機能の形成)がある。… |
PDB,
ステロイド,
ホルモン |
| アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼ |
アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼは、ATPからネオマイシン骨格にリン酸を転移させる酵素。この酵素の遺伝子を持つ細胞は、抗生物質であるカナマイシン,ネオマイシン,G418存在下で生存できる。… |
酵素,
抗生物質,
InterPro,
PDB |
| ウマ心臓ミオグロビン |
PDB:1WLA
*
*
jmolBr();
jmolButton("
select all; spacefill off; wireframe off;
cartoon; color cartoon chain;
select liga… |
PDB,
JMol |
| クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT) |
日本語 English
クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼは、アセチルCoAのアセチル基をクロラムフェニコール(Cm)の水酸基へ転移させる酵素。アセチル化されたCmはリボソーム50Sサブユニットに結合できなくなる。… |
酵素,
抗生物質,
PDB,
InterPro |
| サイズの指定(Jmol) |
<- PDBトップ
サイズの指定(Jmol)
ページのレイアウトや分子の大きさによって、アプレットの大きさを指定したい時があります。
その時は、ファイル名の後に、幅と高さを指定します。… |
Jmol,
PDB,
書き方 |
| チミンダイマー |
チミン シトシン
チミンやシトシンは、紫外線を吸収するとピリミジン環の二重結合が開裂して、DNA2重らせん上の隣の塩基同士で共有結合を形成することがある。特によく見られるのが隣り合うチミン同士が結合する「チミンダイマー」である。… |
PDB,
核酸,
光化学 |
| チログロブリン |
チログロブリンは甲状腺に特有の大きな糖タンパク質で、甲状腺ホルモンであるチロキシン(T4)やトリヨードチロニン(T3)の前駆体である。 (InterPro)
PDB entry
PDB,
InterPro,
ホルモン,
甲状腺,
糖タンパク質… |
PDB,
InterPro,
ホルモン,
甲状腺,
糖タンパク質 |
| デオキシリボ核酸 (DNA) |
構造
ヒトを作るのに必要な遺伝情報は、このDNA分子に収められた1.5GB。
* DNA - RCSB Molecule of the month
DNA,
PDB,
核酸 |
DNA,
PDB,
核酸 |
| トロンビン |
血液には緊急補修のための「血液凝固システム」を持っている。その中心的な役割を果たすのがトロンビンである。このタンパク質は、フィブリノーゲン繊維をつなぎ合わせて血液の漏れをせき止める。… |
タンパク質,
PDB,
血液 |
| ニトロゲナーゼ |
空気中の75%を占める窒素分子は、化学的な安定性が高いために窒素原子に分けることがとても難しい。バクテリアのニトロゲナーゼ酵素は、この難しい反応を行い、生物が使いやすい分子として窒素を固定化する。… |
酵素,
窒素,
細菌,
PDB |
| ヌクレオソーム |
核内でDNA二重鎖を折りたたんでいるタンパク質複合体。DNAを物理的、化学的な損傷から守っている。
コアヒストンはH2Ax2, H2Bx2, H3x2, H4x2の8量体であり、この周りに146塩基のDNAが巻きつき、ヌクレオソームを形成する。ヌクレオソームあたり200塩基対のDNAが含まれ、粒径は約11nmである。… |
核酸,
タンパク質,
核内タンパク質,
PDB |
| バクテリオファージφx174 |
細菌(バクテリア)に感染するファージの一つ。立体構造としては、PDBデータベースの記念すべき10000番目のエントリで、データベースの中でも飛びぬけて巨大な構造。420本のポリペプチド鎖からなり、50万個を越える原子をもつ。… |
構造タンパク質,
ファージ,
PDB |
| ヘマグルチニン |
ヘマグルチニンは、ウィルス表面に生えている2種類のポリペプチド鎖からなるタンパク質。ヒトの細胞表面の糖鎖を特異的に認識・結合し、ヒトの細胞膜とウィルス表面を近づけて感染を開始する。… |
ウィルス,
PDB |
| ポリオウィルス |
* 今月の分子2001
* Poliovirus and Rhinovirus - RCSB PDB 'Molecule of the month'
* ライノウィルス
ウィルス,
PDB |
ウィルス,
PDB |
| ライノウィルス |
* 今月の分子2001
* Poliovirus and Rhinovirus - RCSB PDB 'Molecule of the month'
* ポリオウィルス
ウィルス,
PDB |
ウィルス,
PDB |
| ラクタマーゼ |
βラクタマーゼ
* interpro>IPR001466 InterProエントリ(タンパク質ファミリー)
* brendaec>3.5.2.6 Brendaエントリ(酵素データベース)
* ペニシリン
* アンピシリン
酵素,
PDB,
JMol… |
酵素,
PDB,
JMol |
| 今月の分子 |
PDB(タンパク質構造データベース)を運営しているRCSBでD.S. Goodsellが月に一回ある分子の構造を選んで解説しているページ。豊富なイラストとともにタンパク質の機能について分かりやすく解説されている。… |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2000 |
RCSB PDBサイトで2000年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2000 by D.S. Goodsell
* Myoglobin - ミオグロビン
* Bacteriophage phiX174 - バクテリオファージφX174
* DNA Polymera… |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2001 |
RCSB PDBサイトで2001年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2001 by D.S. Goodsell
* Alcohol Dehydrogenase - アルコールデヒドロゲナーゼ
* Insulin - インシュリン
* Transfer RNA - … |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2002 |
今月の分子2002
RCSB PDBサイトで2002年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2002 by D.S. Goodsell
* Thrombin - トロンビン
* Nitrogenase - ニトロゲナーゼ
* Bacteriorhodopsin - … |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2003 |
RCSB PDBサイトで2003年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2003 by D.S. Goodsell
* Serum Albumin - 血清アルブミン
* Potassium Channels - カリウムチャンネル
* lac Repressor -… |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2004 |
RCSB PDBサイトで2004年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2004
by D.S. Goodsell
* The Glycolytic Enzymes
* The Calcium Pump
* Growth Hormone by D.S. Goodse… |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2005 |
RCSB PDBサイトで2005年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2005
by D.S. Goodsell
* Phenylalanine Hydroxylase - フェニルアラニンヒドロキシラーゼ
* Major Histocompatibility Co… |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2006 |
RCSB PDBサイトで2006年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2006
by D.S. Goodsell
* Topoisomerases
* Alpha-amylase
* Tissue Factor
* Hemagglutinin
* Glucose… |
PDB,
データベース |
| 今月の分子2007 |
RCSB PDBサイトで2007年に紹介された、「今月の分子」
Molecule of the Month - 2007 by D.S. Goodsell
* Importins
* Exosomes
* Zinc Fingers
* Clathrin by G.T. Johnson and D.S. G… |
PDB,
データベース |
| 干渉RNA (siRNA) |
短い二重鎖RNAであるsiRNAが細胞に導入されると、狙った遺伝子のmRNAを効果的に壊すことができる。これは、特定の遺伝子の機能を調べるときに非常に役に立つだけでなく、この機能を病気の治療に利用できる可能性がある。… |
RNA,
PDB |
| 概日時計タンパク質 |
生物には、1日の長さを知るための仕組みを備えていて、これを概日時計と呼ぶ。シアノバクテリアで見つかった単純な仕組みには、3つのタンパク質がかかわっており、タンパク質の合成と分解のサイクルの時間が制御されている。… |
細菌,
タンパク質,
PDB |
| 読込ボタンを追加する |
<-PDBトップ
PDBファイルが大きい場合や、一つのページにたくさんのアプレットがあると、すべてが読み込まれるまでに時間がかかってしまいますね?その場合は、ボタンを押した後に読み込むようにしておくと良いでしょう。サイズ指定の後に、ボタン表示をtrue(真)にします。… |
Jmol,
PDB,
書き方 |
| 뉴클레오솜 |
핵내에서의 DNA 이중사슬을 폴딩하고 있는 단백질 중합체. DNA를 물리적, 화학적 손상으로부터 지킨다.
중심 히스톤은 H2Ax2, H2Bx2, H3x2, H4x2의 8량체이고, 그 주위에 146염기 의 DNA가 감겨서 뉴클레오솜을 형성한다. 뉴클레오솜 당 200잔기의 DNA가 내포되어… |
핵산,
단백질,
핵내단백질,
PDB |
| 2006 |
<- Molecule of the Month2005 - Molecule of the Month2007->
Molecule of the Month - 2006 by D.S. Goodsell
* Topoisomerases
* Alpha-amylase
* Tissue Facto… |
Protein,
PDB |
| 2007 |
<- Molecule of the Month2006
Molecule of the Month - 2007 by D.S. Goodsell
* Importins
* Exosomes
* Zinc Fingers
* Clathrin by G.T. Johnson and D.S. Go… |
Protein,
PDB |