http://biowiki.symplus.com/ 2010-09-05T10:31:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/ http://biowiki.symplus.com/lib/images/favicon.ico text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%CE%B1%E3%82%B1%E3%83%88%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%AB%E9%85%B8?rev=1264296987&do=diff 2位にオキソ基をもつ1,5-ペンタンジカルボン酸。多くの代謝反応に関わる。 * アミノ酸 化学構造, 代謝反応 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%CE%B1-%E3%83%AA%E3%83%8E%E3%83%AC%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296987&do=diff 植物に含まれる必須脂肪酸で、プロスタグランジンの代謝反応に関わる。 化学構造, 植物, 必須脂肪酸, 脂肪酸 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%CE%B3-%E3%83%AA%E3%83%8E%E3%83%AC%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296987&do=diff 必須脂肪酸の一つでプロスタグランジンの前駆体。酵素によってジホモ-γ-リノレン酸に変換される。 化学構造, 必須脂肪酸, 脂肪酸 text/html 2010-02-24T12:36:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%82%E3%81%AE%E3%81%95%E3%81%97?rev=1266982607&do=diff 細胞や生体分子の大きさは、それらの特徴や機能を知る上で重要となります。このページでは、生物に関係する様々なもののスケールを集めています。 細胞・ウィルス・ファージ・器官 m 名前 大きさ 部位・位置 10-4 ヒト卵子 140 μm 直径 ヒト精子 60 μm 直径 10-5 リンパ球 ≈10 μm 直径 赤血球 7-8 μm 直径 葉緑体 4-8 μm 直径 大腸菌 2-4 μm 長さ … text/html 2010-03-08T21:25:56+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%AC%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%82%B2%E3%83%AB?rev=1268051156&do=diff アガロースゲルは数kbpのDNAの電気泳動や、分子量の大きなタンパク質の分離・精製に用いられる。より小さなDNAの分離にはポリアクリルアミドゲルが用いられる。 アガロースの濃度とDNAの分画範囲 アガロース % (w/v) DNA (kbp) in TAE DNA (kbp) in TBE 0.3 5.0 - 60 0.6 1.0 - 20 0.9 - 20 0.8 0.8 - 10 0.5 - 9.0 1.0 0.4 - 8.0 0.3 - 7.0 1.2 0.4 - 6.0 0.2 - 5.0 1.5 0.2 - 3… text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296987&do=diff 細胞の形や内部構造を支える構造タンパク質。都市の構造や交通を支えるように、細胞の形や細胞内の情報経路もアクチンフィラメントでくみ上げられている。アクチンは、動物細胞、植物細胞、菌類の細胞内インフラストラクチャーとして情報の伝達や物資の輸送などを支えるタンパク質である。 text/html 2010-03-08T12:32:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1268019147&do=diff アクリロニトリルの水和から得られる無色・無臭で高い水溶性のビニルモノマー。実験室での電気泳動やクロマトグラフィーや、電子顕微鏡観察、汚水処理に用いられる。 ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)のモノマーとして知られる。神経毒のため取り扱いに注意を要する（icscja>0091）。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%AD%E3%83%8B%E3%83%88%E3%83%AA%E3%83%AB?rev=1264296987&do=diff プラスチックや接着剤、化学ゴムの製造で広く使われる。毒性の高い化合物。 * MeSH: mesh>68000181 | * 化学物質安全性: あらゆる接触を避ける - icscja>0092 * アクリルアミド 毒, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%B3%E3%83%8B%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296987&do=diff アコニターゼは、カルボン酸サイクルでクエン酸をイソクエン酸に異性化する。 この酵素は多機能酵素で、鉄イオン濃度が低くなると鉄制御タンパク質Iとなって細胞内の鉄イオン濃度をあげる機能も持っている。 text/html 2010-01-31T11:31:09+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%82%B3%E3%83%AB%E3%83%93%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264905069&do=diff グルコースに類似した6炭素化合物。柑橘類の果実や多くの野菜に含まれる。還元型のアスコルビン酸は人間に必須の栄養素であり、組織と骨の接合に必要である（コラーゲンの生合成）。生物学的に活性な状態である、ビタミンCはいくつかの代謝経路で還元剤や補酵素として機能する。ビタミンCは抗酸化作用があると考えられる。 text/html 2010-05-23T20:04:05+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%A9%E3%82%AE%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1274612645&do=diff Aspartic acid, Asp, D 非必須アミノ酸の一つで、多くはL型で存在する。動物や植物に存在し、特にサトウキビやテンサイに多く含まれる。神経伝達物質としても働く。 Name L-Aspartic acid CAS No.56-84-8MeSH mesh>68001224 Molecular Formula Molecular Weight 133.103m.p.230-300℃pK1(25℃)1.99pK2(25℃)9.90pKR(25℃)3.90 text/html 2010-05-23T20:02:09+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%A9%E3%82%AE%E3%83%B3?rev=1274612529&do=diff Asparagine, Asn, N 非必須アミノ酸の一つで、神経や脳組織の細胞機能の代謝制御に関わる。アスパラギン酸とアンモニアからアスパラギンシンテターゼによって生合成される。 最初にアスパラガスから単離されたため、その名にちなんで命名された。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%82%BF%E3%82%BE%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1264296987&do=diff Sodium salt * 高血圧 - メルクマニュアル家庭版 22章 医薬, 利尿, 化学構造 text/html 2010-01-28T14:57:38+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%A8%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264658258&do=diff 筋肉細胞はシナプスで神経細胞からアセチルコリンを介して信号を受け取る。筋肉細胞の運動が終わったあとは、ずっと信号が入りっぱなしにならないように、アセチルコリンは分解されるか再吸収される必要がある。 アセチルコリンエステラーゼは神経細胞から放出されたアセチルコリンを分解する。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%83%AC%E3%82%BB%E3%83%97%E3%82%BF%E3%83%BC?rev=1264296987&do=diff 刺激を受けた神経細胞はシナプスで小さな有機分子、アセチルコリンを放出し、となりの細胞に信号を伝える。アセチルコリンレセプターがアセチルコリンを結合すると、レセプターのイオンチャンネルが開き、イオンが細胞膜を通過し、膜電位が変化する。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296987&do=diff 神経伝達物質。脊椎動物のアセチルコリンは、神経や筋肉、自律神経節、副交感神経、交感神経の一部分など、多くの中枢神経系で主要な伝達物質である。アセチルコリンは、コリンエステラーゼによってとても速く分解されるため、一般に投与薬として使われることはない。ただ、眼科的な応用には有用な場合がある。(MeSH: mesh>68000109) text/html 2010-04-06T12:57:31+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%80%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%B3?rev=1270526251&do=diff Related proteins * Adamantane text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%87%E3%83%8B%E3%83%AB%E9%85%B8%E3%82%B7%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296987&do=diff ATPを環状化してcAMPを合成する酵素。 Protein familyAdenylate cyclaseECbrendaec>4.6.1.1 PDB entry * ATP/cAMP * サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼ 酵素, ATP, 化学構造 text/html 2010-03-14T20:51:39+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%87%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1268567499&do=diff プリン塩基であり、アデニンヌクレオチドの基本骨格。 * 核酸 * プリン * Adenine プリン, 塩基 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%94%E3%83%B3?rev=1264296987&do=diff 最初にベラドンナから抽出されたアルカロイド。ナス科など、他の植物にも存在する。アセチルコリンと競合してレセプターに結合するため、硫酸塩は神経ガスの解毒剤としても用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%89%E3%83%AC%E3%83%8A%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%83%AC%E3%82%BB%E3%83%97%E3%82%BF%E3%83%BC?rev=1264296987&do=diff 私たちの体には、ウィルスやバクテリアの侵入後に働く防御機構だけでなく、危険を回避する本能的な機構も備えている。この機構のひとつが、エピネフリン(アドレナリン)ホルモンの分泌である。本能的に危険を感じた場合に、副腎から体全体にエピネフリンが分泌され、「危険だ」というメッセージを各組織が受け取る。エピネフリンの濃度の増加を細胞内へ伝えるのが、このアドレナリンレセプターである。… text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%8A%E3%83%9C%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%83%89?rev=1264296987&do=diff アナボリックステロイドは、テストステロン様の構造で筋肉増強剤として使用されている。このステロイドには、男性ホルモンとしての役割（胚の成長・分化への作用や思春期のテストステロン濃度の上昇）と、同化作用（筋肉中のタンパク質合成・血球の生成・性機能の形成）がある。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%93%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1264296987&do=diff 卵白に少量含まれるタンパク質で、補酵素であるビオチンをほぼ不可逆的に強く結合する。 * interpro>IPR005469 - Avidin family PDB アビジン・ビオチン text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%88%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%B3b%E3%82%A8%E3%83%9D%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%89?rev=1264296987&do=diff (aflatoxin B1-2,3-oxide) 化学構造, 毒 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%88%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%B3b?rev=1264296987&do=diff カビであるAspergillus flavusが産生するマイコトキシンで、肝臓に対する毒であり、肝臓がんを引き起こすことがある。変異原性、催奇性で、動物の免疫抑制を引き起こす。ピーナッツ・綿実食品・トウモロコシ・その他穀物に混入する。このマイコトキシンは活性化のためにアフラトキシンB1 2,3-oxideにエポキシ化が必要である(アフラトキシンBエポキシド)。ミクロソームモノオキシゲナーゼはこの毒素をより弱い代謝物、アフラトキシンM1,Q1に変換できる酵素である。… text/html 2010-01-28T14:51:53+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%88%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%B3m1?rev=1264657913&do=diff 4位が水酸化されたアフラトキシンBの代謝物で、ASPERGILLUSに汚染された食品に含まれるマイコトキシンのひとつ。肝障害や肝臓癌にかかわっており、P450の活性化を経てエポキシドによるDNAのアルキル化を引き起こす。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%88%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%B3q1?rev=1264296987&do=diff 化学構造, 毒 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E3%82%A2%E3%82%B7%E3%83%ABtrna%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%83%86%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296987&do=diff tRNAはリボソームに達する前にコドンに応じたアミノ酸と結合して準備されてなければいけない。また、コドンとアミノ酸の結合は正確でなければならない。アミノアシルtRNAシンテターゼは、コドンとアミノ酸の適合を担っている重要な酵素である。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%B3%E3%82%B7%E3%83%89%E3%83%95%E3%82%A9%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296987&do=diff アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼは、ATPからネオマイシン骨格にリン酸を転移させる酵素。この酵素の遺伝子を持つ細胞は、抗生物質であるカナマイシン,ネオマイシン,G418存在下で生存できる。 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E3%83%AC%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296987&do=diff スクシニルCoAとグリシンから生成される化合物で、ヘムの生合成の中間体。日光角化症の治療にも用いられる。(ALAと略される場合がある) アミノ酸, 代謝反応, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8?rev=1264296987&do=diff アミンとカルボン酸を有する有機分子。生体内では核酸でコードされる20種類のアミノ酸を含め、様々なアミノ酸が存在する。 遺伝子にコードされるアミノ酸 Amino acidAbbr.Amino acidAbbr.アラニンAla,AロイシンLeu,LアルギニンArg,RリジンLys,KアスパラギンAsn,NメチオニンMet,Mアスパラギン酸Asp,DフェニルアラニンPhe,FシステインCys,CプロリンPro,Pグルタミン酸Glu,EセリンSer,SグルタミンGln,QスレオニンThr,TグリシンGly,GトリプトファンTrp,WヒスチジンHis,HチロシンTyr,YイソロイシンIle,IバリンVal,V 分類 必須アミノ酸 生体内の代謝で新たに合成できないアミノ酸は摂取しなければならない。ヒトの場合、摂取しなければいけないアミノ酸は以下の8種類で、必須アミノ酸と呼ぶ。… text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296987&do=diff アミラーゼは多糖であるデンプンやグリコーゲンを分解する酵素。唾液や膵液に分泌される。 * Alpha-amylase - RCSB PDB 'Molecule of the month' 酵素, 消化, 糖 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%83%89_%E5%89%8D%E9%A7%86%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1264296987&do=diff アミロイドβ前駆タンパク質(APP)はさまざまな機能をもつ複雑なタンパク質で、老化した神経細胞に蓄積することが知られている。このタンパク質自体は体のどの細胞表面にも存在する膜タンパク質で、細胞内・細胞膜・細胞外にドメインをもつ。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%AD%E3%83%89%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296986&do=diff 多価不飽和脂肪酸で、必須脂肪酸のひとつ。動物細胞のリン脂質の構成要素で、動物やヒトの脂肪細胞にみられ、肝臓・脳・腺組織にも存在する。リン脂質やジアシルグリセロール、あるいは必須脂肪酸のリノレン酸から合成され、プロスタグランジン・トロンボキサン・ロイコトリエンの生合成に必要とされる。 text/html 2010-05-23T20:07:31+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1274612851&do=diff Alanine, Ala, A 側鎖がメチル基の非必須アミノ酸。グルタミン酸のアミノ基の転移によってピルビン酸から合成される。また、逆反応によって分解される。アラニンは細胞質に高濃度で存在している。糖や酸の代謝にもかかわり、免疫力の向上や、筋肉組織・脳・中枢神経系へのエネルギーの供給にもかかわる。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%83%88%E3%82%A4%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 尿や植物に見られる尿素-ヒダントインで、外皮用薬剤に用いられる。 Name Allantoin MeSH mesh>68000481 Molecular Weight 158.11544 g/mol Molecular Formula XLogP -2 化学構造, 代謝反応 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%AA%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 二重結合で結合した炭素2つを含む官能基。 身近な食物の強烈な匂いや味の成分として、硫黄原子とアリル基を含んだものが多い。 硫化アリル (allyl sulfide) ニンニクやタマネギの成分。切るときに涙が出る原因 text/html 2010-05-23T20:09:48+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%AE%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1274612988&do=diff Arginine, Arg, R 側鎖に塩基性のグアニジノ基をもつ必須アミノ酸。アンモニアから尿素を生成し、窒素を排泄する尿素サイクルでは、アルギニンを経て尿素とオルニチンが生成される。 語源は白い硝酸銀塩から、ラテン語の「白い、arginoeis」。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%87%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%82%B2%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff 肝臓でアルコールをアルデヒドに酸化する酵素。できたアルデヒドはさらにアルデヒドデヒドロゲナーゼに酸化されて酢酸となり、無毒化・資化される。 * 今月の分子2001 * Alcohol Dehydrogenase - RCSB PDB 'Molecule of the month' text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%88%E3%82%B7%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff アントシアニンは、フラボノールから派生したフラボノイド群の一つで、4位のケトン酸素がない。cyanidin, pelargonidin, delphinidinは、アントシアニンに糖が付加したものである。その結合によって植物の花が青、赤、紫といった色を発色する。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%94%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0%E5%A1%A9?rev=1264296986&do=diff 水溶性の高いアンピシリンのナトリウム塩。 * アンピシリン 化学構造, 抗生物質, 塩 text/html 2010-03-23T12:43:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%94%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1269315832&do=diff 細胞壁合成を阻害する抗生物質。ペニシリンから半合成され、広い範囲の抗菌スペクトルを示す。 Name Ampicillin MeSH mesh>68000667 Molecular Weight 349.406 g/mol Molecular Formula 耐性遺伝子 * アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼ * ラクタマーゼ * βラクタマーゼ - InterPro text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A7%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 強力な中枢神経刺激物で交感神経様作用薬。アンフェタミンは、アドレナリンとドーパミン吸収をブロックする作用、モノアミンの放出、モノアミンオキシダーゼの阻害などの作用がある。アンフェタミンは乱用薬物であり、幻覚発現薬である。L体は中枢神経への作用は少ないが、心臓血管作用は強い。D体はデクストロアンフェタミンと呼ばれる。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%86%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 南米ベネゼエラのオリノコ河の土壌から得られたStreptomyces nodosusが生産するマクロライド抗菌・抗生物質。真菌のエルゴステロールに結合し、細胞膜にポアを形成させる。実際に死に至らせる原因はいくつかあるようである。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%83%89?rev=1264296986&do=diff * メラミン添加によるペットフード原材料の擬装 - 愛知県衛生研究所　化学部 * メラミン * シアヌル酸 * アンメリド * アンメリン 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%A1%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff * メラミン添加によるペットフード原材料の擬装 （愛知県衛生研究所　化学部） * メラミン * シアヌル酸 * アンメリド * アンメリン 化学構造, 毒 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff * フェノール・クロロホルム抽出 * 化学物質安全性カード - 国立医薬品食品衛生研究所 溶媒 text/html 2010-04-09T19:32:48+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1270809168&do=diff * クエン酸 * Isocitric_acid text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%91%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 1-プロパノールの異性体。無色の液体で、殺菌・消毒作用をもつ。アセトンやアセトン誘導体の合成過程で用いられたり、溶媒・溶剤として用いられる。局所的な消毒に用いられる。 エタノール沈殿と同じ原理で、DNAを不溶化し沈殿させるために用いられることもある。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%94%E3%83%AB%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 香草のタイムオイルから得られるフェノール化合物。医薬品の安定剤としても使われる。殺菌剤、抗菌剤、あるいは抗真菌効果が利用されてきた。また、以前は防虫剤として用いられてきた。(MeSH: MeSH) text/html 2010-05-23T19:22:45+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1274610165&do=diff Isoleucine, Ile, I 分岐した疎水性側鎖を持つ必須アミノ酸。ロイシンと組成が同一な構造異性体(isomer)。イソロイシンは、側鎖がβ炭素で分岐しているため、側鎖が主鎖と近接して自由度が低い。そのため、二次構造形成傾向がロイシンとは大きく異なる。(ロイシンとイソロイシンの比較)細胞内では、2-オキソ酪酸から生合成される。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%8E%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff プリン環をもつヌクレオシドで、ヒポキサンチン基がN9でリボースの1'位に結合している。プリン環やプリンヌクレオシドから尿酸への分解反応の中間体。また、tRNAのアンチコドンにも現れることがある。(MeSH: mesh>68007288) text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 非ステロイド系の抗炎症剤で、鎮痛剤としてリウマチや関節炎の治療に用いられる。(MeSH) 有効な異性体 イブプロフェンのプロピオン酸部分のメチル基は光学活性であり、そのうち、(S)-(+)-イブプロフェン (dexibuprofen)がin vivoでもin vitroでも活性であることが分かっている。市販薬としてはコストの面からラセミ体(異性体の混合物）が用いられている。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%9F%E3%83%80%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 1,3-ジアゾール。2つの窒素を含む芳香環で、窒素の間に炭素を1つはさむ構造になっている。二重結合が還元されると、イミダゾリン、イミダゾリジンとなる。窒素が並んだ構造のジアゾールは、ピラゾールである。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff (インスリン) 膵臓で作られる51アミノ酸のペプチドホルモンで、グルコース代謝を制御している。グルコース生産を抑制し、間接的にグルカゴンの分泌と脂質分解を抑える。 食後に糖レベルが高くなると膵臓から血液に加えられ、肝臓・筋肉・脂肪細胞などに「糖の消費モード」から「グリコーゲンや脂肪への貯蓄モード」という指示として伝えられる。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff ->インシュリン text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff スプライセオソーム型イントロン 例（配列は架空の物。大文字はエクソンを、小文字はイントロンを示す。） pre-mRNA 5'- AAAAUGUCAU CAGAUAUCUG GAGguaaguu uuacguauua uucgauucga aaugcuaucg uuucagGCCC GUUACGGGGG CUAUCAG-3 スプライシング後 5'- AAAAUGUCAU CAGAUAUCUG GAGGCCCGUU ACGGGGGCUA UCAG-3 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff インポーチンは、真核生物の細胞質（核外）で合成されたタンパク質のうち、核内ではたらくタンパク質が細胞質から核内へ移行するのを手伝う。 核内へ移行すべきタンパク質には、フェニルアラニンに富む短いシグナルペプチド領域（核内移行シグナル）が付加されており、インポーチンはこの配列部分を結合して核内に通り抜けるようにガイドする。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A6%E3%82%A3%E3%83%AB%E3%82%B9%E9%96%A2%E4%BF%82%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF?rev=1264296986&do=diff ICTV Taxonomy - Index of Viruses ウィルスの略号一覧 α1ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ * NCBIのInfluenza Virus Resource * ICTVdb ウィルス種データベース(NCBI) データベース, ウィルス text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A6%E3%82%B7%E8%A1%80%E6%B8%85%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%83%96%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff ウシ由来の小さなリポタンパク質で、in vitro実験でよく用いられる。(BSA: Bovine Serum Albumin) * 脂質など疎水性低分子の結合 * タンパク質の疎水部分の保護（ブロッキング, マスキング） * 固体表面のコーティング * etc... text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A6%E3%83%A9%E3%82%B7%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff ピリミジン骨格をもつ核酸塩基で、核酸の構成要素 * 核酸 * ピリミジン 化学構造, 塩基 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A6%E3%83%AC%E3%82%BF%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 抗腫瘍性の化合物で、獣医用の麻酔薬にも使用され、有機合成の中間体としても用いられる。発がん性が疑われている。 * MeSH: mesh>68014520 * 化学物質安全性カード: icscja>0314(あらゆる接触を避ける) text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%A4%E3%82%B3%E3%82%B5%E3%83%9A%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%82%A8%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296986&do=diff 生命活動に重要な多価不飽和脂肪酸のひとつで、魚油などに含まれている。プロスタグランジン-3やトロンボキサン-3 といった化合物の前駆体として必要とされる。EPAの摂取は血清中の脂質濃度を下げ、心臓血管疾患の発生率を下げ、血小板凝集を防ぎ、アラキドン酸からトロンボキサン-2やプロスタグランジン-2への変換を阻害する。 (MeSH:mesh>68015118) text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%AD%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%A0?rev=1264296986&do=diff 細胞内では、RNAは情報を伝えるための分子であり、「使い捨て」の分子である。必要なときに作られて役目を終えれば分解される。エキソソームは、RNAを分解する3'→5'エキソリボヌクレアーゼ活性をもつタンパク質複合体である。プロテアソームに似た、カゴのような形をしている。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%B8%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 一般にはエストラジオールの17β異性体とされ、芳香性18員環ステロイドの3β・17βに水酸基をもつ。エストラジオール17βは哺乳類のエストロゲン様作用が最も強い構造である。ヒトでは、最初に卵巣と胎盤で作られる。また、エストラジオールは男性や閉経後の女性の脂肪組織でも作られる。17α異性体はエストロゲンレセプターには弱くしか結合できないので、エストロゲン様活性はほとんど示さない。様々なエストラジオールの異性体は有機合成できる。… text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B2%E3%83%B3%E3%83%AC%E3%82%BB%E3%83%97%E3%82%BF%E3%83%BC?rev=1264296986&do=diff エストロゲンは卵巣で作られる性ホルモンのひとつで、体内の情報伝達にかかわっている。エストロゲンのような脂溶性の高いホルモンはインスリンやイオンと異なり、細胞膜を通り抜けて細胞内のエストロゲン受容体と結合する。そして、エストロゲン受容体がエストロゲンを結合すると、DNAの特異的なサイトに結合して必要とするタンパク質合成を活性化させる。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%BF%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB%E6%B2%88%E6%AE%BF?rev=1264296986&do=diff 親水性高分子であるDNAやRNAを、エタノール中で不溶化／沈殿させることで、DNAやRNAを精製すること。エタ沈（えたちん）。 原理 DNAやRNAといった核酸は、非常に多くのリン酸ジエステルのアニオンをもつ高分子である。このような親水性の高い分子は、エタノールのような有機溶媒に対する溶解性が低く、不溶化する。一般に、扱うDNAやRNAは少量なので、遠心分離機で沈殿を集める。… text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%BF%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 無色透明の液体。胃腸から速やかに吸収されて体に循環する。抗菌活性があるので、しばしば、局所的な消毒に使用される。溶媒や保存液として広く用いられ、アルコール飲料の成分でもある。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%82%BF%E6%B2%88?rev=1264296986&do=diff エタ沈 -> エタノール沈殿 別名 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%81%E3%82%B8%E3%82%A6%E3%83%A0%E3%83%96%E3%83%AD%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%83%89?rev=1264296986&do=diff エチジウムは、抗トリパノソーマ薬・抗ウィルス薬であり、分子生物学や生化学の実験で広く用いられる。エチジウムは、核酸への結合・ニコチン性アセチルコリンレセプターへ非競合的阻害・蛍光といった実験に便利な特性を持っている。高い発がん性を持っているため扱いに注意が必要な化合物である。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%81%E3%82%B8%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296986&do=diff 化学構造 text/html 2010-01-28T10:51:53+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%96%E3%83%AD?rev=1264643513&do=diff ->エチジウムブロマイド 別名 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 不凍水溶液を作る際に広く用いられる溶媒。無色・無臭・粘性の高い溶液で、2つの水酸基をもつアルコール。甘味を持つが、有毒である。 エチレングリコールは市販されているグリコールの中でもっとも重要で、米国で大量生産されている。冷媒のための不凍液や、油圧油、不凍ダイナマイト、樹脂として利用される。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B8%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%B3%E5%9B%9B%E9%85%A2%E9%85%B8%E4%BA%8C%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296986&do=diff 水溶性の高いEDTAナトリウム塩。 Name Disodium edetate, EDTA·2Na Molecular Weight 336.2063 g/mol Molecular Formula 水和物 (EDTA-2Na Dihydrate) Name EDTA-2Na-2 Molecular weight372.2 g/mol 化学構造, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B8%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%B3%E5%9B%9B%E9%85%A2%E9%85%B8?rev=1264296986&do=diff 分子の中心に配位結合を介して金属イオンを結合する、キレート試薬。医薬品の製造に用いられたり、食品の添加物として用いられる。 * MeSH: Chelating Agents, Edetic Acid 調製法 0.5M EDTA (pH 8.0) text/html 2010-03-13T20:22:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%94%E3%82%AC%E3%83%AD%E3%82%AB%E3%83%86%E3%82%AD%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%88?rev=1268479367&do=diff 緑茶(Camellia sinensis))に含まれる抗変異原性の物質。ステロイド5αレダクターゼの阻害剤。渋みを呈味。 関連するタンパク質 * MeSH * Epigallocatechin gallate * カテキン 植物, 食品, 抗酸化作用, 抗新生物薬, 抗変異原性, 神経保護剤 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%94%E3%83%8D%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 多くの種で副腎髄質から放出される交感神経作用物質。α、βアドレナリン作用系を刺激し、血管収縮と胃腸の弛緩、心臓への刺激、気管支や大脳の血管を拡張する。喘息や心不全の際に使われたり、局所麻酔の吸収を遅らせるために使われる。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%A8%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff エルゴステロールはカビなどの真菌類の細胞膜を構成するステロイド。真菌類の細胞膜中のエルゴステロールの役割は、動物細胞におけるコレステロールと類似している。エルゴステロールから紫外線によってビタミンD2が作られる。 (MeSH) text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%83%AD%E9%85%A2%E9%85%B8?rev=1264296986&do=diff シュウ酸から得られるケトジカルボン酸 (ketodicarboxylic acid)。オキサロ酢酸はクエン酸サイクルの中間体であり、アミノ転移反応によってアスパラギン酸に変換される。 * アミノ酸 * アスパラギン酸 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%89%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff コレステロールは細胞に必須の分子である。細胞膜の形成や、ビタミンD・ステロイドホルモンの原料として重要な分子である。しかし、過剰なコレステロール摂取は動脈硬化や心疾患の原因となる。 text/html 2010-04-12T13:24:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AA%E3%82%BB%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%93%E3%83%AB?rev=1271046292&do=diff シアル酸の同族体であるアセトアミドシクロヘキセン化合物。ノイラミニダーゼを阻害する。商品名のタミフルで呼ばれることが多い。 * Oseltamivir 抗ウィルス剤, 酵素阻害剤 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AA%E3%83%AB%E3%83%8B%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 尿素サイクルでアルギニンから尿素とともに生成される塩基性アミノ酸。リジンとよく似た構造で、側鎖の炭素がひとつすくない。 * アミノ酸 * 塩基性アミノ酸 * リジン * ヒスチジン * アルギニン text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AA%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296986&do=diff 自然に豊富に存在する不飽和脂肪酸。ステアリン酸と同じ炭素数(18)で中央に二重結合を持つ。リン脂質や糖脂質の脂肪鎖として脂質膜を形成する。 化学構造, 脂肪酸 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E3%83%8F%E3%83%B3%E3%82%B0?rev=1264296986&do=diff 上部が下部よりせり出した構造のこと。分子生物学では、dsDNAやdsRNAの突出している部分、あるいは突出している部分の配列をオーバーハングと呼ぶ。 Image 実験での利用 たとえば、ベクターとインサートをリガーゼでライゲーションする場合、相補的なオーバーハングを持つ２つの末端はライゲーションの特異性と効率が高い。インサートの向きを決めたい場合などには末端を異なる２種類の制限酵素で消化する。… text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%82%B9%E3%83%91%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff 「プログラムされた細胞死」であるアポトーシスは、私たちの体の発達や維持に必要なプロセスで、胚の発達・組織の形成（いったん大きく形成しその後要らない部分の細胞が死ぬ）・損傷を受けた細胞の交換で見られる。カスパーゼは、アポトーシスの執行者となるシステインプロテアーゼで、アスパラギン酸の次の残基を切断する。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%82%BF%E3%83%9C%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%88%E6%B4%BB%E6%80%A7%E5%8C%96%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1264296986&do=diff バクテリアは、周囲のグルコース濃度によって代謝反応を切り替える。そのスイッチとなるのがカタボライト活性化タンパク質である。 グルコースが豊富な環境では、細胞表面のアデニルシクラーゼが活性化され、ATPがcAMPに変換される。すると、cAMPを結合したカタボライト活性化タンパク質が、グルコース以外の分子も消化する酵素の合成を活性化する。一方、グルコースに乏しい環境では他の栄養素を使う仕組みを起動させる。… text/html 2010-05-30T07:49:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%82%BF%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1275173363&do=diff 細胞内での電子伝達の過程で、うっかり酸素が電子を受け取ってしまうと、酸素ラジカルや過酸化水素が生成される。これらの分子は他の分子と反応してしまうため、細胞内では危険な分子である。 text/html 2010-03-13T11:04:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%86%E3%82%AD%E3%83%B3?rev=1268445892&do=diff 抗酸化作用のあるフラボノイドで、特に (+)-カテキンと(-)-エピカテキン(シス型)が木本類の植物によく見られる。 (MeSH) 関連するタンパク質 * catechin 植物, 抗酸化作用 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%89%E3%83%98%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff カドヘリンは細胞と細胞を結合させる細長いタンパク質で、ドメインが数珠繋ぎになった構造をしている。ドメインとドメインはカルシウムイオンで構造が安定化されている。カドヘリンの末端は細胞膜を突き抜けて、細胞内のタンパク質であるβカテニンと結合し、βカテニンはαカテニンを介して細胞の骨格を形成するアクチンと結合する。つまり、細胞と細胞は、隣の細胞->カドヘリン(細胞外)->カドヘリン(細胞内)->βカテニン->αカテニン->アクチンというタンパク質の相互作用によって安定化されているのである。… text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%8A%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E7%A1%AB%E9%85%B8%E5%A1%A9?rev=1264296986&do=diff * カナマイシン 抗生物質, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%8A%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff リボソーム30sサブユニットに結合し、タンパク質の合成を阻害する抗生物質。日本の土壌中のStreptomyces kanamyceticusが生産する複合抗生物質。カナマイシンAのほかに、少量のカナマイシンB,カナマイシンCが構成成分。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%95%E3%82%A7%E3%82%A4%E3%83%B3%E4%B8%80%E6%B0%B4%E5%92%8C%E7%89%A9?rev=1264296986&do=diff * カフェイン * ICSC: icscja>0405 化学構造 text/html 2010-01-29T14:05:49+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%95%E3%82%A7%E3%82%A4%E3%83%B3?rev=1264741549&do=diff 天然に存在するメチルキサンチンで、飲料や医薬品に含まれる。カフェインのもっとも顕著な効果は中枢神経系への刺激で、覚醒・興奮作用を示す。また、平滑筋の弛緩・心筋の刺激・利尿作用があり、一部の頭痛の治療に便利である。細胞内でのカフェインの作用がいくつか観測されてはいるが、薬学的な性質の効果すべてが明らかになっていない。作用のうちのもっとも重要なものは、サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼの阻害、アデノシン受容体への拮抗作用、細胞内カルシウムの調節である。… text/html 2010-01-29T14:39:54+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%97%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264743594&do=diff カプサイシン (capsaicin) はアルカロイドのうちカプサイシノイドと呼ばれる化合物のひとつ。唐辛子の辛味をもたらす主成分で、辛味の指標であるスコヴィル値における基準物質。 赤い色の主成分はカプサイシンではなくカプサンチンである。 text/html 2010-01-29T14:39:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%97%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264743567&do=diff 唐辛子の赤色の主成分。辛味の主成分はカプサイシン Name Capsanthin Paprika extractMeSH mesh>67006889 Molecular Weight 584.87084 g/mol Molecular Formula XLogP 6.9 * カプサイシン 化学構造, 食物, 色素 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0%E3%83%81%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%83%8D%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff 細胞は、細胞内部と外界を隔てる細胞膜で囲まれており、普段は大きな分子やイオンはこの細胞膜を通り抜けることができない。しかし、細胞には状況に応じて特定のイオンだけを通り抜けさせるための仕組み、「イオンチャンネル」がある。人間の神経細胞や筋肉細胞はイオンの濃度差によって信号を伝えるときに利用している。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%82%A6%E3%83%A0%E3%83%9D%E3%83%B3%E3%83%97?rev=1264296986&do=diff 筋肉細胞が神経から「収縮しろ」という信号を受け取ると、細胞内の特別な場所に蓄えていたカルシウムを一気に放出する。このカルシウムイオンがアクチン繊維上にあるトロポミオシンに結合し、カルシウムイオンが無くなるまで、運動が続けられる。カルシウムポンプは、放出したカルシウムイオンをATPのエネルギーを使って再吸収する（筋肉を弛緩させる）。 text/html 2010-01-28T10:52:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%83%90%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%AB?rev=1264643547&do=diff ->ウレタン 別名 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%83%A2%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff カルシウムは、体の中で最も豊富なミネラルで、二番目に豊富なのがリン。そして、これらカルシウムとリンがおよそ2kgにもなる強固な骨を形成している。 しかし、カルシウムイオンは骨の形成だけでなく、情報伝達にも関わっている。カルシウムイオン結合タンパク質であるカルモジュリンは、カルシウム結合時に構造を変えて、その構造変化を他のカルモジュリン依存タンパク質がシグナルとして受け取る。筋肉の収縮やインスリンの放出、あるいは受精卵が2着以降の精子をブロックするためのシグナル伝達にもカルシウムイオンが関わっている。… text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%AD%E3%83%86%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%83%89%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%82%B2%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff カロテノイドオキシゲナーゼは、鉄イオンを補因子としてカロテノイドを酸化的に分解する。βカロテンが分解されると、レチナール（ビタミンA）が生成される。 レチナールは、網膜の光受容・上皮組織の分化・骨形成・再生・免疫応答など、さまざまな機能に必須のビタミンである。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%AD%E3%83%86%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff (carotene) 緑黄色野菜に多く含まれる天然に存在する色素で、キサントフィルとともにカロテノイドと呼ばれる。炭化水素のみからなるものをカロテン(carotene)、酸素を含むものをキサントフィル(xanthophyll)と呼ぶこともある。語源はにんじんの「carrot」に由来する。 text/html 2010-03-13T20:27:19+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AB%E3%83%B3%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%86%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1268479639&do=diff 中国のCamptotheca acuminataから単離されたアルカロイド。核内ではたらくDNAトポイソメラーゼIの機能を特異的に阻害する。半合成されたアナログのいくつかが抗がん活性を示す。 化学構造, 核, 抗癌剤 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff ヒトのほとんどの体組織・体液、ある種の植物、尿結石で見つかるプリン塩基。アデノシン一リン酸から尿酸への酸化反応の中間体。メチル化キサンチンであるカフェイン、テオブロミン、テオフィリンやその誘導体は、気管支拡張薬に用いられる。(MeSH:mesh>68019820) text/html 2010-03-08T21:43:38+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%82%A2%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%ABff?rev=1268052218&do=diff * ブロモフェノールブルー * ポリアクリルアミドゲル * Cyanol FF 電気泳動, 色素, マーカー text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%AC%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff Name xylene, dimethylbenzene Molecular Weight 106.165Molecular F.Name p-xylene o-xylene m-xylene 1,4-xylene 1,2-xylene 1,3-xylene PubChem * 化学物質安全性カード：p-xylene,o-xylene,m-xylene 化学構造, 溶媒 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AD%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff 細胞内でタンパク質をリン酸化で、シグナル伝達を行う。たとえば、Srcチロシンキナーゼは細胞表面でレセプターが受け取った情報を、細胞内のさまざまなタンパク質をリン酸化することでシグナルを伝達している。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AD%E3%83%8D%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff 細胞の中にはさまざまな小器官（オルガネラ）があり、そこには適切なタンパク質が送り届けられなければならない。タンパク質の合成工場であるリボソームの近くであれば、単純拡散でも間に合うかも知れないが、もっと遠いところに迅速に運ばなければならない場合もある。たとえば、神経細胞のニューロンの長さは数百マイクロメートル以上にも及ぶため、単純拡散に頼ることはできない。… text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AD%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%88%E8%A9%A6%E8%96%AC?rev=1264296986&do=diff 2個またはそれ以上の中心金属イオンと配位結合する有機化合物。「キレート」(χηλή, chelè)とは、はギリシャ語で「カニのはさみ」の意味。カルボン酸と金属との配位結合の形から名前が付けられた。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff クエン酸シンターゼは呼吸するすべての細胞に見られる酵素で、解糖系で得られた炭素を酸化することによって二酸化炭素と化学エネルギーとしてのNADHを生成する。 種による違い この酵素は酸素呼吸する生物種に普遍的なため、種による違いを比べるのに便利な酵素でもある。 text/html 2010-04-09T19:30:05+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1270809005&do=diff 代謝系で重要な中間体。柑橘類の果実に多い。カルボン酸がカルシウムイオンをキレートできるため、抗凝固薬としても用いられる。 * オキサロ酢酸 * Citric acid 代謝反応, キレート, 抗凝血剤 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296986&do=diff クラスリンは、エンドサイトーシスに見られる被覆小胞を形成する巨大なタンパク質複合体である。トライスケリオンと呼ばれる3本足のタンパク質の「籠編み」によって細胞膜ごと包み込み、巨大な球状ベシクルを形成する。 text/html 2010-03-13T20:22:28+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%83%AB%E3%82%AF%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1268479348&do=diff Curcuma longaの根から得られるターメリック(Termeric)に含まれる黄橙色の色素。クルクマ紙やボロンの検出に用いられる。クルクミンは薬理的な効果をもち、主として代謝酵素に対する阻害性の効果によるものである。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%A9%E3%83%A0%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8B%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296986&do=diff 日本語 English クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼは、アセチルCoAのアセチル基をクロラムフェニコール(Cm)の水酸基へ転移させる酵素。アセチル化されたCmはリボソーム50Sサブユニットに結合できなくなる。 text/html 2010-01-24T10:36:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%A9%E3%83%A0%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8B%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296986&do=diff タンパク質の翻訳を阻害する抗生物質。リボソーム50SサブユニットのA部位に結合し、ペプチジルトランスフェラーゼ活性を阻害する。原核細胞も、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(interpro>IPR001707)によって耐性を得る。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff * 光合成系I * ヘム 化学構造, 植物, 光合成, 補因子 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%AD%E3%83%9B%E3%83%AB%E3%83%A0?rev=1264296985&do=diff 実験用の溶媒。過去には麻酔薬として用いられたこともあったが、発ガン性が指摘されたため使用が禁止された（アメリカ）。 b.p. 61.15 - 61.70°Cm.p. -63.2 - -63.5°CICSC ICSCMeSH mesh>68002725 * フェノール・クロロホルム抽出 * ハロタン - 麻酔薬 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%82%B8%E3%83%B3%E5%A1%A9%E9%85%B8%E5%A1%A9?rev=1264296985&do=diff 水溶性のグアニジン塩酸塩。尿素と同じようにタンパク質の可溶化、変性実験に用いられる。 Name Guanidine hydrochloride 塩酸グアニジンMolecular Weight 95.5313g/mol Molecular Formula 変性剤, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 生理学的pHで強い塩基であるグアニジウムイオンとして存在する。タンパク質の通常の代謝生成物として尿から見つかった。実験室ではタンパク質の変性剤として用いられる。また、筋無力症の治療中にHPLCの蛍光プローブとして用いられる。(MeSH) text/html 2010-03-14T21:05:00+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1268568300&do=diff プリン塩基であり、グアニンヌクレオチドの基本骨格。 * 核酸 * プリン プリン, 塩基 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%82%B2%E3%83%B3%E3%83%9B%E3%82%B9%E3%83%9B%E3%83%AA%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff 栄養として蓄えておいたグリコーゲンを、すぐに利用できる形の単糖（グルコース）に遊離する酵素。 * 今月の分子2001 * Glycogen Phosphorylase - RCSB PDB 'Molecule of the month' 酵素, 代謝反応 text/html 2010-05-24T08:18:14+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1274656694&do=diff Glycine, Gly, G 側鎖がなく、光学異性(L-,D-)もない最も単純なアミノ酸。語源はその甘みから。さまざまな生合成経路で現れ、たとえば、ヘモグロビンの補因子であるポルフィリン環はグリシンとスクシニルCoAから生合成される。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%BB%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff 3つの水酸基を持つ糖。炭化水素や脂肪の代謝の中間体である。また、溶媒・皮膚軟化剤・製剤試薬・甘味料としても用いられる。 Name Glycerol MeSH mesh>68005990 Molecular weight92.094 g/molMolecular Formula density1.26201 g/cm³ (25 ℃)m.p.17.8 ºCb.p.290 ºC text/html 2010-04-16T12:32:40+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%83%9B%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%88?rev=1271388760&do=diff 除草剤。ラウンドアップの有効成分。5-エノールピルビンシキミ酸-3-リン酸シンターゼ(brendaec>2.5.1.19)の阻害剤。 関連タンパク質 塩 * MeSH * Glyphosate 抗真菌剤, 酵素阻害剤, 除草剤, 脱共役剤 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%AB%E3%82%B4%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff グルコース代謝と恒常性維持の役割を果たすホルモンペプチド。グルコース生産を増加させ、グルコース分解を減少させ、血中のグルコース濃度を制御する。逆の働きをするのがインスリンである。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%80%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff グルコースオキシダーゼは、グルコースをグルコラクトンへ酸化する小さくて安定な酵素。細胞外ではたらくため、表面には多くの糖鎖が結合している。酸化反応において、酸素から過酸化水素を発生する。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%82%B9%E5%88%86%E8%A7%A3%E9%85%B5%E7%B4%A0%E7%BE%A4?rev=1264296985&do=diff 生命活動を支える化学エネルギーを取り出す解糖系では、複数の酵素がグルコースを丁寧に分解していく。分解の過程ではATPなどの化学エネルギーや他の代謝系に使われる低分子が生産される。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1264296985&do=diff 生物のもっとも基本的なエネルギー源分子で、6個の炭素をもつヘキソース単糖である。グルコースは普遍的に存在し、果実や植物のその他の部分で遊離した状態で存在する。水溶液は治療用の輸液や栄養補給に用いられる。 text/html 2010-04-12T21:03:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%81%E3%82%AA%E3%83%B3?rev=1271073803&do=diff グルタミン酸の側鎖のカルボン酸にシステイン-グリシンのN末端がアミド結合したトリペプチド。 グルタチオンは細胞内で多くの役割をもつ。 * 化学物質に結合し、水溶性を高めることで排出を促す。 * 酵素の補酵素として働く。 * タンパク質のジスルフィド結合をつなぎかえる。 * ペルオキシドを還元する text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%83%86%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff グルタミンシンテターゼは、アンモニアとグルタミン酸からグルタミンを合成する。窒素源の量をコントロールするため、まわりのアミノ酸や核酸の量によって活性が変化する。 * Glutamine Synthetase - RCSB Molecule of the month text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296985&do=diff 調味料の一つで、肉のような風味をだすために用いられる。医学的にはアンモニア性窒素血症の血中アンモニア濃度を下げるのに使われたり、肝性昏睡・精神病・知能障害の治療にも使われる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff グルタミン酸 Glutamic acid, Glu, E 側鎖にカルボン酸を持つアミノ酸で、αケトグルタル酸から生合成される非必須アミノ酸。側鎖にカルボン酸をもつアスパラギン酸と共に酸性アミノ酸としてタンパク質立体構造の形成や酵素活性に重要な役割を果たす。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff Glutamine, Gln, Q 側鎖にアミド結合を持つ非必須アミノ酸。αケトグルタル酸からグルタミン酸を経て生合成される。 体に豊富に存在している非必須アミノ酸で、多くの代謝反応に関わっている。グルタミン酸とアンモニアから生合成される。そのため、もっとも重要な窒素源の運び役である。また、多くの細胞で重要なエネルギー源としても用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%82%AB%E3%82%A4%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff コカを含む植物から抽出されるアルカロイドエステル。麻酔薬あるいは血管収縮剤として用いられ、特に、目・耳・鼻・のどに用いられる。同時に、アンフェタミンと同様、中枢神経に影響を与え、乱用薬物でもある。コカインは、アンフェタミンと似たコカインは、脳のカテコールアミン性ニューロンに様々な機構で影響を与え、その機構はドーパミンの吸収阻害を含んでいると思われる。(MeSH:mesh>68003042)… text/html 2010-04-10T21:32:38+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%89%E3%83%B3%E8%A1%A8?rev=1270902758&do=diff * 画像はCodonViewerを使って作成。 * コドン表のデータはThe Genetic Codes (NCBI)を元に作成。 コドンの使用頻度について 同じアミノ酸であっても、コドンの使用頻度は生物種によって異なる。そのため、他の生物を用いて組み換えタンパク質を発現させる場合には、宿主細胞で使用頻度の高いコドンへのサイレント変異を行い、発現量を最適化することができる。 かずさDNA研究所では、各生物種におけるコドン頻度の統計情報を公開している。… text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%B2%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff ヒトの体のタンパク質の4分の1はコラーゲンで、「しなやかな構造」自体が機能である。腱と筋肉を補強したり、皮膚と組織を支える。また、骨や歯はコラーゲンに無機結晶を加えて作られる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%A8%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff PDBエントリ jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select BUA;spacefill 120%;","リボンとリガンド"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120%;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff ホスファチジルコリン (レシチン)の基本成分で、植物や動物の組織に含まれる。アセチルコリンの前駆体であり、さまざまな代謝反応や脂質代謝において、メチル基の供給源となる。(MeSH) text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%AC%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff すべての高等動物の主要なステロールで、体組織、特に脳や脊髄、動物性脂肪や油脂に分布している。 * MeSH 化学構造, ステロイド, 動物 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%AC%E3%83%A9%E3%83%88%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff コレラトキシンは細胞表面の炭化水素に結合し、細胞内に毒性ドメインを運ぶ。そして、細胞内のGタンパク質にADPを結合させ続け、細胞の情報伝達を阻害することで死に至らしめる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff 肝臓で生産される主要な胆汁酸で、普通はグリシンとタウリンの合成によって作られる。脂質の吸収やコレステロールの排出を促進する。(MeSH: mesh>68019826) 化学構造, 代謝反応, ステロイド text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%89%E3%83%95%E3%82%A9%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A9%E3%82%B8%E3%82%A8%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff 環状ヌクレオチドのリン酸ジエステル結合を切断する酵素。 Protein familyCyclic nucleotide phosphodiesterase - 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesteraseECbrendaec>3.1.4.37 * cAMP * アデニル酸シクラーゼ 酵素, 核酸 text/html 2010-01-28T10:52:54+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B5%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264643574&do=diff ->塩化スキサメトニウム 別名 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B5%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%A9%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff ブロッコリーなどに含まれる発ガン抑制物質。 * * * 化学構造, 食物 text/html 2010-01-28T10:51:14+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B6%E3%82%A4%E3%83%90%E3%83%B3?rev=1264643474&do=diff ->ブプロピオン 別名 text/html 2010-04-13T12:35:02+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B6%E3%83%8A%E3%83%9F%E3%83%93%E3%83%AB?rev=1271129702&do=diff ノイラミニダーゼを阻害する、グアニジドノイラミン酸化合物の一種。リレンザという商品名がよく用いられる。 関連タンパク質 * MeSH * Zanamivir * オセルタミビル 抗ウィルス剤, 酵素阻害剤, シアル酸 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%82%A2%E3%83%8C%E3%83%AB%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff * 安全性 icscja>1313 * メラミン添加によるペットフード原材料の擬装 （愛知県衛生研究所　化学部） * メラミン * シアヌル酸 * アンメリド * アンメリン 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%82%B2%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff * * * * プロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素 - Pubmed x LSD 総説検索 * Cyclooxygenase - RCSB PDB 'Molecule of the month' 酸化還元, 酵素, 補因子, ヘム text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 2分子のシステインのチオール基が酸化され（電子を放出し）、ジスルフィド結合によって結合した化合物 * システイン * グルタチオン 酸化還元, アミノ酸, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff Cystein, Cys, C 側鎖にチオール基(-SH)をもつアミノ酸。チオール基は、酸化還元反応（たとえばグルタチオンの酸化還元反応）や金属の配位子としての役割を果たす。生体内ではメチオニンから生合成する経路がある。２分子のシステインのチオール基が酸化し、結合したものはシスチン(cystine)と呼ぶ。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%88%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%A0c%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%80%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff 酸素呼吸する細胞すべてが持っている酵素で、シトクロムcから電子を受け取り、分子状酸素を還元して水分子を生成する。 * 今月の分子2000 * Cytochrome c Oxidase - RCSB PDB 'Molecule of the month' text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%88%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%A0c?rev=1264296985&do=diff シトクロムｃのような電子伝達タンパク質によって細胞内の電子が保持・伝達される。 * Cytochrome c - RCSB Molecule of the month 細胞内, タンパク質, 酸化還元, 補因子, ヘム text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%88%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff ピリミジン塩基であり、シトシンヌクレオチドの基本骨格。 * 核酸 * ピリミジン 化学構造, 核酸, 塩基 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%8B%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff * アリル 化学構造 text/html 2010-03-24T12:36:02+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%83%AD%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1269401762&do=diff 幅広い抗菌スペクトルを示す、カルボキシフルオロキノリン化合物。 * Ciprofloxacin 抗感染薬, 核酸合成阻害剤 text/html 2010-03-24T12:38:29+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%97%E3%83%AD?rev=1269401909&do=diff シプロ->シプロフロキサシン 別名 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%A3%E3%83%9A%E3%83%AD%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff シャペロンは、合成されたタンパク質の間違った折りたたみ（ミスフォールディング）を防ぐ。 タンパク質はアミノ酸が一つ一つつなげられて出来たポリペプチド鎖から出来ており、この鎖は自発的に折りたたまれていく（フォールディング）。しかし、巨大なタンパク質や複数のドメインを持ったタンパク質がコンパクトな形にたたまれる長い時間の間に、正しくフォールディングされなくなる場合もある。シャペロンは、そういったミスフォールディングが起きないように、ポリペプチド鎖と結合してフォールディングを介添えする。… text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%82%A6%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff 多くの植物や野菜に含まれる、強いジカルボン酸。体内でグリオキシル酸やアスコルビン酸の代謝反応で生成され、尿中に排出される。分析試薬や還元試薬としても用いられる。 * クエン酸 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%A7%E7%B3%96?rev=1264296985&do=diff ショ糖 -> スクロース, Sucrose, サッカロース 別名 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%AB%E3%83%87%E3%83%8A%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff クエン酸シルデナフィルはファイザーによって開発され、勃起不全や肺高血圧症(PAH)の治療薬として「バイアグラ｣「レバティオ」等の商標で売られている。市場での競合薬としては、タダラフィル(シアリス)、バルデナフィル(レビトラ)がある。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff * SPring-8 研究施設, 立体構造 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%82%A2%E3%82%B7%E3%83%AB%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%BB%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff 2つのアシル基(R-CO-)を持つグリセロールの総称。アシル基としてステアリン酸・パルミチン酸・オレイン酸といった長鎖脂肪酸をもつものはリン脂質などとして脂質二重膜を形成する。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%81%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff バター、酢、コーヒーなどの食品の香料 * MeSH * 国立労働安全衛生研究所(NIOSH)による、ミズーリ州ポップコーン工場における労働者の暴露評価 * NIOSH Evaluates Worker Exposures at a Popcorn Plant in Missouri text/html 2010-01-28T10:50:49+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%83%8D%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264643449&do=diff -> G418 別名, 抗生物質 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B9%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%99%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff 更年期障害に治療に用いられる非ステロイド系の合成エストロゲン。以前は動物の成長促進剤として用いられていた。米国NTPのCarcinogens年次レポート(1985)によれば、ジエチルスチルベストロールは発がん性物質に挙げられた。(MeSH: mesh>68004054) text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%82%A8%E3%83%81%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff * パナマにおける謎の疾病　原因はジエチレングリコール（愛知県衛生研究所　化学部） * Case Definition: Toxic Alcohols（米国CDC） * Fatalities Associated with Ingestion of Diethylene Glycol -Contaminated Glycerin Used to Manufacture Acetaminophen Syrup（米国CDC） * 食の安全学　番外編２　パナマ毒シロップその後（薬の安全学） * 化学物質安全性カード text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%81%E3%82%AA%E3%82%B9%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff 生化学実験によく用いられる還元試薬で、SH(チオール)基が酸化してジスルフィド結合の形成を防ぎ、ジスルフィド結合を2つのチオール基に還元する。他のチオール試薬のような激しい臭いがない。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%B9%E3%83%88%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AD%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 男性ホルモンであるテストステロンの代謝物。このジヒドロテストステロン (DHT) はテストステロンの5α位の還元によって生成される。テストステロンとは異なり、DHTはエストラジオールまで還元できない（二重結合を生成できない）ため、DHTは純粋な男性ステロイドホルモンと考えられる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E8%91%89%E9%85%B8%E3%83%AC%E3%83%80%E3%82%AF%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296985&do=diff 葉酸は炭素を付加する酵素反応で炭素の供給源となる分子である。酸化された葉酸を還元状態にもどしてリサイクルするのがジヒドロ葉酸レダクターゼである。葉酸が関わる特に重要な反応は、核酸塩基の生合成である。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%9B%E3%83%A2-%CE%B3-%E3%83%AA%E3%83%8E%E3%83%AC%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff 必須脂肪酸の一つ。アラキドン酸に似ており、5位の二重結合部分だけが異なる。 化学構造, 必須脂肪酸, 脂肪酸 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1264296985&do=diff 抗凍結, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B9%E3%83%AB%E3%83%9B%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%89?rev=1264296985&do=diff 非常に極性の高い溶媒。細胞膜を通過することができるため、薬剤の局所適用の溶剤として用いられる。また、組織の凍結防止にも用いられる。DMSOは無痛覚・消炎といった範囲の薬剤活性も示す。 text/html 2010-01-28T10:43:33+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B8%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%AB%E3%83%A0%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1264643013&do=diff -> N,N-ジメチルホルムアミド 別名 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%8B%E3%83%ABcoa?rev=1264296985&do=diff S-アシル補酵素A。脂肪酸補酵素Aから作られ、生合成反応や脂肪酸の酸化反応、セラミド生成に関わる。 (MeSH) 化学構造, 補酵素 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1264296985&do=diff グルコースとフルクトースがアノマー炭素で結合した非還元の二糖。サトウキビ(sugarcane)やテンサイ(Beta vulgaris)、その他の植物から得られたものが販売されており、食品や甘味料として幅広く用いられている。 text/html 2010-01-29T14:39:43+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%BC%E6%B4%BB%E6%80%A7?rev=1264743583&do=diff 至適でない条件下において、制限酵素の基質特異性が変化したり特異性がゆるんだりすることがある。この変化した特異性における反応性をスター活性(star activity)と呼ぶ。「スター」の由来は。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A2%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff 化学構造, 脂肪酸 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AC%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E7%A1%AB%E9%85%B8%E5%A1%A9?rev=1264296985&do=diff * 抗生物質 * ストレプトマイシン 化学構造, 塩, 抗生物質 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AC%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 原核細胞のタンパク質合成を阻害する抗生物質。リボソームの23S rRNAに結合し、mRNAを誤翻訳させることによって、鎖開始／伸長を阻害する。土壌放線菌、Streptomyces griseusが生産する。 Name Streptomycin MeSH mesh>68013307 Molecular Weight 581.57406 g/mol Molecular Formula XLogP -6.4 text/html 2010-03-25T12:36:44+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%8B%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1269488204&do=diff * AVC™ (sulfanilamide) - DailyMed * Sulfanilamide 抗菌剤 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff Threonine, Thr, T ほとんどはL型で存在する必須アミノ酸のひとつ。卵、牛乳、ゼラチンやその他のたんぱく質に含まれる。 Name L-Threonine MeSH mesh>68013912 Molecular Formula CAS No.72-19-5Molecular Weight 119.119pK1(25℃)2.19pK2(25℃)9.10 text/html 2010-05-30T07:49:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%B9%E3%83%BC%E3%83%91%E3%83%BC%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%89%E3%82%B8%E3%83%A0%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1275173387&do=diff 酸素は呼吸する生物には必須の分子でありながら、危険な分子でもある。反応性の高いスーパーオキシド(, superoxide)はDNAの変異を引き起こしたり、酵素などのタンパク質上のアミノ酸に反応して本来の機能を失わせてしまう。 text/html 2010-03-23T12:46:06+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BB%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AD%E3%82%B9%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%83%B3c?rev=1269315966&do=diff セファロスポリンは、地中海のカビ、アクレモニウム属から最初に単離され、広い抗菌スペクトルをもつ。7-アミノセファロスポラン酸(7-ACA)とも呼ばれるチアアザビシクロオクテンカルボン酸にβラクタム骨格をもち、細胞壁のペプチドグリカンの生成を妨げる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BB%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff Serine, Ser, S L型で存在する非必須アミノ酸。グリシンとスレオニンから生合成される。また、核酸の原料となるプリンやピリミジン、あるいは他のアミノ酸の生合成にも関与している。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BB%E3%83%AB%E3%83%94%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff セルピンは、血液中に存在するトリプシンインヒビターの一つで、タンパク質を分解するエラスターゼからまわりの組織を守る。 * セルピン - Pubmed x LSD 総説検索 * Serpins - RCSB 'Molecule of the Month' text/html 2010-05-08T20:06:53+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BB%E3%83%AC%E3%83%8E%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%B3?rev=1273316813&do=diff 真核生物および原核生物いずれにも存在する天然のアミノ酸である。tRNAやいくつかの酵素の活性中心に見られる。グルタチオンペルオキシダーゼやギ酸デヒドロゲナーゼの遺伝子では、TGAコドンがセレノシステインをコードしている。 text/html 2010-05-06T08:49:58+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BB%E3%83%AD%E3%83%88%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1273103398&do=diff 生化学的なメッセンジャーや制御因子として機能する有機化合物で、体内で必須アミノ酸であるL-トリプトファンから合成される。ヒトの場合は、中枢神経系や消化管、血小板に見られる。セロトニンはいくつかの重要な生物学的機能の媒体として働いており、神経伝達・胃腸の運動・止血・心臓血管の正常化に関わる。複数の受容体ファミリー（セロトニンレセプター）があることから、生理学的な機能やメディエーターとしての分布範囲は広いと考えられる。… text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BD%E3%83%AB%E3%83%88%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%86%E3%82%A3%E3%81%A8%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6?rev=1264296985&do=diff 疾患／遺伝子情報の宝庫 アメリカユタ州の州都、ソルトレークシティは自然豊かな街で、2002年冬季オリンピックの開催地として有名。モルモン教の総本山、「テンプルスクウェア」があり、９割以上の市民がモルモン教。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%82%A6%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 恒常的に必要とされる栄養素のひとつで、動物の発達に重要な化合物。牛乳にも含まれているが、ほとんどは牛の胆汁から胆汁酸とアミド結合した化合物(タウロコール酸)として単離される。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%82%A6%E3%83%AD%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB%E9%85%B8?rev=1264296985&do=diff 胆汁酸とタウリンが結合した化合物。この化合物のナトリウム塩は肉食動物の胆汁の主成分である。タウロコール酸は吸収をうながすために脂肪を可溶化し、それ自身も吸収される。胆汁分泌促進薬として用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%83%80%E3%83%A9%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AB?rev=1264296985&do=diff タダラフィルは男性の勃起不全の処置に使われる。ICOSで開発され、イーライリリーが「シアリス」という商標で販売している。 米国では、2003年12月にFDAの認可を受け、シルデナフィル(バイアグラ)、バルデナフィル(レビトラ)に続く、３番目の勃起不全薬として販売された。効果が36時間持続するため、「週末ピル」とも呼ばれている。ただし、36時間中の複数回の性交渉に関しては研究がなされていない。()… text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%83%96%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 毒ガスの一つで、1963年、有機リン系の農薬開発過程で見つかった、最初の神経ガス。 アセチルコリンを分解するコリンエステラーゼに結合し、反応を阻害する。その結果、アセチルコリンが分解されないため、シナプスにアセチルコリンが蓄積され、アセチルコリンレセプターが四六時中活性化されてしまう。筋肉に信号を延々送り続けることになり、けいれんを起こす。… text/html 2010-04-12T13:22:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%95%E3%83%AB?rev=1271046145&do=diff -> オセルタミビル 別名 text/html 2010-04-05T13:08:02+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%81%AE%E5%AE%9A%E9%87%8F%E6%B3%95?rev=1270440482&do=diff タンパク質の定量法には、大きくわけて二つの方法がある。 * 分光的(spectrophotometric)な方法 - 近紫外の吸収を測定する方法 * 比色法(colorimetric) - 呈色させた試料と標準溶液の比較から定量する方法 text/html 2010-01-29T14:02:32+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%B8%AC%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2?rev=1264741352&do=diff Wikipedia * Wikipedia - Protein structure prediction software（英語ページ） This list of protein structure prediction software summarizes commonly used software tools in protein structure prediction, including homology modeling, protein threading, ab initio methods, and secondary structure prediction. text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%B8%AC?rev=1264296985&do=diff -> タンパク質構造予測ソフトウェア 計算科学, タンパク質, 立体構造 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%80%E3%82%A4%E3%83%A4%E3%83%A2%E3%83%B3%E3%83%89?rev=1264296985&do=diff JMol, 立体構造 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 化学構造, 補酵素, ビタミン text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%83%9F%E3%83%B3%E3%83%80%E3%82%A4%E3%83%9E%E3%83%BC?rev=1264296985&do=diff チミン シトシン チミンやシトシンは、紫外線を吸収するとピリミジン環の二重結合が開裂して、DNA2重らせん上の隣の塩基同士で共有結合を形成することがある。特によく見られるのが隣り合うチミン同士が結合する「チミンダイマー」である。 text/html 2010-03-14T20:58:29+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1268567909&do=diff ピリミジン塩基であり、チミンヌクレオチドの基本骨格。ウラシルの5位がメチル化された構造をもつ。 * 核酸 * ピリミジン * チミンダイマー * Thymine ピリミジン, 塩基 text/html 2010-03-29T07:53:00+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1269816780&do=diff 間接的な交感神経刺激薬。チラミンは直接はアドレナリン受容体を活性化しないが、アドレナリン取り込み系とモノアミンオキシダーゼの基質として働き、伝達物質であるアドレナリンの作用を持続させる。また、アドレナリン作用性ニューロンの終端からの伝達物質の放出を引き起こす。チラミンはある無脊椎動物の神経系の伝達物質でもあるようだ。 text/html 2010-01-24T10:36:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%83%AD%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296985&do=diff 甲状腺から分泌される主要なホルモン。チロキシンはチロシンのヨウ化を経て（モノヨードチロシン）、チログロブリンの中で2つのヨードチロシンが結合することで合成される。チロキシンはチログロブリンが分解をうけることで血液中に放出される。チロキシンは末梢で脱ヨウ化されてトリヨードチロニンとなり、細胞の代謝を幅広く刺激する作用を示す。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff チログロブリンは甲状腺に特有の大きな糖タンパク質で、甲状腺ホルモンであるチロキシン(T4)やトリヨードチロニン(T3)の前駆体である。 (InterPro) PDB entry PDB, InterPro, ホルモン, 甲状腺, 糖タンパク質 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%81%E3%83%AD%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff Tyrosine, Tyr, Y 非必須アミノ酸。動物はフェニルアラニンから生合成できる。エピネフリンや甲状腺ホルモンやメラニンの前駆体である。 Name L-Tyrosine MeSH mesh>68014443 CAS No.60-18-4Molecular Weight 181.18854 g/mol Molecular Formula XLogP -1.8 m.p.290 - ℃pK1(25℃)2.20pK2(25℃)9.11pKR(25℃)10.13 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB%E9%9B%86?rev=1264296984&do=diff 遺伝子研究関連のインターネット上の便利なフリーウェアやウェブサービスです。いつも使っているソフトやツールがここに無かったら、ぜひ追加してください。 コミュニティ Array * レビュー * プロトコール * ソーシャルブックマーク * 口コミレポート text/html 2010-03-13T11:25:55+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%86%E3%82%A2%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%93%E3%83%B3?rev=1268447155&do=diff カテキンが発酵されてできる赤色の色素で、紅茶に含まれる。B環にカテキンが結合し、ダイマーを形成した化学構造をもつ。 * Theaflavin 抗酸化作用, キレート, 食品 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%86%E3%82%AA%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 茶から得られるメチル化キサンチンで、利尿作用・筋弛緩・気管支拡張・強心作用・中枢神経刺激作用をもつ。テオフィリンはcAMPを分解する 3',5'-サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼを阻害するので、アデニル酸シクラーゼやcAMPの機能に影響を与えると考えられる。 (MeSH: mesh>68013806) text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%86%E3%82%AA%E3%83%96%E3%83%AD%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff カカオ豆などの植物に含まれるアルカロイド。キサンチンアルカロイドは気管支拡張薬に用いられることがある。利尿作用や平滑筋への刺激作用はテオフィリンより弱い。中枢神経系への作用はない。(MeSH:mesh>68013805) text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%86%E3%82%B9%E3%83%88%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%AD%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 強い男性ホルモンで、睾丸のライディッヒ細胞分泌主成分。下垂体からの黄体形成ホルモン (LH, luteinizing hormone) によってテストステロン生産が刺激される。逆に、分泌されたテストステロンは下垂体のLHや卵胞刺激ホルモン (FSH, follicle-stimulating hormone) の分泌をフィードバック制御する。組織によってはテストステロンをさらにジヒドロテストステロンやエストラジオールまで変換できる。 (MeSH:mesh>68013739)… text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%86%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 原核細胞のタンパク質合成を阻害する抗生物質。アミノアシルtRNAのリボソームへの結合を阻害する。 Name Tetracycline MeSH mesh>68013752 Molecular Weight 444.435 g/mol Molecular Formula 耐性遺伝子 Tetracycline resistance protein TetB text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1264296984&do=diff 炭素を5個持つペントースで、リボースの2位の水酸基がない。DNAの構成要素である。 炭水化物, 単糖, ペントース text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%9C%E6%A0%B8%E9%85%B8?rev=1264296984&do=diff 構造 ヒトを作るのに必要な遺伝情報は、このDNA分子に収められた1.5GB。 * DNA - RCSB Molecule of the month DNA, PDB, 核酸 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%82%B6%E3%82%A4%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1264296984&do=diff 生物の遺伝子の中にある配列ではなく、ゼロから配列を設計した人工タンパク質は「デザイナータンパク質」、あるいはde novoタンパク質と呼ぶ。αへリックスやβシート構造といった二次構造を組み合わせたいくつかのde novoタンパク質は、NMR構造解析や結晶構造解析できる程度まで構造の安定化・単一化ができる。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%82%B9%E3%82%B3%E3%83%AB%E3%83%93%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296984&do=diff 酸化されたアスコルビン酸(ビタミンC）で、酸化還元によって可逆的に還元される。2,3-ジケトグロン酸のラクトンであり、ヒトへの経口投与で抗壊血作用がある。 Name Dehydroascorbic Acid Oxidized Vitamine CMeSH mesh>68003683 Molecular Weight 174.10824 g/mol Molecular Formula XLogP -1.9 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%AB%E9%85%B8?rev=1264296984&do=diff コール酸から作られる半合成胆汁酸。胆汁分泌促進薬として用いられたり、検査補助薬として用いられる。(MeSH: mesh>68003685) 化学構造, ステロイド text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%83%B3%E3%82%B0%E7%86%B1?rev=1264296984&do=diff * 長崎大学-熱帯医学研究所 * 地球温暖化に伴う蚊媒介性疾患の分布拡大の可能性について 津田良夫 * 国立感染症研究所 ウイルス第一部第2室 * ブルセラ症 ウィルス, 感染症 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF?rev=1264296984&do=diff * UCSC Genome Browser * UCSC Genome Browserのホームページ * US Department of Energy Joint Genome Institute * Eukaryotic Genomics * Washington University School of Medicine * Genome Sequencing Center * Well Come Trust Sanger Institute * Sanger Instituteのホームページ text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9%E6%A4%9C%E7%B4%A2?rev=1264296984&do=diff 遺伝子関連 遺伝子データベースのエントリはDDBJ(日本)、NCBI(米国)、EMBL(欧州)で共有されている。INSDCにより、これら三大データベース間のアクセションIDやデータフォーマットの共通化が図られている。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%9D%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296984&do=diff DNAの複製や転写にはDNAを解く必要がある。トポイソメラーゼは、DNA二重らせんをほどく酵素。（トポロジーを変える酵素） * トポイソメラーゼ I は、DNA二重らせんの巻きを解消する。dsDNAの片方の鎖のリン酸エステルをチロシンに結合させて「切れ目」を入れて回転させる。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A2%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296984&do=diff 窒素を3つ含む芳香性の5員環。 窒素を含む５員環 ピロール イミダゾール ピラゾール トリアゾール 複素環, 化学構造 text/html 2010-01-28T10:42:12+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%AD%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%B3?rev=1264642932&do=diff -> クロロホルム 別名 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%B9%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 調製法 * Trisバッファーの調製法 * TEバッファーの調製法 化学構造 * Tris塩基の化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff トリプシンは、タンパク質消化酵素の一つでポリペプチドのペプチド結合を切断する。切断する位置のアミノ酸は酵素によって特異性がある。 トリプシン 塩基性のリジンやアルギニン キモトリプシン 芳香環をもつ大きなフェニルアラニンやトリプシン エラスターゼ 小さなアラニンなど これらの酵素は活性中心にセリンがあるため、「セリンプロテアーゼ」と総称される。 (interpro>IPR009003 Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)… text/html 2010-05-23T19:28:49+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%B3?rev=1274610529&do=diff Tryptophan, Trp, W 必須アミノ酸で、幼児の成長や、成人の窒素源の調節に必要とされる。植物においては、インドールアルカロイドの前駆体である。また、抗鬱剤・睡眠補助剤として用いられているセロトニンの前駆体でもある。効率は悪いが、動物ではナイアシンの前駆体としても働く。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%B3%E3%83%93%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 血液には緊急補修のための「血液凝固システム」を持っている。その中心的な役割を果たすのがトロンビンである。このタンパク質は、フィブリノーゲン繊維をつなぎ合わせて血液の漏れをせき止める。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%B3%E3%83%9C%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff エイコサノイドとして呼ばれる脂質群のひとつ。主要なものは、トロンボキサンA2とトロンボキサンB2である。 トロンボキサンA2 プロスタグランジンエンドペルオキシドとトロンボキサンB2の間の不安定な中間体。血小板凝集や血管収縮を誘導する。ウサギ動脈収縮物質(rabbit aorta contracting substance, RCS)の構成要素。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%89%E3%82%B3%E3%82%B5%E3%83%98%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%82%A8%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296984&do=diff 化学構造, 必須脂肪酸, 脂肪酸 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%89%E3%83%AB%E3%82%BE%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1264296984&do=diff 眼圧低下作用のある効果的なカルボニックアンヒドラーゼ阻害剤 塩酸塩 化学構造, 医薬, 利尿 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8A%E3%82%B9%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 日本のなすびの外皮に含まれる紫色のアントシアン系色素。熱によって分解、褐変する。 この色素は、金属イオンと錯体を形成して安定化する。漬け物にするときに、色を鮮やかに保つためにミョウバンを加えたり鉄釘と一緒に漬けるのはこのためである。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8B%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B2%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296984&do=diff 空気中の75%を占める窒素分子は、化学的な安定性が高いために窒素原子に分けることがとても難しい。バクテリアのニトロゲナーゼ酵素は、この難しい反応を行い、生物が使いやすい分子として窒素を固定化する。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8B%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AD%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff ニューロトロフィンは神経系で分泌される小さなシグナルタンパク質である。条件によって、神経細胞を生存させるシグナルとして働く場合もあれば、細胞を殺すというまったく逆のシグナルとして働く場合もある。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 2,2-ジヒドロキシインダン-1,3-ジオン。皮膚や粘液に有毒な化合物。ペプチド結合の化学検出に使われる。（タンパク質の検出・同定、放射性ラベルの分析） Name Ninhydrin MeSH mesh>68009555 別名1,2,3-インダントリオンモノヒドラート分子式分子量178.15 g/molCAS登録番号485-47-2形状淡黄色固体融点241 ℃（分解）安全性icscja>0766 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8C%E3%82%AF%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%A0?rev=1264296984&do=diff 核内でDNA二重鎖を折りたたんでいるタンパク質複合体。DNAを物理的、化学的な損傷から守っている。 コアヒストンはH2Ax2, H2Bx2, H3x2, H4x2の8量体であり、この周りに146塩基のDNAが巻きつき、ヌクレオソームを形成する。ヌクレオソームあたり200塩基対のDNAが含まれ、粒径は約11nmである。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8D%E3%82%AA%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 原核細胞のリボソームに結合し、タンパク質の合成を阻害する抗生物質。Streptomyces fradiaeが生産する。 Name Neomycin, Framycetin MeSH mesh>68005601 Molecular Weight 614.644 g/mol Molecular Formula CAS1405-10-3 text/html 2010-04-13T13:00:58+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%8B%E3%83%80%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1271131258&do=diff 種々の生体分子の末端のシアル酸のα-2,3、α-2,6、α-2,8-グリコシド結合(反応速度順)の加水分解を触媒する酵素である。シアル酸を持つものとしては、多糖類・糖タンパク質・糖脂質・コロミン酸(シアル酸重合体)、その他合成化合物がある。 text/html 2010-04-13T13:07:07+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1271131627&do=diff 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296984&do=diff ハイグロマイシンフォスフォトランスフェラーゼはATPからハイグロマイシンへリン酸を転移させる。リン酸が付加されることで、ハイグロマイシンはリボソームに結合できなくなる。 PDB entry text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 原核細胞、真菌、真核細胞のタンパク質合成を阻害するアミノグリコシド系抗生物質。ハイグロマイシンフォスフォトランスフェラーゼ(Hph)がハイグロマイシンにリン酸を転移し、リボソーム70Sへの結合を防ぐ。アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼと同様の機構である。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%8F%E3%83%AD%E3%82%BF%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 不燃性のハロゲン化炭化水素。興奮状態がまったくなく（あってもわずか）、比較的速やかに吸収される麻酔薬。無痛覚には不適正。亜酸化窒素とともに使われる。ハロタンは十分な筋弛緩を起こさないので筋神経系をブロックする薬剤が必要とされる。 (From AMA Drug Evaluations Annual, 1994, p178)(MeSH: mesh>68006221) text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%90%E3%82%AF%E3%83%86%E3%83%AA%E3%82%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC%E3%82%B8%CF%86x174?rev=1264296984&do=diff 細菌（バクテリア）に感染するファージの一つ。立体構造としては、PDBデータベースの記念すべき10000番目のエントリで、データベースの中でも飛びぬけて巨大な構造。420本のポリペプチド鎖からなり、50万個を越える原子をもつ。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%90%E3%82%AF%E3%83%86%E3%83%AA%E3%82%AA%E3%83%AD%E3%83%89%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 光合成を通じて植物は日光を取り入れて糖を作り出し、これらの糖は成長やエネルギーに必要とされるすべての開始物質として供給される。植物の光合成は複雑な光アンテナ、光合成系I、光合成系IIのシステムが協同して行っているが、古細菌の高度好塩菌は、バクテリオロドプシンによってもっと単純な方法でプロトン排出を行っている。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC?rev=1264296984&do=diff ->緩衝液 text/html 2010-05-23T19:26:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%90%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1274610387&do=diff Valine, Val, V 側鎖に疎水性の側鎖をもつ必須アミノ酸。分岐鎖をもつ分岐鎖アミノ酸であり、刺激作用ももつ。筋肉や組織修復を促進するアミノ酸であり、ペニシリン生合成の前駆体でもある。語源はアミノ吉草酸(valeric acid)の「Val」から。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%90%E3%83%AB%E3%83%87%E3%83%8A%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AB?rev=1264296984&do=diff バルデナフィルはホスホジエステルエステラーゼ５の阻害剤で、勃起不全治療に用いられる。男性が性交渉中の勃起を維持することを補助する。市場では「レビトラ」という商標でバイエルが販売している。 text/html 2010-03-26T12:34:33+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%90%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1269574473&do=diff 放線菌Streptomyces orientalisから得られた抗菌剤。リストセチンに関連する糖ペプチドで、バクテリアの細胞壁合成を妨げる。腎臓や内耳に対する毒性がある。 * MeSH * VANCOMYCIN HYDROCHLORIDE injection, powder, lyophilized, for solution - DailyMed * Vancomycin text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%91%E3%83%AB%E3%83%9F%E3%83%81%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296984&do=diff 動物の脂肪や植物油に含まれる、炭素数16の飽和脂肪酸。ヘキサデカン酸。 化学構造, 脂肪酸 text/html 2010-03-29T08:17:39+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%92%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1269818259&do=diff ヒスチジンの酵素的な脱炭酸反応によって生成されるアミン。胃液分泌・気管支平滑筋の収縮・血管拡張の強力な刺激剤で、また、中枢作用性の神経伝達物質である。 * MeSH * 喘息 - Biosystems * Histamine text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%81%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff Histidine, His, H 側鎖にイミダゾール基を持つ塩基性アミノ酸。必須アミノ酸。イミダゾール基は酵素反応において基質の中間体を安定化させたり、金属イオンの配位子となって酵素の活性部位で重要な役割を果たすことが多い。ヒスタミンの前駆体である。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%92%E3%83%80%E3%83%B3%E3%83%88%E3%82%A4%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 二重結合を持たない、還元化イミダゾリンの誘導体 Name Hydantoin MeSH mesh>68048289 (2005) Molecular Weight 100.07606 g/mol Molecular Formula XLogP -1.3 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 水酸基の付加したプロリン（イミノ酸）。 皮膚などの組織に必要なコラーゲンは、プロリンヒドロキシラーゼによってプロリンが翻訳後修飾を受けてできる。アスコルビン酸が欠乏するとヒドロキシプロリン生成できなくなる。（ビタミンCが肌に良いとされる理由の一つである。） text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%92%E3%83%9D%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff アデノシンの代謝反応中間体のプリン。核酸として再生される反応経路がある。 化学構造, 核酸, 塩基 text/html 2010-04-23T12:38:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%92%E7%B4%A0?rev=1271993902&do=diff 光沢のある灰色の元素で、元素記号は「As」、原子番号33、原子量75である。宇宙全体に存在しほとんどは金属ヒ素の形態である。ヒ素を含むほとんどの化合物に毒性がある。4th Annual Report on Carcinogens (NTP 85-002, 1985)には、ヒ素やヒ素化合物が発がん性物質としてあげられている。(Merck Index, 11th ed) text/html 2010-04-05T12:43:31+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%93%E3%82%A6%E3%83%AC%E3%83%83%E3%83%88?rev=1270439011&do=diff 非タンパク質の窒素源として羊や牛の飼料に添加される。硫酸銅を含む強アルカリ溶液では銅イオンのキレートによって紫色を呈色する。 変性させたタンパク質の主鎖や側鎖がビウレットのように銅イオンをキレートすることによって定量する方法はBiuret法と呼ばれる。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%93%E3%82%AA%E3%82%B7%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff リジンの側鎖のアミノ基にビオチンのカルボキシル基がアミド結合したもの。 アミノ酸, アビジン・ビオチン text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%93%E3%82%AA%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 水溶性の補酵素で、すべての細胞にごく少量必要とされ、ビタミンHとも呼ばれる。多くはタンパク質やポリペプチドにアミド結合した状態で存在しており、肝臓・腎臓・脾臓や、酵母や牛乳、卵白に含まれる。ヒトの腸内細菌が作り出すことも知られている。 text/html 2010-05-04T21:41:29+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%93%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%B3b12?rev=1272976889&do=diff 配位子としてコバルトイオンを含む有機化合物で、腸内の微生物によって生産され、土壌や水中にも存在する。高等植物はビタミンB12を濃縮しないので、動物由来の物質に比べるとビタミンB12に乏しい。内因子(IF)はビタミンB12の吸収に重要である。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%94%E3%83%9A%E3%83%AA%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff ピペリジンは常温で液体の窒素を一つ有する複素環で、有機化学反応において塩基として用いられる。 複素環, 塩基, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%94%E3%83%A9%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296984&do=diff 2つの窒素が並んだ構造の複素芳香環。イミダゾールと窒素の位置が異なる。 ピロール イミダゾール ピラゾール トリアゾール * MeSH: mesh>68011720 化学構造, 複素環 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%94%E3%83%AA%E3%83%9F%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 6員環の複素環で、天然にさまざまな置換体が存在する。シトシン、チミン、ウラシルといった核酸の構成要素である。 Name Pyrimidine Y MeSH mesh>68011743 Molecular Weight 80.08796 g/mol Molecular Formula XLogP -0.3 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%94%E3%83%AB%E3%83%93%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296984&do=diff 炭化水素、アミノ酸、タンパク質、脂肪などの代謝系における中間体。チアミン(ビタミンB1)欠乏症では、ピルビン酸の酸化が遅れ、神経などの組織に蓄積してしまう。 化学構造, 代謝反応, ビタミン text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%94%E3%83%AC%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff * Safety icscja>1474 * SDBS: 878 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%94%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296984&do=diff ひとつの窒素原子をもつ５員環（アゾール）であり、二つの二重結合をもつ芳香環。 窒素を含む５員環 ピロール イミダゾール ピラゾール トリアゾール * ポルフィリン * MeSH: mesh>68011758 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%BC%E6%BB%85%E8%8F%8C?rev=1264296984&do=diff 菌の大きさより目の小さなフィルターで無菌液を得る方法で、熱をかける必要のない滅菌法である。 たとえば、市販されているポアサイズ0.45µmあるいは0.22µmのシリンジフィルターを使えば、1µm程度の菌は排除できる。ポアサイズより小さなウィルスやファージは取り除くことができない。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8B%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%83%92%E3%83%89%E3%83%AD%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296984&do=diff フェニルアラニンヒドロキシラーゼは、フェニルアラニン(Phe)にヒドロキシル基(-OH)を付加し、チロシン(Tyr)を生成する。 Phe -> Tyr * Phenylalanine Hydroxylase - RCSB PDB 'Molecule of the month' text/html 2010-05-23T19:33:00+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8B%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1274610780&do=diff Phe, F 必須アミノ酸で、芳香環側鎖を持つ。メラニン、ドーパミン、ノルアドレナリン、チロキシンといったホルモンの前駆体である。 Name L-Phenylalanine CAS No.63-91-2MeSH mesh>68010649 Molecular Weight 165.18914 g/mol Molecular Formula XLogP -1.4 Molecular Weight 165.189m.p.266-276℃pK1(25℃)2.16pK2(25℃)9.18 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%BB%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%AD%E3%83%9B%E3%83%AB%E3%83%A0%E6%8A%BD%E5%87%BA?rev=1264296984&do=diff 溶液からタンパク質を取り除き、核酸（DNAやRNA）を抽出する方法。タンパク質がフェノールによって不溶化することを利用する。PCI抽出、あるいはフェノクロ呼ばれる。 方法 * フェノール・クロロホルム溶液をDNA溶液に等量加え、激しくしんとうする。 * 遠心(r.t., 10000rpm, 5-15min) * DNAは上清の水層に溶解しているので、水層を新しいチューブに移す。 下層（有機層）との間の不溶物がタンパク質を多く含む沈殿。 * 上層と下層の間に沈殿が出なくなるまで抽出を繰り返す。(2-3回) * 最後に、クロロホルムだけを加え、激しくしんとうし、遠心。 （この操作で水層に溶けているフェノールをクロロホルム層へ移します。） * 上層を回収し、エタノール沈殿… text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296984&do=diff 消毒、防腐剤。広い範囲の微生物（ある種のカビやウィルスを含む）に対して有効だが、胞子に対する効果は遅い。かつては皮膚の消毒やかゆみ止めに用いられていた。 b.p.182 °Cm.p.43 °C (常温では固体)d 1.06 g/cm³ XLogP 1.6 安全性icscja>0070 text/html 2010-05-17T22:04:50+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%AA%E3%83%81%E3%83%B3%E3%81%A8%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1274101490&do=diff 鉄イオンは、生体内でさまざまな役割を果たしている。ヘモグロビンのヘムに分子状の酸素を結合したり、電子伝達系で電子一個を授受したりしている。こういった仕事は他の有機分子やタンパク質だけでは難しい反応である。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%9C%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%83%89?rev=1264296984&do=diff フラボンに似た構造をもつフェニルベンゾピラン類。（MeSH: mesh>68005419） * フラボノール * アントシアニン 化学構造, 色素, 植物 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%83%A9%E3%83%9C%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296984&do=diff フラボノイド群のうち、3位がヒドロキシル、4位がケトンになっているもの。 * フラボノイド * アントシアニン 色素, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1264296984&do=diff 果実やはちみつに含まれる天然の単糖で、6個の炭素を持つヘキソースである。水、アルコール、エーテルなどに溶解する。防腐剤・保存料に用いられたり、非経口的栄養補給において静脈内注射や静脈内点滴に用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%96%E3%82%BF%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB%E6%BF%83%E7%B8%AE?rev=1264296984&do=diff DNA溶液などの水溶液とブタノールを混合し、水を含むブタノール層を捨てていくことで水溶液を濃縮すること。 原理 n-ブタノールは4つの炭素をもつ直鎖状のアルコールであり、水と混合すると二層分離する。しかし、クロロホルムなどの非極性溶媒と異なり、ある程度の水分子を含むことができる。(100mLあたり7.7g)　そのため、 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%96%E3%83%89%E3%82%A6%E7%B3%96?rev=1264296984&do=diff ブドウ糖 -> グルコース, Glucose 別名 text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%96%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%94%E3%82%AA%E3%83%B3?rev=1264296984&do=diff 単環のアミノケトン抗うつ剤。治癒の作用機構はあまり分かっていないが、ドーパミンの再吸収を阻害するようである。ブプロピオンの塩酸塩は、禁煙補助剤として用いられる。(MeSH) text/html 2010-01-24T10:36:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%BB%E3%83%A9%E7%97%87?rev=1264296984&do=diff * デング熱 ウィルス, 感染症 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%96%E3%83%AC%E3%82%AA%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff ブレオマイシンは、1966年、日本の梅沢浜夫博士によって発見された抗癌剤で、Streptomyces verticillusで非リボソーム合成で産生される糖ペプチド。金属イオンを補因子としてキレートし、分子状酸素を活性化することフリーラジカルを作ってDNAを損傷すると考えられている。(MeSH:mesh>68001761) text/html 2010-03-08T21:44:14+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%96%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%96%E3%83%AB%E3%83%BC?rev=1268052254&do=diff * キシレンシアノールFF * ポリアクリルアミドゲル * Bromophenol blue 電気泳動, 色素, マーカー text/html 2010-04-16T19:33:19+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%83%81%E3%83%83%E3%82%AF%E5%99%A8%E5%85%B7%E3%81%AB%E4%BD%BF%E3%81%88%E3%82%8B%E6%BA%B6%E5%AA%92?rev=1271413999&do=diff バイオの実験で使われる器具と溶媒に対する安定性の目安（室温） 材質 耐性 LDPEHDPEPSPEPVDF PP アセトニトリル O O X X O O アセトン X X O X X ▲ イソプロパノール O O O O O O エーテル X X X X O X エタノール O O O O O O キシレン X X X X O ▲ クロロホルム X X X X O X ジエチルエーテル X X X X O X ジメチルスルホキシド(DMSO) O O O O X O N,N-ジメチルホルムアミド(DMF) O O O X X O フェノール X X X X Δ ▲ n-ブタノール O O… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%83%9F%E3%83%89%E6%8A%BD%E5%87%BA?rev=1264296983&do=diff 大腸菌などの菌体を溶解し、プラスミドDNAを抽出する方法で、精製度は高くないが操作が簡便な抽出方法である。プラスミドや菌株にもよるが、培養液数1-2mLで数百ナノグラムスケールのプラスミドDNAが得られる。 text/html 2010-04-06T12:53:39+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%83%86%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1270526019&do=diff 五員環のケトライド(アダマンタンに似た構造)がアミド結合で3-アミノ2,4-ジヒドロキシ安息香酸に結合した構造。細胞の脂質合成を阻害する。メルクのグループが南アフリカの土壌のStreptomyces platensisからの化合物のスクリーニングで発見した。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff プリン塩基として知られる複素環で、自然界では置換基をもつ多様な誘導体が存在する。核酸であるアデニンとグアニンはプリン塩基をもち、また、カフェインやテオフィリンのような多くのアルカロイドもプリン塩基を含む。尿酸はプリン代謝の最終生成物である。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff アラキドン酸(20個の炭素をもつ不飽和脂肪酸)からシクロオキシゲナーゼによる反応を経て得られる化合物。非常に多くの生理的な現象にかかわっている。 (MeSH: mesh>68011453) プロスタグランジン エンドペルオキシド アラキドン酸からプロスタグランジン群やトロンボキサンを生合成する前駆体　これらは生理学的にも活性な化合物で、血管や気道平滑筋、血小板凝集などに影響を与える。もっとも良く見られるのはプロスタグランジンH2である。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%94%E3%82%AA%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%99%E3%82%BF%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff Prednisoloneの誘導体で高い糖質コルチコイド活性と低いミネラルコルチコイド活性がある。皮膚吸収がfluocinonideよりも速く、乾癬の治療に用いられるが、副腎皮質機能が抑制される。 化学構造, ステロイド, 副腎皮質 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff Pro, P 遺伝子にコードされるアミノ酸の中で、唯一のイミノ酸。側鎖によって主鎖の構造が最も制限されるアミノ酸。二次構造の間にターンを形成させたり、特殊な二次構造（ex. コラーゲン）を形成させる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%98%E3%83%97%E3%82%BF%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff 以前はシロアリやその他の昆虫を防除するために使われていた人工化合物。1980年後半の間にアメリカでは生産が中止されたが、まだ土壌や有害廃棄場には残っている。動物やヒトにも明らかに有害だが、国際がん研究機関はヘプタクロルはヒトに対する発がん性があるものと分類できないと決定している。(ATSDR Public Heath Statement, April 1989) text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%98%E3%83%9E%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%83%81%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff ヘマグルチニンは、ウィルス表面に生えている2種類のポリペプチド鎖からなるタンパク質。ヒトの細胞表面の糖鎖を特異的に認識・結合し、ヒトの細胞膜とウィルス表面を近づけて感染を開始する。 text/html 2010-04-09T19:40:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%98%E3%83%A0?rev=1270809652&do=diff * ヘモグロビン * クロロフィル 補因子, 金属, キレート text/html 2010-05-17T22:04:06+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%98%E3%83%A2%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%93%E3%83%B3?rev=1274101446&do=diff ヘモグロビンは、ミオグロビンに似た構造のタンパク質が4分子集まった複合体である。複合体を形成することによって酸素結合能がアロステリック効果を受ける。 * Hemoglobin - RCSB PDB 'Molecule of the month' * 헤모글로빈 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%99%E3%82%AF%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E5%8F%96%E5%BE%97%E3%81%99%E3%82%8B?rev=1264296983&do=diff クローニングベクターの配列は、各試薬会社のホームページで得ることができる。しかし、会社ごとにWebページのレイアウトが違うし、迷子になってしまうこともままある。一般的なクローニングベクターは遺伝子データバンクに登録されているので、データバンクから取得する方法を覚えてしまえば、迷子にならずに済むかも知れない。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%99%E3%83%90%E3%82%B7%E3%83%84%E3%83%9E%E3%83%96?rev=1264296983&do=diff Angiogenesis Inhibitors 抗VEGFモノクローナル抗体で、マウスから得られたVEGF結合CDR領域をもつヒト化抗体。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%99%E3%83%B3%E3%82%BC%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff 有毒で揮発性、可燃性の液体炭化水素で、石化炭化水素の蒸留段階で得られる。塗料・ニス・ラッカー薄め液・ガソリンなどの工業用の溶媒に使われる。ベンゼンは中枢神経系を激しく損傷し、骨髄に慢性的な損傷を引き起こし、発がん性物質でもある。かつては寄生虫駆除に用いられていた。(MeSH: mesh>68001554) text/html 2010-03-13T22:22:46+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%99%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%82%AD%E3%83%8E%E3%83%B3?rev=1268486566&do=diff 2つのケトンをもつベンゼン環。ケトン基以外の位置には置換基を導入できる。 酸化還元 キノンは可逆的にヒドロキノンに還元される。 Related protein * ベンゾキノール * Benzoquinone text/html 2010-03-13T22:25:13+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%99%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%82%AD%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1268486713&do=diff (ヒドロキノン) 2つの水酸基をもつベンゼン環。 酸化還元 ヒドロキノンは可逆的にキノンに酸化される。 Related protein * ベンゾキノン * Benzoquinol 酸化還元 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%99%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%83%94%E3%83%AC%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff ピレンにさらに芳香環が付加した化合物。変異・ガン化の原因となりうる。環境汚染物質として、あるいはタバコの煙中の成分として労働者に影響があるため、健康への影響が社会問題となっている。 text/html 2010-05-17T22:06:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9A%E3%83%8B%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%B3%E7%B5%90%E5%90%88%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1274101607&do=diff ペニシリンは細菌の細胞壁合成を阻害するが、このペニシリンに結合するタンパク質が存在すると、ペニシリンによる細胞壁合成阻害が効かない。 * Penicillin-binding Proteins - RCSB Molecule of the month * 페니실린 결합 단백질 text/html 2010-03-24T23:09:31+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9A%E3%83%8B%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1269439771&do=diff Penicillin G ペニシリンの誘導体で、感染症の治療にはナトリウム塩かカリウム塩のものが用いられる。グラム陽性菌の多くとグラム陰性球菌に効果がある。γアミノブチル酸(GABA)が媒体となるシナプス間伝達に対する効果があるため、経験的にけいれん薬としても用いられてきた。 text/html 2010-05-17T22:08:07+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9A%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1274101687&do=diff ペプシンは消化系の中で最初に見つかったタンパク質で、胃の中でポリペプチド鎖はペプシンの活性サイトの深くに結合し(pdb>5pep)、小さな断片に分解される。その後、腸のさまざまなプロテアーゼやペプチダーゼがさらに分解を進め、そのアミノ酸やジペプチドといった小さい断片は、細胞に吸収され、代謝エネルギーや新しいタンパク質の原料となる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9A%E3%83%97%E3%83%81%E3%83%89%E5%9B%BA%E7%9B%B8%E5%90%88%E6%88%90%E6%B3%95?rev=1264296983&do=diff * 固相合成用アミノ酸 * ペプチド合成マニュアル（九州大学　片山研究室） * Novabiochemサイト(英語サイト、アクセス遅) Novabiochemのカタログには合成に必要な情報が豊富。 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-03-15T21:28:45+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9B%E3%82%A6%E7%B4%A0%E4%B8%AD%E6%80%A7%E5%AD%90%E6%8D%95%E7%8D%B2%E7%99%82%E6%B3%95?rev=1268656125&do=diff 癌細胞、とりわけグリオーマやメラノーマの治療法で、ホウ素同位体(10B)を対象細胞に導入しておいてから熱中性子を放射する。 * MeSH * Boron neutron capture therapy 治療法 text/html 2010-04-23T12:26:50+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9B%E3%82%A6%E7%B4%A0?rev=1271993210&do=diff Number 5 Name Boron Weight 10.81 Density 2.34 g/cm3 Electron config. [He]2s22p Isotope Weight Ratio 105B10.0129 19.9% 115B11.0093 80.1% 動植物に不可欠とされる痕跡元素(微量元素)で、表記は「B」、原子番号は5で、原子量は10.81である。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9B%E3%82%A6%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff * TBEバッファー 酸, バッファー text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9B%E3%82%B9%E3%82%B2%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff 毒性の非常に高いガスで、化学兵器として使用されてきた。これは、致死濃度のガスを吸入してもすぐには刺激がない、潜行性の毒である。(The Merck Index, 11th ed, p7304) 毒, 神経, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9B%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296983&do=diff ホスファターゼは5'末端のリン酸を脱リン酸化する。ホスファターゼ処理後は5'はヒドロキシル末端となる。 BAPとCIAP 遺伝子工学用の試薬としては、CIAP (Calf Intestine Alkaline Phosphatase)や、BAP(Bovine alkaline phosphatase)がよく用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9B%E3%82%B9%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%81%E3%82%B8%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff Name Phosphatidylcholine Molecular Weight 314.249401 g/mol Molecular Formula 化学構造 text/html 2010-03-08T21:40:40+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%89%E3%82%B2%E3%83%AB?rev=1268052040&do=diff ポリアクリルアミドゲルは、DNAの電気泳動によく用いられる。数bpから1000bp程度の比較的短いDNAを分離することができる。数kbpのDNAを分離するにはアガロースゲルを用いる。 アクリルアミドゲル濃度とDNAのサイズ アクリルアミド濃度 % (w/v) DNA (bp) キシレンシアノールFF(XC) ブロモフェノールブルー(BPB) 3.5 1000-2000 460 100 5 80 - 500 260 65 8 60 - 400 160 45 12 40 - 200 70 20 15 25 - 150 60 15 20 6 - 100 45 12 * アガロースゲル * Polyacrylamide gel… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%A3%E3%83%AB%E3%82%B9?rev=1264296983&do=diff * 今月の分子2001 * Poliovirus and Rhinovirus - RCSB PDB 'Molecule of the month' * ライノウィルス ウィルス, PDB text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9D%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff ポルフィン環を含む化合物をポルフィリンと呼ぶ。ポルフィン環は4つのピロール環がメチンで環状に架橋されており、それらピロール環が修飾されたさまざまな誘導体が存在する。側鎖の異なる誘導体は、接頭語が付加されて呼ばれる。(例：ウロポルフィリン, ヘマトポルフィリン,プロトポルフィリンなど)　ポルフィリンは鉄と結合し、ヘモグロビンやミオグロビンのような生物学的に非常に重要なヘムを形成する。(MeSH)… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9D%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff (MeSH: mesh>68011166) 複素環, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9E%E3%82%B4%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%BB%E3%83%A9%E3%83%94%E3%83%BC?rev=1264296983&do=diff マゴットセラピー（ウジ壊死切除治療(MDT)、 幼虫治療(larval therapy, larvae therapy)として知られる）は、壊死組織だけを選択的に切除（掃除）させるために、わざと無菌のウジをヒトや動物の皮膚や柔らかい組織へ導入する生物学的治療法（バイオセラピー）である。 text/html 2010-05-17T22:13:03+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9F%E3%82%AA%E3%82%B0%E3%83%AD%E3%83%93%E3%83%B3?rev=1274101983&do=diff 分子状酸素をヘム鉄に配位結合し、酸素を貯蔵・運搬する球状タンパク質。初めて原子レベルでの立体構造決定されたタンパク質である。 ～RCSB PDBサイト「今月の分子」から～ Myoglobin - RCSB PDB Molecule of the month text/html 2010-05-17T22:15:37+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%9F%E3%82%AA%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1274102137&do=diff ATPのもつ化学エネルギーを物理的な動きに変えるタンパク質。四肢の筋肉も心臓の拍動もミオシンの働きによるものである。 * Myosin - RCSB PDB 'Molecule of the month' * 今月の分子2001 * 미오신 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff 無色・可燃性の液体で、フォルムアミドや酢酸の生産・有機化学合成・不凍溶媒のための溶媒として用いられる。メタノールは有毒であり、摂取により失明することがある。 d0.7918 g/cm3m.p.-97 ºCb.p.64.7 ºC化学物質安全性カード text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%89%E3%83%9B%E3%82%B9?rev=1264296983&do=diff * 化学物質安全性カード 化学構造, 毒 text/html 2010-05-23T19:34:56+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A1%E3%83%81%E3%82%AA%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1274610896&do=diff Methionine, Met, M 側鎖に硫黄原子をもつ必須アミノ酸。硫黄原子は、メチル基を他の分子に供与したり、他の分子を受け取る重要な役割を果たしている。また、重金属の配位子としても働く。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296983&do=diff メチラーゼ (Methylase, Methyltransferase, MTase) 大腸菌などのバクテリアにおける制限修飾系(Restriction and modification system)として知られる酵素のうち、メチル化修飾を行う酵素。遺伝子工学実験で用いられるのは、核酸の特定の塩基配列を認識し、特定部位をメチル化するTypeIIの制限修飾系メチラーゼである。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff * メラミン添加によるペットフード原材料の擬装 （愛知県衛生研究所　化学部） * メラミン * シアヌル酸 * アンメリド * アンメリン * Chemical safety cards: icscja>1154 毒, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A2%E3%83%AB%E3%83%9B%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff 化学構造, 溶媒 text/html 2010-03-31T12:31:57+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A6%E3%83%8B%E3%83%90%E3%83%BC%E3%82%B5%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%89%E3%83%B3?rev=1270006317&do=diff -> コドン表 別名 text/html 2010-05-17T22:18:18+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A6%E3%83%93%E3%82%AD%E3%83%81%E3%83%B3?rev=1274102298&do=diff 多くのタンパク質の寿命は 2,3分で、細胞は1つの仕事のためにタンパク質を合成し、仕事が終わったら廃棄する、というサイクルを延々と続けている。細胞はタンパク質の合成だけでなく廃棄もコントロールしており、ユビキチンは使い終わったタンパク質に付けられる「廃棄物タグ」のようなタンパク質である。タグの付いたタンパク質はプロテアソーム（タンパク質分解酵素複合体）で分解される。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%8E%E3%82%A6%E3%82%A3%E3%83%AB%E3%82%B9?rev=1264296983&do=diff * 今月の分子2001 * Poliovirus and Rhinovirus - RCSB PDB 'Molecule of the month' * ポリオウィルス ウィルス, PDB text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%A9%E3%82%AF%E3%82%BF%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296983&do=diff βラクタマーゼ * interpro>IPR001466 InterProエントリ（タンパク質ファミリー） * brendaec>3.5.2.6 Brendaエントリ（酵素データベース） * ペニシリン * アンピシリン 酵素, PDB, JMol text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%82%AC%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296983&do=diff ポリヌクレオチド（DNA, RNA)の5'リン酸末端と3'ヒドロキシル末端を結合する酵素。生体内において、DNAの複製・修復時に必要となる。 ATP 細胞内での反応 DNAの複製 * ポリメラーゼでつながれた岡崎断片の5'末端と3'末端を結合する。 text/html 2010-05-23T19:38:36+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%82%B8%E3%83%B3?rev=1274611116&do=diff Lysine, Lys, K 側鎖に4つのメチレンを挟んでアミノ基をもつ塩基性アミノ酸で、必須アミノ酸の一つ。家畜の飼料に混合される。 語源は、カゼインの加水分解物(lysis)から見つかったことから。 text/html 2010-05-17T22:22:50+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%82%BE%E3%83%81%E3%83%BC%E3%83%A0?rev=1274102570&do=diff リゾチームは小さな細胞外酵素で、細菌を覆っている細胞壁を攻撃することによって細菌感染から身体を守っている。 細菌は炭化水素(多糖)によって堅い膜を形成していて、糖の鎖を短いペプチド鎖でしっかり連結している。この細胞壁が細菌の弱い細胞膜を補強しており、高い浸透圧に耐えられるようになっている。リゾチームは、この炭化水素の鎖を切って細胞壁をバラバラにしていき、その結果、バクテリアは自分自身の浸透圧によって破裂する。… text/html 2010-04-07T08:36:31+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%8D%E3%82%BE%E3%83%AA%E3%83%89?rev=1270596991&do=diff リネゾリドは23S rRNAに結合することによって、バクテリアのタンパク質合成を阻害する。 Related proteins * MeSH * Linezolid 抗感染薬, タンパク質合成阻害剤 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff 多価不飽和脂肪酸の一つ。植物の配糖体に幅広く存在する。プロスタグランジンや細胞膜の生合成に必要とされる必須脂肪酸である。 化学構造, 必須脂肪酸, 脂肪酸 text/html 2010-05-17T22:27:41+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%83%A0?rev=1274102861&do=diff 細胞活動の大部分を占めるのがタンパク質合成である。リボソームはタンパク質の合成を担う巨大な複合体である。 タンパク質合成は、たくさんの分子を必要とする複雑なプロセスで、DNA・DNAポリメラーゼ・RNAポリメラーゼ、リプレッサーホスト、DNA修復酵素・トポイソメラーゼ・ヒストン、tRNA・アシルtRNAシンテターゼ、分子シャペロンなどの分子がかかわる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1264296983&do=diff 5個の炭素を持つペントースで、生体内では通常はD型である。RNAの構成要素である。 炭水化物, 単糖, ペントース text/html 2010-04-13T12:30:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B6?rev=1271129452&do=diff -> ザナミビル 別名 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%B3%E8%84%82%E8%B3%AA?rev=1264296983&do=diff １つまたは２つのリン酸基を持つ脂質で、特にグリセロリン脂質やスフィンゴ脂質誘導体のもの。頭部の親水部分と尾部の疎水部による極性が細胞膜の形成や機能に重要であり、細胞膜にもっとも豊富に含まれている。しかし、多量に貯蔵されることはない。 text/html 2010-04-12T13:22:46+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%82%AA%E3%82%BB%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%93%E3%83%AB?rev=1271046166&do=diff -> オセルタミビル 別名 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC?rev=1264296983&do=diff リン酸バッファーは、カラムクロマトグラフィーや洗浄液などによく用いられる。ただ、酸性側のpHで緩衝能力が落ちることや、酵素の構造や機能に影響を与える場合もあるため、生化学的なアッセイにはあまり用いられない。多くの場合、Goodバッファーで代替できる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296983&do=diff ルシフェラーゼは、ATPを消費してルシフェリンを発光させる酸化還元酵素である。 ルシフェラーゼ ルシフェリン * 緑色蛍光タンパク質 * Luciferase - RCSB PDB site 'Molecule of the month' * AK Rainbow社のページ text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AC%E3%83%81%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff 視物質のカロテノイド成分。視覚サイクルの活性物質として働くレチノールが酸化された構造である。オプシンと結合してロドプシンを形成する。可視光を吸収するとロドプシン複合体のレチナール部分の11位の二重結合がシス体に異性化する。（暗反応では通常のトランス体に戻る。） text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AC%E3%83%81%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff レチノールは、網膜の代謝・上皮組織の分化・骨形成・再生・免疫応答などに必須の栄養素。植物のさまざまなカロテンから分解して生成される。また、肝臓・卵黄・乳製品の脂肪分に多く含まれている。 text/html 2010-05-17T22:31:12+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%81%A8%E3%82%A4%E3%82%BD%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%81%AE%E6%AF%94%E8%BC%83?rev=1274103072&do=diff ロイシンとイソロイシンは化学組成が等しい構造異性体であり、次のような違いがある。 * ロイシンは主鎖から離れたγ炭素で分岐している。 * イソロイシンは主鎖に近いβ炭素で分岐している。 text/html 2010-05-23T20:00:25+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E3%83%AD%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1274612425&do=diff Leucine, Leu, L 疎水性の側鎖を持つ必須アミノ酸。ヘモグロビン合成に重要なアミノ酸の一つである。 Name L-Leucine MeSH mesh>68007930 CAS No.61-90-5Molecular Weight 131.17292 g/mol Molecular Formula XLogP -1.4 pK1(25℃)2.33pK2(25℃)9.74呈味苦味 text/html 2010-04-10T21:25:18+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%90?rev=1270902318&do=diff PDB（タンパク質構造データベース）を運営しているRCSBでD.S. Goodsellが月に一回ある分子の構造を選んで解説しているページ。豊富なイラストとともにタンパク質の機能について分かりやすく解説されている。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902000?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2000年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2000 by D.S. Goodsell * Myoglobin - ミオグロビン * Bacteriophage phiX174 - バクテリオファージφX174 * DNA Polymerase - DNAポリメラーゼ * Collagen - コラーゲン * Cytochrome c Oxidase - シトクロムcオキシダーゼ * HIV-1 Protease - HIV-1プロテアーゼ * Nucleosome - ヌクレオソーム * Restriction Enzymes - 制限酵素 * Lysozyme - リゾチーム * Ribosome - リボソーム * Rubisco - Rubisco * Pepsin - ペプシン… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902001?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2001年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2001 by D.S. Goodsell * Alcohol Dehydrogenase - アルコールデヒドロゲナーゼ * Insulin - インシュリン * Transfer RNA - tRNA * Aminoacyl-tRNA Synthetases - アミノアシルtRNAシンテターゼ * Cyclooxygenase - シクロオキシゲナーゼ * Myosin - ミオシン * Actin - アクチン * Poliovirus and Rhinovirus - ポリオウィルス/ライノウィルス * Antibodies - 抗体 * Photosystem I - 光合成系I * DNA - DNA * Glycogen Phosphorylase - グリコーゲンホスホリラーゼ… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902002?rev=1264296983&do=diff 今月の分子2002 RCSB PDBサイトで2002年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2002 by D.S. Goodsell * Thrombin - トロンビン * Nitrogenase - ニトロゲナーゼ * Bacteriorhodopsin - バクテリオロドプシン * Anthrax Toxin - 炭疽毒素 * Penicillin-binding Proteins - ペニシリン結合タンパク質 * Glutamine Synthetase - グルタミンシンテターゼ * p53 - p53 * Chaperones - シャペロン * Reverse Transcriptase -逆転写酵素 * Dihydrofolate Reductase - ジヒドロ葉酸レダクターゼ * Ferritin and Transferrin - フェリチンとトランスフェリン * Cytochrome c - シトクロムc… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902003?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2003年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2003 by D.S. Goodsell * Serum Albumin - 血清アルブミン * Potassium Channels - カリウムチャンネル * lac Repressor - lacリプレッサー * RNA Polymerase - RNAポリメラーゼ * Hemoglobin - ヘモグロビン * Green Fluorescent Protein (GFP) - GFP * Src Tyrosine Kinase - Srcチロシンキナーゼ * Calmodulin - カルモジュリン * Estrogen Receptor - エストロゲンレセプター * Trypsin - トリプシン * Simian Virus 40 - SV40 * Catabolite Activator Protein - カタボライト活性化タンパク質… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902004?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2004年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2004 by D.S. Goodsell * The Glycolytic Enzymes * The Calcium Pump * Growth Hormone by D.S. Goodsell and S. Dutta * Serpins * Acetylcholinesterase * DNA Ligase * Caspases * Catalase * G Proteins * Photosystem II * Ubiquitin text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902005?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2005年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2005 by D.S. Goodsell * Phenylalanine Hydroxylase - フェニルアラニンヒドロキシラーゼ * Major Histocompatibility Complex - MHC (主要組織適合複合体) * T-Cell Receptor - T細胞受容体(TCR) * Kinesin - キネシン * Self-splicing RNA - 自己スプライシングRNA * Carotenoid Oxygenase - カロテノイドオキシゲナーゼ * TATA-Binding Protein - TATA結合タンパク質 * Neurotrophins - ニューロトロフィン * Cholera Toxin - コレラトキシン * Designer Proteins - デザイナータンパク質 * Acetylcholine Receptor - アセチルコリンレセプター * ATP Synthase - AT… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902006?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2006年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2006 by D.S. Goodsell * Topoisomerases * Alpha-amylase * Tissue Factor * Hemagglutinin * Glucose Oxidase * Luciferase * Amyloid-beta Precursor Protein * AAA+ Proteases * Elongation Factors * Cytochrome p450 * Fibrin * Transposase text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BB%8A%E6%9C%88%E3%81%AE%E5%88%86%E5%AD%902007?rev=1264296983&do=diff RCSB PDBサイトで2007年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2007 by D.S. Goodsell * Importins * Exosomes * Zinc Fingers * Clathrin by G.T. Johnson and D.S. Goodsell * Aconitase and Iron Regulatory Protein 1 * Fatty Acid Synthase * Thymine Dimers * Anabolic Steroids * Citrate Synthase * Superoxide Dismutase * Multidrug Resistance Transporters * Oxidosqualene Cyclase text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BC%B8%E9%95%B7%E5%9B%A0%E5%AD%90?rev=1264296983&do=diff 伸長因子は、RNAからタンパク質を合成する「翻訳」において、ポリペプチド鎖の伸長を促進するタンパク質。EF-Tu(EF-1)はアミノアシルtRNAをリボソームのA部位に正しく供給し、EF-G(EF-2)は、次のtRNAが入れるように、リボソームのA部位の場所を空ける。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E4%BE%B5%E5%85%A5%E7%94%9F%E7%89%A9%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1264296983&do=diff ほ乳類鳥類は虫類両生類魚類昆虫類その他の動物維管束植物 独立行政法人　国立環境研究所は日本における侵入生物を調査し、データベースを公開している。 人間の活動によって本来の生息地から離れた場所に持ち込まれた生物が、その土地の固有種を駆逐、淘汰していくことがある。食用として輸入した種や、害獣の補食のために別の土地に放したもの、あるいは愛玩動物として飼育していたものが野生化してしまうのが原因のひとつである。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%81%8F%E5%B7%AE%E5%B9%B3%E6%96%B9%E5%92%8C?rev=1264296983&do=diff Excelで計算するには、DEVSQP(A1:A4)のように使います。 * 統計解析のメモ * 標準偏差 統計解析, Excel text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%85%89%E5%90%88%E6%88%90%E7%B3%BBi?rev=1264296983&do=diff 光合成系I (PS I)は光エネルギーを受け取り、巧みに配置された補酵素に沿って電子をリレーする。 * Photosystem I 光合成系I * Photosystem I - RCSB PDB 'Molecule of the month' * バクテリオロドプシン text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%85%89%E5%90%88%E6%88%90%E7%B3%BBii?rev=1264296983&do=diff 光合成系IIは、光を受けるとそのエネルギーを利用して水分子から電子を引き抜き、その電子は光合成系Iへ流れていく。電子が引き抜かれた水分子からは、プロトンと酸素ガスが生成される。 text/html 2010-05-04T21:39:59+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%86%85%E5%9B%A0%E5%AD%90?rev=1272976799&do=diff 胃腺の細胞から分泌される糖タンパク質。ビタミンB12の吸収に必要とされる。内因子が欠損するとビタミンB12欠乏症や悪性貧血(PA)を引き起こす。 * MeSH * Intrinsic factor MeSH, 糖タンパク質 text/html 2010-04-08T08:52:34+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%88%86%E5%B2%90%E9%8E%96%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8?rev=1270684354&do=diff 分岐鎖アミノ酸(BCAA)は、アミノ酸側鎖の部分がβ炭素で分岐しているイソロイシン、ロイシン、バリンの総称。いずれも必須アミノ酸であり、筋肉組織に豊富にふくまれることから、サプリメントとして使用されることが多い。 text/html 2010-01-28T11:20:33+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%88%86%E9%85%8D%E4%BF%82%E6%95%B0?rev=1264645233&do=diff 分配係数（ぶんぱいけいすう）は、化学物質の性質を表す数値のひとつ。対象とする物質が、ある2つの相の接した系中で平衡状態にある場合を対象として、各相の濃度比またはその常用対数で示す。物質の疎水性や移行性の指標となる。分配関数とは特に関係はない。(フリー百科事典ウィキペディア) text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%88%B6%E9%99%90%E4%BF%AE%E9%A3%BE%E7%B3%BB?rev=1264296983&do=diff (Restriction and modification system type I, type I R-M system) 大腸菌に代表されるバクテリアの制限修飾系。ファージからの感染を防ぐためのシステム。EcoKIやEcoBIなど。菌のゲノム上の特定の配列をメチラーゼで修飾（メチル化）し、メチル化されていない外来遺伝子を制限（切断）することによって外来遺伝子からゲノムを守る。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%88%B6%E9%99%90%E9%85%B5%E7%B4%A0%E3%81%AE%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC?rev=1264296983&do=diff 制限酵素は適した組成（塩の種類や塩濃度）のバッファーで反応しなければならない。適した組成でない場合、反応速度が低下するだけでなく、塩基の認識が不正確になることもあるので注意しなければいけない(スター活性)。試薬を提供するベンダーによって、バッファーの組成が同一であることもあれば異なる場合もある。主なバッファーとして、NaCl濃度の異なるもの・塩としてKClを用いたもの・塩化物イオンを酢酸イオンにしたものがある。この他、塩濃度を微調節したものやBSAや界面活性剤を添加したものがある。制限酵素によっては、専用のバッファーを使わなければいけないものもある。… text/html 2010-04-19T08:15:38+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%88%B6%E9%99%90%E9%85%B5%E7%B4%A0?rev=1271632538&do=diff バクテリア（細菌）は、常にバクテリオファージ（バクテリオファージφX174など）の攻撃にさらされている。それらから身を守るために、バクテリアの多くの種は外から入ってきたDNAを切ることでバクテリオファージを攻撃する方法を編み出してきた。 text/html 2010-03-14T21:38:28+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%8C%BB%E7%99%82%E4%BB%8B%E8%AD%B7cb%E3%83%8B%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%B9?rev=1268570308&do=diff フィード text/html 2010-02-24T11:12:35+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%8D%98%E4%BD%8D%E3%81%AE%E3%83%A1%E3%83%A2?rev=1266977555&do=diff エネルギー Gibbsの自由エネルギー ΔGGibbsの自由エネルギー変化ΔGº標準状態(298K, 1atm)のΔGΔGº'標準状態かつ、pH7のΔG ジュール(J) vs カロリー(cal) 1 J0.2388 cal1 cal4.1868 J気体定数8.314 J/K･mol1.987 cal/K･mol 長さ 単位名前長さ(m)mメートル1mmミリメートル10-3, 1/1000μmマイクロメートル10-6, 1/1000,000nmナノメートル10-9, 1/1000,000,000Åオングストローム10-9, 1/10,000,000,000 = 0.1 nm 単位名前長さydヤード9.144 x 10-1mftフィート1/3yd, 3.048×10-1minインチ1/12ft, 2.54 x 10-2m * SI接頭語 * ものさし… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%8E%9F%E5%AD%90%E9%96%93%E5%8A%9B%E9%A1%95%E5%BE%AE%E9%8F%A1?rev=1264296983&do=diff * AFMの原理のFlashアニメーション (文章はポーランド語) * ライフサイエンス用原子間力顕微鏡 - JPKの代理店、東洋テクニカのサイト * 日本ビーコ * 生体分子計測研究所 (RIBM) 機器分析 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%8E%9F%E7%94%9F%E7%94%9F%E7%89%A9?rev=1264296983&do=diff * 原生生物情報サーバ - 原生生物とその他の微生物の画像/動画 データベース text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%90%B8%E5%8F%8E%E3%82%B9%E3%83%9A%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff 大きすぎる吸光度は誤差が大きい 100 0対数を取った後の数字 吸光度 Abs = log10(I0 / I) = 0.434αL * I0 = 入射光強度 * I = 透過光強度 * α = 吸光係数 * L = 物質の厚さ 分光測定 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%9B%9B%E5%88%86%E4%BD%8D%E6%95%B0?rev=1264296983&do=diff 数値群の範囲（ソートしたデータ点）を4つに分けたときの値を4分位数と呼ぶ。 名前Excel関数第1 四分位数QUARTILE(A1:A10,1)第2 四分位数(中央値)QUARTILE(A1:A10,2)第3 四分位数　QUARTILE(A1:A10,3) からを引いた値をIQR (四分位数範囲）と呼ぶ。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%9B%BA%E7%9B%B8%E5%90%88%E6%88%90%E7%94%A8%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff Fmoc-Ala-OH Fmoc-Ala-OHCAS No.35661-39-3Name2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)propanoic acidMolecular Formula C18H17NO4 Molecular Weight 311.3366 m.p.150 - 154℃ Fmoc-Arg(Pbf)-OH Fmoc-Arg(Pbf)-OHCAS No.154445-77-9NameN-α-Fmoc-N-γ-(2,2,4,6,7-pentamethyldihydrobenzofuran-5-sulfonyl)- L-arginineMolecular Formula C34H40N4O7S Molecular Weight 648.8 Fmoc-Asn(Trt)-OH Fmoc-Asn(Trt)-OHCAS No.132388-59-1Name(2S)-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)- 3-(tritylcarbamoyl)propanoic acidMolecular Formu… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%9B%BD%E9%9A%9B%E5%8C%96%E5%AD%A6%E7%89%A9%E8%B3%AA%E5%AE%89%E5%85%A8%E6%80%A7%E3%82%AB%E3%83%BC%E3%83%89?rev=1264296983&do=diff (International Chemical Safety Card, ICSC) さまざまな業種の雇用者の健康と安全性を守るため、化学物質が人体に与える影響をデータベース化したもの。 WHO(世界保健機関)・UNEP(国連環境計画)・ILO(国際労働機関)の共同事業である、IPCS(国際化学物質安全性計画)が行っている。日本では、国立医薬品食品衛生研究所が日本語のデータベースを公開しており、日本語での検索も可能になっている。… text/html 2010-03-10T13:14:40+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%9F%B9%E9%A4%8A%E7%B4%B0%E8%83%9E?rev=1268194480&do=diff ヒト cellline meaning Organism origin tissue morphology link HEK293 胎児腎human kidney (embryonic)上皮細胞 HeLa 子宮頸がんhuman Cervical cancer上皮細胞DSMZ Pubmed(1953)HL60 骨髄性白血病 human Myeloblast 血液細胞DSMZ Pubmed(1977) Pubmed(1987)A549 肺がん human lungcarcinoma 上皮細胞 DSMZ Pubmed(1973) Pubmed(1976)Jurkat T細胞白血病human TCell Leukemia血液細胞 DSMZ Pubmed(1977)SF-9 Spodoptera frugiperda insect (moth)Ovary DSMZ Pubmed(1977) Pubmed(1985)HUVEC human umbilical vein endothelial cells human Umbilical cor… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%A1%A9%E5%8C%96%E3%82%AB%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff 白色結晶あるいは結晶粉末で、低カリウム血症における電解質の補給、緩衝液への添加、肥料や爆薬への添加に用いられる。 * カリウムチャンネル * MeSH 無機, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%A1%A9%E5%8C%96%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%82%B5%E3%83%A1%E3%83%88%E3%83%8B%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff (スクシニルコリン) 4級アミンをもつ筋弛緩剤で、通常、臭素化物、塩化物、ヨウ素化物として存在する。これは、脱分極弛緩剤で、約30秒で作用し、平均3～5分の持続時間がある。スクシニルコリンは、短時間の筋弛緩が必要な外科的、麻酔、あるいはその他の処置に用いられる。(MeSH) text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%A1%A9%E5%8C%96%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff 普遍的なナトリウム塩で、調味料に使われる。血液や組織の浸透圧を維持する生物学的に重要な役割がある。 塩 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%A1%A9%E5%8C%96%E3%83%99%E3%83%AB%E3%83%99%E3%83%AA%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff 下痢の治療薬。腸内の菌の増殖を抑え、腐敗や発酵を抑制する。腸の異常な亢進を抑える。 植物由来で、漢方薬の黄柏（オウバク）の成分としても知られる。 化学構造, 医薬, 漢方 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%A4%9A%E5%89%A4%E8%80%90%E6%80%A7%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC?rev=1264296983&do=diff バクテリアが抗生物質に耐性をもつのは、次のような機構があるからである。 * 抗生物質を特異的に失活させる酵素をもっている。 * 抗生物質らしき物質を細胞外に排出する。 前者は、抗生物質を特異的に失活させる反応するラクタマーゼのような酵素である。多剤耐性トランスポーターは後者にあたり、種々の薬剤を細胞外に排出する膜貫通タンパク質である。似た構造の物質を排出できるのが特徴である。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%AD%A6%E8%A1%93%E8%AA%8C%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF?rev=1264296983&do=diff A * Biochemistry * Annual Reviews XXX * Applied and Environmental Microbiology B * BBRC * Biochemical Journal * Biochemistry * Bioinformatics * Biophysical Journal * Biopolymers * Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry C * Cancer Research * Cell * Comparative and Functional Genomics text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%B0%BF%E7%B4%A0?rev=1264296983&do=diff 尿素はアミノ酸の脱アミノ化で発生するアンモニアから肝臓で生成される。タンパク質代謝・アミノ酸代謝の最終生成物で、尿中の成分の半分は尿素。また、尿素水溶液にはタンパク質の変性作用があり、タンパク質の可溶化や構造安定性の評価に用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%B0%BF%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff キサンチンやヒポキサンチンといったオキシプリンのキサンチンオキシダーゼによる酸化生成物。ヒトや霊長類のプリン代謝の最終生成物で、他のほとんどの哺乳動物では尿酸オキシダーゼがアラントインに酸化する。 text/html 2010-05-16T08:39:06+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%B1%A5%E6%AD%B4?rev=1273966746&do=diff 年月 note 2006 2Livedoor Wikiで公開と編集を開始。 101日あたりのページビューが300を越え始める。 12Symplusサーバーへの移行作業を開始2007 1公開・ユーザ登録開始 2http://wiki.symplus.co.jp/ドメイン稼動開始。 3Jmolプラグインによる分子モデルの表示機能を追加。 PubMedから論文のタイトル・著者・巻号を取得するプラグインを追加。 PubChemデータベースへのリンク作成プラグインを追加。 UniProt,InterProデータベースへのリンク作成プラグインを追加。 YouTubeの動画を埋め込むプラグインを追加。 4メニュ−項目にデータベース検索ボックス、制限酵素メニューを追加 プルダウンメニューを作成できるSelectプラグインを開発、追加。 化学組成式をフォーマットするChemプラグインを開発、追加。 7数式をフォーマットできるmathプラグインを導入 国際化学物質安全性カード(ICSC)へのリンクを作成するICSCプラグインを開発、追加 掲示板プラグインを導… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%B9%B2%E6%B8%89rna?rev=1264296983&do=diff 短い二重鎖RNAであるsiRNAが細胞に導入されると、狙った遺伝子のmRNAを効果的に壊すことができる。これは、特定の遺伝子の機能を調べるときに非常に役に立つだけでなく、この機能を病気の治療に利用できる可能性がある。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E5%B9%B3%E5%9D%87%E5%80%A4?rev=1264296983&do=diff 算術平均 もっとも一般的に用いられ、単に「平均」と呼ばれる場合には単純算術平均を表すことが多い。 単純算術平均 単純に数値の合計を数値の個数で割った値 例 A1 1092 983 1404 192 Excelで計算するには、別のセルに=AVERAGE(A1:A4)と入力する。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%88%90%E9%95%B7%E3%83%9B%E3%83%AB%E3%83%A2%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff 下垂体から分泌される成長ホルモン * * 成長ホルモン - Pubmed x LSD 総説検索 * Growth Hormone - RCSB PDB 'Molecule of the month' ホルモン text/html 2010-05-17T22:33:48+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%8A%97%E4%BD%93?rev=1274103228&do=diff タンパク質・ポリペプチド・低分子に特異的に結合するタンパク質。血液中を循環しており、ウィルスなど外部からの異物に強固に結合し、不活性化する。たとえば、ウィルス粒子の表面を多数の抗体が認識・結合して覆ってしまえば、ウィルスの感染を防ぐことができる。一方、細菌の場合には抗体が結合するだけでは感染を防ぐことができないが、その場合には、別の免疫機構のための目印として働く。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%8A%97%E7%94%9F%E7%89%A9%E8%B3%AA?rev=1264296983&do=diff 抗生物質は、クローニング後の選択培地や培養の簡便化のために用いられる。さまざまな抗生物質があり、作用機構や対象となる菌や細胞が異なる。 細胞壁合成阻害系 細胞壁のペプチドグリカンの架橋反応を阻害する。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%9C%89%E6%A9%9F%E3%83%AA%E3%83%B3%E7%B3%BB%E8%BE%B2%E8%96%AC?rev=1264296983&do=diff 神経ガスの類似化合物で、害虫の呼吸系を麻痺させる。 フェニトロチオン -> 化学物質安全性カード - 国立医薬品食品衛生研究所 マラチオン -> 化学物質安全性カード - 国立医薬品食品衛生研究所 text/html 2010-03-09T12:46:51+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%9C%AB%E7%AB%AF%E3%81%AE%E5%B9%B3%E6%BB%91%E5%8C%96?rev=1268106411&do=diff 核酸の突出末端は酵素によって平滑末端にすることができる。酵素によって平滑化後の配列が変わることがあるので注意。 突出末端を平滑化するには、次のような酵素活性を利用する。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%9E%9C%E7%B3%96?rev=1264296983&do=diff 果糖 -> フルクトース, Fructose 別名 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%A1%A9%E5%9F%BA?rev=1264296983&do=diff 日本語 English DNAやRNAなど、核酸の塩基部分を構成する複素環 プリン ピリミジン アデニン(A) グアニン(G) シトシン(C) チミン(T) ウラシル(U) 5-メチルシトシン 6-メチルアデニン Number プリン環ピリミジン環 核酸, 塩基 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%A0%B8%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff ヌクレオチドのポリマー（ポリヌクレオチド）で、一般に、3'位と5'位がリン酸ジエステルで架橋された、分岐しない線状ポリマーを核酸と呼ぶ。DNA(deoxyribonuleic acid), RNA(ribonucleic acid)の二種類がある。 text/html 2010-05-28T09:21:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%A1%82%E7%9A%AE%E9%85%B8?rev=1275006082&do=diff 代謝 フェニルプロパノイド生合成 (Phenylpropanoid biosynthesis) フェニルプロパノイドは、植物においてフェニルアラニンから生成される二次代謝物で、構造的あるいはシグナル性の分子として幅広い機能を持っている。フェニルアラニンはまず脱アミノ化によって桂皮酸に変換される。この桂皮酸が水酸化、メチル化されることによってクマリン酸などフェニルプロパン構造(C6-C3)を持つさまざまな酸が生成される。これらの酸のカルボン酸がCoAによって活性化された後に還元されると、アルデヒドやアルコールとなる。このようなアルコールはモノリグノールと呼ばれ、リグニン生合成の出発物質となる。… text/html 2010-05-17T22:36:53+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%A6%82%E6%97%A5%E6%99%82%E8%A8%88%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1274103413&do=diff 生物には、1日の長さを知るための仕組みを備えていて、これを概日時計と呼ぶ。シアノバクテリアで見つかった単純な仕組みには、3つのタンパク質がかかわっており、タンパク質の合成と分解のサイクルの時間が制御されている。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%A8%99%E6%BA%96%E5%81%8F%E5%B7%AE?rev=1264296983&do=diff 同じ測定を繰り返し、そのデータの分布をプロットすると、多くの場合正規分布曲線に従う。この分布曲線は、中心となる中心値と分布の大きさ（カーブの幅広さ）の2つのパラメータで定義される。 この分布が幅広ければ値のばらつきが大きく、狭ければばらつきが小さい。このバラつきの程度を数値化したものが標準偏差(standard deviation)と呼ばれる。 text/html 2010-04-15T12:35:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%A8%9F%E8%84%B3?rev=1271302524&do=diff 二環式テルペン化合物で、植物によく見られる。カンファー。CINNAMOMUM CAMPHORA（クスノキ）から得られ、語源となっている。皮膚の局所的なかゆみ止めや、天然の抗感染薬として用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%B0%B4%E9%85%B8%E5%8C%96%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff * 化学物質安全性カード 化学構造, 塩基 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E6%BA%B6%E5%AA%92%E3%81%AE%E6%AF%94%E8%AA%98%E9%9B%BB%E7%8E%87?rev=1264296983&do=diff 溶媒比誘電率ホルムアミド110水78.30 (25ºC) ()ジメチルスルホキシド(DMSO)48.9メタノール32.6エタノール24.3アセトン20.7アンモニア16.9クロロホルム4.8ジエチルエーテル4.3ベンゼン2.3四塩化炭素2.2ヘキサン1.9 水の誘電率の温度依存性 text/html 2010-05-17T22:41:32+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%82%AD%E7%96%BD%E6%AF%92%E7%B4%A0?rev=1274103692&do=diff 炭疽毒素は炭疽菌の生産するタンパク質のひとつである。炭疽菌はヒトに感染しにくいため、炭疽病自体はよくある病気ではない。炭疽菌は、普通は感染した動物と接触した人や動物から感染する。バイオテロリズムとして脅威となっているのは、炭疽菌を「胞子」の形で何年も保管でき、吸入すると致命的な感染につながるため、兵器として扱いやすいからである。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%82%AD%E9%85%B8%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff 炭酸カルシウム塩 ()。無味無臭の粉末または結晶で、自然界に存在する。血液透析患者のリン酸バッファー、カルシウムの補給などの治療に用いられる。 * 炭酸 * MeSH 化学構造, 酸, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%82%AD%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff d1.0 g/cm³ (dilute solution)Acidity (pKa)6.36 10.25 * 炭酸カルシウム 酸 text/html 2010-01-29T13:21:04+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%84%A1%E6%B0%B4%E9%85%A2%E9%85%B8?rev=1264738864&do=diff アセチル化・酸化・脱水に幅広く使われる試薬で、タンパク質や酵素の修飾にも用いられる。 Name Acetic anhydride Acetyl acetateMeSH mesh>68000089 Molecular Weight 102.089g/mol Molecular Formula XLogP 0.7 density 1.08 g/cm³Safety icscja>0209 あらゆる接触を避ける text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%89%B9%E8%A8%B1%E9%96%A2%E9%80%A3?rev=1264296983&do=diff * 特許庁 * 特許電子図書館 - IPDL * 知財情報局 * 知財関連のニュース text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%94%9F%E4%BD%93%E9%96%A2%E9%80%A3%E5%88%86%E5%AD%90%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%AB%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88?rev=1264296983&do=diff リンク集 Jmol ビューワによるコンテンツ * 生体分子の構成元素 * コドンと遺伝暗号表 * 膜貫通タンパク質データ集 * βバレル型膜タンパク質データ集 * 糖タンパク質データ集（糖鎖を含むタンパク質） * P450データ集 * PQSによるタンパク質複合体構造 * 抗生物質分子データ集 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%94%B2%E7%8A%B6%E8%85%BA%E3%83%9B%E3%83%AB%E3%83%A2%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff ->チロキシン text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%9B%B8%E9%96%A2%E9%96%A2%E6%95%B0?rev=1264296983&do=diff 「気温が高いとこの商品が売れる」とか、「pHが高いと活性が低い」といった関係を相関関係と言う。このような相関関係を定量的に数字で表すことができるのが相関関数である。 相関関数で得られる相関係数は、-1から1の間の値をとり、その値が大きさによって相関関係の強さを知ることが出来る。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A0%94%E7%A9%B6%E5%85%AC%E5%8B%9F%E3%81%AE%E6%83%85%E5%A0%B1?rev=1264296983&do=diff * 科学技術振興機構(JST)サイエンスポータル * 研究予算情報 （キーエンスが提供するサイト） 科学技術振興機構(JST) * 科学技術振興機構(JST)サイエンスポータル このサイトで、ほとんどのグラントがまとめられています。 トップページ右上の「研究課題の公募」から一覧ページへ。 一覧は、分野ごとのアイコンで見分けられ、公募タイトルの右側に書類の提出期限が表示されています。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A0%94%E7%A9%B6%E7%94%A8web%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AExml%E5%AE%9A%E7%BE%A9%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB?rev=1264296983&do=diff 研究用のさまざまなデータベースは、データ形式やフォーマットが異なります。これは、データベースの目的や内容によって項目が異なるからです。これまで、ユーザー（特に開発者）は、データ形式が異なることでデータベースごとにプログラムを変更しなければいけませんでした。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A1%AB%E9%85%B8%E3%83%89%E3%83%87%E3%82%B7%E3%83%AB%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff 化学構造, 界面活性剤 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A1%AB%E9%85%B8%E3%83%9E%E3%82%B0%E3%83%8D%E3%82%B7%E3%82%A6%E3%83%A0%E4%B8%83%E6%B0%B4%E5%92%8C%E7%89%A9?rev=1264296983&do=diff Name Magnesium sulfate heptahydrate Molecular Weight 120.369g/mol Molecular Formula text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A1%AB%E9%85%B8%E3%83%9E%E3%82%B0%E3%83%8D%E3%82%B7%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296983&do=diff Name Magnesium sulfate Molecular Weight 120.369g/mol Molecular Formula text/html 2010-03-09T12:48:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A1%AB%E9%85%B8%E4%BA%9C%E9%89%9B?rev=1268106527&do=diff * 末端の平滑化 2価, 金属イオン, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A5%9E%E7%B5%8C%E3%82%AC%E3%82%B9?rev=1264296983&do=diff 神経伝達物質であるアセチルコリンの分解を阻害するガス。 アセチルコリンを分解するコリンエステラーゼに結合し、反応を阻害することで、アセチルコリンがシナプスに蓄積される。その結果、アセチルコリンレセプターが常に活性化されてしまい、筋肉のけいれんなどがおこる。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%A7%91%E5%AD%A6%E6%8A%80%E8%A1%93%E3%82%B3%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%8B%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3?rev=1264296983&do=diff 北海道大学科学技術コミュニケーター養成ユニット 専門家である科学者と、市民との橋渡しをする人材を育てる教育組織 * 北海道大学科学技術コミュニケーター養成ユニット(CoSTEP) * 科学技術コミュニケーターって？ * ラジオ番組「かがく探検隊コーステップ」 * さっぽろサイエンス観光マップ * サイエンス・カフェ札幌 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%B5%84%E7%B9%94%E5%9B%A0%E5%AD%90?rev=1264296983&do=diff 組織因子( tissue factor )は、血管周辺の組織細胞表面上の膜タンパク質で、血管が損傷を受けたときにその傷口をふさぐために必要なタンパク質で、血管と血管付近の細胞を区別する。 血管付近の組織細胞は組織因子を表面に提示するが、血管細胞は提示しない。普段は血液は血管内を流れているので、この組織因子には接触しない。しかし、血管が損傷をうけて出血すると、血液がこの組織因子に接触して血液凝固のカスケード反応が開始される。… text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%B5%B1%E8%A8%88%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%81%AE%E3%83%A1%E3%83%A2?rev=1264296983&do=diff 統計解析に必要な、用語や定義などのメモ * 平均値 * 標準偏差 * 偏差平方和 * 相関関数 * 四分位数 * 統計学の目次 (向後研究室) * * 解析統計言語Rプロジェクト * データ解析用統計言語Rによる統計的プログラミング(IBMのサイト) * 分布表 - 薬の情報-専門薬学 * Wiki内での数式表現 * 検定表 * Critical Values for Significance Tests - (t検定表、Pearson検定表) * Critical Values of Correlation Coefficient (R) - Brighton Webs Ltd. (相関関数検定表)… text/html 2010-05-23T20:53:05+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E7%B7%A9%E8%A1%9D%E6%B6%B2?rev=1274615585&do=diff 酸や塩基を加えてもpHの変化が小さく、一定のpHに保たれる水溶液を緩衝液（バッファー）と呼び、pHの変化が抑えられることを緩衝作用と呼ぶ。もっとも緩衝作用が強いのは、溶質のpKa付近（pKa ± 1）である。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%83%86%E6%B1%81%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff * タウリン * タウロコール酸 化学構造, ステロイド text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%84%82%E8%82%AA%E9%85%B8%E5%90%88%E6%88%90%E9%85%B5%E7%B4%A0%E3%81%AE%E9%8E%96%E5%BB%B6%E9%95%B7?rev=1264296983&do=diff PDB data[1l0i][2fae] * 脂肪酸合成酵素 転移酵素 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%84%82%E8%82%AA%E9%85%B8%E5%90%88%E6%88%90%E9%85%B5%E7%B4%A0?rev=1264296983&do=diff 脂肪酸合成酵素は、細胞膜の形成やエネルギーの貯蔵など生命活動には必須の脂肪酸を合成する酵素である。この酵素複合体は、アシル基の転移と還元を繰り返していくことで、炭素鎖を延長していく。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%87%AA%E5%B7%B1%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%B0rna?rev=1264296983&do=diff 以前は、酵素反応はタンパク質だけが行っていると信じられていたが、Thomas Cechらはすべてのタンパク質を取り除いてもRNAのスプライシング反応（mRNA前駆体からイントロンが切断される反応）が進む場合があることを発見した。この結果から、RNA分子自身がスプライシング反応を触媒していることがわかった。 text/html 2010-01-24T10:36:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%91%89%E9%85%B8?rev=1264296983&do=diff ビタミンB群に属し、造血系を活性化する。肝臓や腎臓に存在し、マッシュルーム、ホウレンソウ、イースト、緑色の葉や草（イネ）に含まれている。葉酸欠乏症や巨赤芽球性貧血の治療や予防に用いられる。(MeSH: mesh>68005492) text/html 2010-05-17T22:43:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%A1%80%E6%B8%85%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%83%96%E3%83%9F%E3%83%B3?rev=1274103827&do=diff 栄養として必要な分子には、糖のような水溶性のものもあれば、脂肪酸やステロイドのように非水溶性の分子もある。血中では血清アルブミンが結合することによって非水溶性の分子が凝集することを防いでいる。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E8%AB%96%E6%96%87%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AE%E8%A3%9C%E5%8A%A9?rev=1264296982&do=diff ライフサイエンス辞書 ライフサイエンス辞書(WebLSD) その他、オンライン変換サービスとして次のようなツールがある。 * E to J vocabulary : Webで英和単語帳を作る画期的なツール。 * E to J : 専門用語の単語訳を行うツール。 * Web spell : 一般語＋専門用語のスペルチェック。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E9%80%86%E8%BB%A2%E5%86%99%E9%85%B5%E7%B4%A0?rev=1264296982&do=diff 通常の細胞はDNAからRNAコピーが作られるため、RNAからDNAの合成を逆転写と呼び、RNAからDNAへの転写を行う酵素が逆転写酵素(reverse transcriptase)である。 HIV(ヒト免疫不全ウィルス)はレトロウィルスで、遺伝物質を宿主細胞のゲノムに組み込んでしまう能力がある。このウィルスは遺伝物質をRNA鎖としてもっており、感染したHIV顆粒は感染時にRNAからDNAコピーを作る。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E9%85%A2%E9%85%B8%E3%82%AB%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1264296982&do=diff 化学構造, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E9%85%A2%E9%85%B8%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0%E4%B8%89%E6%B0%B4%E5%92%8C%E7%89%A9?rev=1264296982&do=diff Name Sodium acetate trihydrate Molecular Weight 136.08g/mol Molecular Formula 3M NaOAc調製法 * 酢酸ナトリウム三水和物 204.1g (1.5 mol)を 400mLくらいに溶かす。 * 酢酸でpHをあわせる。(pH 5.2) * で溶液量を500mLにする。 * 滅菌・冷蔵保存。 text/html 2010-03-09T12:37:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E9%85%A2%E9%85%B8%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0?rev=1268105841&do=diff Name Sodium acetate Molecular Weight 82.0338g/mol Molecular Formula 3M NaOAc調製法 * 酢酸ナトリウム三水和物 204.1g (1.5 mol)を 400mLくらいに溶かす。 * 酢酸でpHをあわせる。(pH 5.2) * で溶液量を500mLにする。 * 滅菌・冷蔵保存。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E9%85%A2%E9%85%B8?rev=1264296982&do=diff Name Acetic acid Molecular Weight 60.05196 g/mol Molecular Formula XLogP -0.1 safetyicscja>0363 * TAEバッファー * 酢酸ナトリウム * 無水酢酸 化学構造, 溶媒, 酸 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/%E9%89%84%E5%88%B6%E5%BE%A1%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AAi?rev=1264296982&do=diff 鉄制御タンパク質は、鉄結合タンパク質であるフェリチンやトランスフェリンレセプターのmRNAと相互作用することによって鉄イオンの貯蔵を制御する。アコニターゼの2番目の機能（moonlight function）である。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/1_3-%E3%83%93%E3%82%B9%E3%83%9B%E3%82%B9%E3%83%9B%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%BB%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296982&do=diff * 3-ホスホグリセリン酸 代謝反応, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/1wla?rev=1264296982&do=diff PDB:1WLA * * jmolBr(); jmolButton(" select all; spacefill off; wireframe off; cartoon; color cartoon chain; select ligand; wireframe 40; spacefill 120;", "Ribbons"); jmolButton(" select all; spacefill off; wireframe 40; spacefill 120; cartoon off;", "Atoms"); jmolBr(); </jmol> text/html 2010-04-15T12:25:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/2-%E3%83%94%E3%83%8D%E3%83%B3?rev=1271301922&do=diff 樟脳、殺虫剤、溶媒、可塑剤、香料基剤、合成ピネン油の製造などに用いられる。皮膚や粘膜を痛める。昆虫の誘引剤にもなる。α-ピネン。 * MeSH * 2-pinene 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/3-%E3%83%9B%E3%82%B9%E3%83%9B%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%82%BB%E3%83%AA%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1264296982&do=diff * 1,3-ビスホスホグリセリン酸 化学構造, 代謝反応 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/3_5_3_5_-%E3%83%86%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%AD%E3%83%93%E3%83%95%E3%82%A7%E3%83%8B%E3%83%AB?rev=1264296982&do=diff ポリ塩化ビフェニルの一つ。 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/3dna?rev=1264296982&do=diff DNA text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/5-%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%88%E3%82%B7%E3%83%B3?rev=1264296982&do=diff ピリミジンの5位がメチル化されたシトシン。ゲノムにおけるメチル化塩基は、塩基対を形成するための水素結合を阻害しない。 Name 5-Methylcytosine Molecular Weight 125.12858 g/mol Molecular Formula XLogP -1 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/6-%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%83%87%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1264296982&do=diff アデニン6位のアミノ基がメチル化されたシトシン。ゲノムにおけるメチル化塩基は、塩基対を形成するための水素結合を阻害しない。 * 核酸 * 5-メチルシトシン * rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase (EC 3.5.2.6) text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/8-%E3%82%AD%E3%83%8E%E3%83%AA%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296982&do=diff 8-キノリノール (8-ヒドロキシキノリン) 静真菌性・静抗菌性・駆虫・抗アメーバ作用がある。試薬や金属イオンのキレート剤、検査用の放射性インジウムのキャリアとして使われる。また、ハロゲン化誘導体は局所的な消毒剤や口内の抗アメーバ剤として使われる。DNAを抽出するフェノール・クロロホルム抽出の溶液にも添加される。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/9-%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%AA%E3%83%AC%E3%83%8B%E3%83%AB%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%83%9C%E3%83%8B%E3%83%AB%E5%9F%BA?rev=1264296982&do=diff 9-フルオレニルメチルオキシカルボニル基 (9-fluorenylmethyloxycarbonyl group) は有機合成で用いられる、アミノ基の保護基の1つ。Fmoc（エフモック）基と略される。1970年代にルイス・カルピノ (Louis A. Carpino) らによって開発された。酸性条件などに耐えるが、ピペリジンなどの二級アミンを作用させることで速やかに切断されるというユニークな性質を持つ。この特質を生かし、特にペプチド固相合成法|ペプチドの固相合成で多用される。… text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/9-%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%AA%E3%83%AC%E3%83%8B%E3%83%AB%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%A4%E3%83%9F%E3%82%B8%E3%83%AB%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%83%9C%E3%83%8D%E3%83%BC%E3%83%88?rev=1264296982&do=diff ペプチドの固相合成を行うためのモノマーの合成に用いる前駆体。Fmoc-Clも同様に用いられる。 * Fmoc-OSu (Merck) 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-02-03T10:27:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/a?rev=1265160444&do=diff A -> (塩基表記) アデニン A -> (アミノ酸) アラニン ---------- 別名 text/html 2010-02-01T15:45:11+09:00 http://biowiki.symplus.com/aa?rev=1265006711&do=diff AA -> アミノ酸 (amino acid, A.A.) 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/aaa_%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%A2%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296982&do=diff トリプシンやペプシンのようなプロテアーゼは細胞外に分散してすぐにタンパク質を切り始める。しかし、細胞内で何でもかんでも切られては困るので、より制御されたシステムが必要となる。制御された細胞内プロテアーゼの１つ、AAA+プロテアーゼは、活性部位が露出しないようにできており切断するタンパク質を容器に閉じ込めてから切断する。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/aatii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GACGTC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/acci?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GTMKAC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X * GTATAC/GTCGAC * M,K * 制限酵素 * HincII * SalI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/acetylcholine?rev=1264296982&do=diff ->アセチルコリン text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/acth?rev=1264296982&do=diff ACTH (Adrenocorticotropic hormone)は、副腎からのコルチゾール分泌を促す。 Name adrenocorticotrophin Protein familyPro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTHUniprotCOLI_HUMAN ホルモン, ペプチド, 副腎皮質 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/actinidain?rev=1264296982&do=diff EC3.4.22.14BREANDA entrybrendaec>3.4.22.14UniProtuniprot>P00785 PDB entry text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ada?rev=1264296982&do=diff :!:異なる意味の略語があります。 * * * -> pKa(25ºC): 6.55 * -> 緩衝液 アデノシンデアミナーゼ(ADA)は核酸の代謝にかかわる酵素で、アデノシンを脱アミノ化し、イノシンとアンモニアに分解する。ADA欠損症は、先天的にADAが欠損して免疫不全となる疾病で、遺伝子治療が試みられている。 text/html 2010-04-11T20:32:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/add_page?rev=1270985544&do=diff BioWikiに新しいページを追加するには、次のフォームにページ名を入力して作成して下さい。 * 書き方 * ページの追加 * Add a new page * Eine neue Seite hinzufügen * 새 페이지 추가 * 添加了新的一页 * 添加了新的一頁 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/adp?rev=1264296982&do=diff 塩基としてアデニンをもち、糖に2つのリン酸がエステル結合しているヌクレオチド。 * Adenosines * ATP * ADP * AMP * cAMP 化学構造, 核酸 text/html 2010-01-28T10:44:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/afm?rev=1264643063&do=diff ->原子間力顕微鏡 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/agilentmicroarraydatatable?rev=1264296982&do=diff Agilentマイクロアレイのデータ * NCBI GEO Accession viewerのページを元に作成 ID_REF Feature numberPositionX Found X coordinate of feature centroid in pixelsPositionY Found Y coordinate of feature centroid in pixelsVALUE log(REDsignal/GREENsignal) per feature (processed signals used)LogRatioError error of the log ratio calculated according to the error model chosenPValueLogRatio Significance level of the Log Ratio computed for a featuregSurrogateUsed The green surrogate value usedrSurrogateUsed The red surrogate va… text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ala?rev=1264296982&do=diff Ala -> アラニン, Alanine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/alui?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [AGCT] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/amino_acid?rev=1264296982&do=diff =>アミノ酸 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ammelide?rev=1264296982&do=diff ->アンメリド text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/amp?rev=1264296982&do=diff アデノシンモノリン酸はADPの加水分解によって生成される。また、cAMPからホスホジエステラーゼによる加水分解によっても生成される。 * Adenosines * ATP * ADP * AMP * cAMP 化学構造, 核酸 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/apai?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GGGCCC] 反応温度 25 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O X X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出, 非37°C反応 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/arg?rev=1264296982&do=diff Arg -> アルギニン, Arginine 別名 text/html 2010-04-23T12:25:28+09:00 http://biowiki.symplus.com/as?rev=1271993128&do=diff -> ヒ素 (元素、As) 別名 text/html 2010-02-03T10:25:09+09:00 http://biowiki.symplus.com/asn?rev=1265160309&do=diff ->(アミノ酸) アスパラギン, N 別名 text/html 2010-02-03T10:25:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/asp?rev=1265160352&do=diff Asp -> (アミノ酸) アスパラギン酸, D 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/atp%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296982&do=diff 生命活動の化学エネルギー通貨として用いられるATPは、ATPシンターゼによって生成される。ATPシンターゼのF0部分はサブユニットが円形に並んだモーターのような構造で、膜電位差によって回転する。この回転に伴ってF1部分でADPからATPが生成される。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/atp?rev=1264296982&do=diff アデノシン3リン酸（ATP）は、塩基としてアデニンを持っている核酸。発エルゴン的なADPへの加水分解反応によって、生体内での「エネルギー通貨」として重要な役割を担っている。また、シグナル伝達因子として働いたり、RNAやDNAの原料となる。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/avai?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [CYCGRG] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X * CTCGAG / CCCGGG * R,Y * 制限酵素 * SmaI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/avaii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GGWCC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X * GGACC / GGTCC * W * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * 制限酵素テンプレート * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-03-15T21:02:52+09:00 http://biowiki.symplus.com/b?rev=1268654572&do=diff B -> (元素) ホウ素 B -> (塩基表記) アデニン以外の塩基 (G/T/C) * IUPACの定める塩基表記 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/bamhi?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GGATCC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O X X X * 制限酵素 * M.BamHI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/bap?rev=1264296982&do=diff BAP -> Bovine alkaline phosphatase, ホスファターゼ 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/bcaa?rev=1264296982&do=diff ->分岐鎖アミノ酸 text/html 2010-02-03T20:55:56+09:00 http://biowiki.symplus.com/bio_forum_qa_feed?rev=1265198156&do=diff バイオ質問板 バイオ雑談板 フィード text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ble?rev=1264296982&do=diff Bleはブレオマイシン活性を抑えるブレオマイシン耐性遺伝子。 Gene Accession X52869 InterPro Bleomycin resistance protein family PDB * * 酵素, 抗生物質, Jmol, InterPro, PDB text/html 2010-03-08T21:42:34+09:00 http://biowiki.symplus.com/bpb?rev=1268052154&do=diff BPB -> ブロモフェノールブルー 電気泳動, 色素, マーカー, 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/brc?rev=1264296982&do=diff (RIKEN BioResource Center) 動植物個体、細胞株、遺伝子材料、微生物材料の収集や管理、保存を行っている。また、保存しているリソースを有効活用するための技術開発や、技術研修などを行っている。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/bsmi?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GAATGCN] 反応温度 65 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O O O X X * Origin:Bacillus stearothermophilus NUB36 * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出, 非37°C反応 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/bsteii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GGTNACC] 反応温度 60 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X * 塩基N * Origin: Bacillus stearothermophilus ET * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出, 非37°C反応 text/html 2010-01-31T12:06:11+09:00 http://biowiki.symplus.com/c?rev=1264907171&do=diff C -> シトシン (核酸) C -> システイン (アミノ酸) ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/camp?rev=1264296982&do=diff 環状AMP(cyclic AMP)。糖の3'位と5'位でエステル結合が形成されている。ATPからアデニル酸シクラーゼで生成され、cAMPサイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼでAMPに加水分解される。エピネフリンやグルカゴンやACTHといったホルモンレセプターのシグナル伝達を媒介する役割を担っている。(MeSH) text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/cas%E7%95%AA%E5%8F%B7?rev=1264296982&do=diff CAS番号は化学物質、ポリマー、生体分子の配列、混合物、合金などを区別するために割り当てられた番号。アメリカ化学学会のChemical Abstracts Service (CAS)部門がこれらの割当を行っている。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/cdk?rev=1264296982&do=diff CDKプロジェクトは、ケモインフォマティクスのためのプログラムを統合するプロジェクト。CDKのJavaクラスライブラリで、化学構造(2D/3D)からNMRデータ、QSARの記述を扱うことができる。 text/html 2010-02-03T17:04:01+09:00 http://biowiki.symplus.com/cell_mra_feed?rev=1265184241&do=diff ---------- =>RSS Feeds for Cellより 論文, フィード text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ches?rev=1264296982&do=diff Name CHES Molecular Formula CAS No.103-47-9pKa(20ºC)9.55 バッファー, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ciap?rev=1264296982&do=diff CIAP -> Calf Intestine Alkaline Phosphatase, ホスファターゼ 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/cml?rev=1264296982&do=diff CMLは有機化合物や高分子ポリマーの化学構造などの情報をXMLで表す。幅広い情報がXMLで構造化されることによって、多くのソフトウェアやWebサービスの共通フォーマットとして使うことができる。 text/html 2010-03-31T12:39:44+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_01?rev=1270006784&do=diff (ユニバーサルコドン、The Standard Code) 通常のコドン表で、transl_tableのIDは1である。GenBankのファイル内では、IDが1の場合transl_tableは省略される。標準コドンでない場合に、qualifierとしてCDS feature内に明示される。開始コドンはAUGである。 text/html 2010-04-02T12:29:45+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_02?rev=1270178985&do=diff (The Vertebrate Mitochondrial code) 標準コードとの違い Code 2 Standard AGA Ter * Arg R AGG Ter * Arg R AUA Met M Ile I UGA Trp W Ter * 別の開始コドン * Bos: AUA * Homo: AUA, AUU * Mus: AUA, AUU, AUC * Coturnix, Gallus: also GUG text/html 2010-03-27T08:47:58+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_03?rev=1269647278&do=diff (The Yeast Mitochondrial code) コドン text/html 2010-04-10T21:30:09+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_04?rev=1270902609&do=diff (The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and Mycoplasma/Spiroplasma Code) コドン text/html 2010-03-27T08:47:20+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_05?rev=1269647240&do=diff (The Invertebrate Mitochondrial Code) コドン text/html 2010-04-10T21:31:44+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_06?rev=1270902704&do=diff (The Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code) コドン text/html 2010-04-10T21:31:37+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_09?rev=1270902697&do=diff (The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code) * 棘皮（きょくひ）動物 * ウニやヒトデなど * 扁形動物 * プラナリアのような非寄生の渦虫綱(Turbellaria) * 寄生虫である条虫綱(Cestoda) * 単生綱(Monogenea) * 吸虫綱(Trematoda) text/html 2010-04-10T21:31:31+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_10?rev=1270902691&do=diff (The Euplotid Nuclear Code) コドン text/html 2010-04-10T21:31:26+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_11?rev=1270902686&do=diff (The Bacterial and Plant Platid Code) コドン表11はバクテリア、古細菌、原核ウィルス、葉緑体タンパク質に用いられる。標準コードと同様、開始コドンはAUGが最も翻訳効率が高い。加えて、GUGやUUGによる開始も古細菌やバクテリアで報告されている。E. coliでは、タンパク質の約3%のタンパク質の開始にUUGが用いられているという。CUGはE. coliのプラスミドにコードされたタンパク質(RepA)の開始コドンとして知られている。NUGによる開始に加え、バクテリアに稀なケースとして、AUUによる開始があり、これはpoly(A)ポリメラーゼPcnBや開始因子IF3をコードしているInfCに見られる。アミノ酸に対するコドンの割り当ては標準コドンと同様だが、枯草菌においてTrpの翻訳効率は低い。… text/html 2010-04-10T21:31:50+09:00 http://biowiki.symplus.com/codon_table_12?rev=1270902710&do=diff (The Alternative Yeast Nuclear Code) 標準コードとの違い Code 12 Standard CUG Ser Leu 開始コドン CAGがCandida albicansで用いられることがある。 範囲 Candida albicans, Candida cylindracea, Candida melibiosica, Candida parapsilosis, Candida rugosa text/html 2010-03-28T11:26:34+09:00 http://biowiki.symplus.com/codonviewer?rev=1269743194&do=diff CodonViewerは、コドン表を簡単に表示するフリーウェアです。コドンの各塩基の選択や、アミノ酸の選択によって強調表示されます。 また、生物や器官によって異なる17種類のコドン表を選択することができます。生物種・組織ごとのコドン使用頻度の表示が可能になりました。 text/html 2010-04-09T20:26:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/coi?rev=1270812407&do=diff Cytochrome Oxidase Subunit I。 種を分類する場合にミトコンドリアCOIの塩基配列を用いられることがある。 * * * ミトコンドリア, 系統樹, 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/cornstarch_science?rev=1264296982&do=diff とろみのついたコーンスターチ溶液に高周波を当てて現れるいろいろな文様。 不思議です。 TitleFingers and Holes in a Shaken Cornstarch SolutionIDvCHPo3EA7oEAuthorsRobert D. Deegan, Florian S. Merkt,Harry L. SwinneyAffiliationCenter for Nonlinear Dynamics University of Texas at Austin text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/cys?rev=1264296982&do=diff Cys -> システイン, Cystein 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/cytoscape?rev=1264296982&do=diff Cytoscape(サイトスケープ)とは分子間相互作用のネットワークを可視化したり、それらと遺伝子発現プロファイルなどを統合することのできるオープンソースのプラットフォーム。GUIで簡単にネットワーク図を作図できる。プラグインによる拡張によって各種解析を行うことができる。Javaで動作するので、どんなOSでも起動可能。 text/html 2010-01-31T12:07:55+09:00 http://biowiki.symplus.com/d?rev=1264907275&do=diff D -> (塩基表記) シトシン以外の塩基 (A/T/G) D -> (アミノ酸) アスパラギン酸, Aspartic acid ---------- 別名 text/html 2010-05-11T23:16:57+09:00 http://biowiki.symplus.com/deet?rev=1273587417&do=diff 代表的な虫除け剤の成分。皮膚には刺激はないが、目や粘膜に刺激がある。 * MeSH * DEET 虫除け剤 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dha?rev=1264296982&do=diff => ドコサヘキサエン酸 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/diglycine?rev=1264296982&do=diff Diglycine -> グリシルグリシン, Glycylglycine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dmf?rev=1264296982&do=diff =>N,N-ジメチルホルムアミド text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dmso?rev=1264296982&do=diff DMSO -> ジメチルスルホキシド, Dimethyl sulfoxide 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dna%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296982&do=diff 生命活動の「かなめ」、遺伝情報の複製を担う酵素複合体。 * DNA Polymerase - RCSB PDB 'Molecule of the month' DNA, 酵素, 細胞内 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dna%E3%83%AA%E3%82%AC%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296982&do=diff DNAリガーゼは、DNA末端を結合させる酵素で、 * 減数分裂するとき * 抗体遺伝子のシャッフル * DNA複製 に必須の酵素である。 * 今月の分子2004 * DNA Ligase - RCSB PDB 'Molecule of the month' text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dna?rev=1264296982&do=diff DNA -> デオキシリボ核酸 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/docosahexaenoic_acid?rev=1264296982&do=diff ->ドコサヘキサエン酸 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dpni?rev=1264296982&do=diff DpnIは、塩基配列が「GATC」かつ、アデニンがメチル化されている場合にのみ切断する。 認識サイト [GmATC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X 反応 下に示した2つの配列は、dam/dcmメチラーゼ処理されたpUC19とメチル化されていないpUC19である。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dpnii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GATC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X X X * 制限酵素 * MboI * DpnI * Sau3AI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/drai?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [TTTAAA] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/dtt?rev=1264296982&do=diff DTT -> ジチオスレイトール, ジチオトレイトール, Dithiothreitol 別名 text/html 2010-01-31T12:10:44+09:00 http://biowiki.symplus.com/e?rev=1264907444&do=diff E -> (アミノ酸) グルタミン酸,Glu ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ebi%E3%81%8B%E3%82%89%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%92%E5%8F%96%E5%BE%97%E3%81%99%E3%82%8B?rev=1264296982&do=diff SOAPを使わないC#クライアント例 SOAPを使わず、EBIのCGIを利用してもデータを取得できる。 EBI.WebClientクラス using System; using System.Net; namespace EBI { public class WebClient { private const string ERROR_KEYWORD = "Error Information"; private const string FETCH_URL= "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db={0}&id={1}&format={2}&style={3}"; private System.Net.WebClient wc = new System.Net.WebClient(); public WebClient(){} /// Fetch entry with default settings. public st… text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ebi%E3%81%8B%E3%82%89pdb%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%83%E3%83%80%E3%81%A8%E3%82%BF%E3%82%A4%E3%83%88%E3%83%AB%E3%82%92%E5%8F%96%E5%BE%97%E3%81%99%E3%82%8B?rev=1264296982&do=diff PHP EBIのCGIベースのWebサービスを使い、$idで指定したPDBエントリの名前やタイトルだけを取得するPHPコード例 /* * Fetch and extract PDB header and title * @license GPL 2 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html) * @author Ikuo Obataya<ikuo_obataya[atmrk]symplus.co.jp> */ $id = "1j7i"; $url = "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=pdb&format=raw&style=raw&id=".$id; // Regex $pdbRegex = "/^HEADER\s+(.+)\s+(\d{1,2}-[A-Z]+-\d{1,2})\s+([a-zA-Z0-9]{4})|^TITLE\s+(\d+\s+)?(.+)/"; $handle = @fopen($url,"r"); if (!$handle){ echo "… text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ebi%E3%81%AEweb%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%93%E3%82%B9?rev=1264296982&do=diff EBIのデータベースは、Webサービスを提供している。データベースエントリの取得や遺伝子やタンパク質配列の解析ができるので、研究に合わせたクライアントプログラムを作成することができる。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ebi?rev=1264296982&do=diff * European Bioinformatics Institute EBI text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ecori?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GAATTC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O O O O X * 制限酵素 * M.EcoRI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/edta?rev=1264296982&do=diff => エチレンジアミン四酢酸 text/html 2010-03-13T19:39:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/egcg?rev=1268476787&do=diff -> エピガロカテキンガレート 別名, 食品 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/embl?rev=1264296982&do=diff text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/etachin?rev=1264296982&do=diff Etachin -> エタ沈, エタノール沈殿 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/etbr?rev=1264296982&do=diff EtBr -> エチジウムブロマイド, エチブロ 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/etoh?rev=1264296982&do=diff EtOH -> , エタノール 別名 text/html 2010-01-31T12:11:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/f?rev=1264907507&do=diff F->(アミノ酸) フェニルアラニン, Phe ---------- 別名 text/html 2010-06-06T17:16:36+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-ala-oh?rev=1275812196&do=diff * アミノ酸 * アラニン 펩타이드, 화학합성 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-arg_pbf_-oh?rev=1264296982&do=diff Name Fmoc-Arg(Pbf)-OH CAS No.154445-77-9Molecular Formula Molecular Weight 648.8 * アルギニン * 固相合成用アミノ酸 * Fmoc-Arg(Pbf)-OH (Merck) ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-asn_trt_-oh?rev=1264296982&do=diff * アミノ酸 * アスパラギン * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-asp_otbu_-oh?rev=1264296982&do=diff Name Fmoc-Asp(OtBu)-OH CAS No.71989-14-5Molecular Formula C23H25NO6 Molecular Weight 411.448m.p.143-151℃ * アミノ酸 * アスパラギン酸 * 固相合成用アミノ酸 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-cys_trt_-oh?rev=1264296982&do=diff * アミノ酸 * システイン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-gln_trt_-oh?rev=1264296982&do=diff NameFmoc-Gln(Trt)-OHCAS No.132327-80-1Molecular Formula Molecular Weight 610.709m.p.127-129℃ * 固相合成用アミノ酸 * N-α-Fmoc-N-γ-trityl-L-glutamine (Merck) ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-glu_otbu_-oh?rev=1264296982&do=diff * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-gly-oh?rev=1264296982&do=diff * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-his_trt_-oh?rev=1264296982&do=diff Name Fmoc-His(Trt)-OH CAS No.109425-51-6Molecular Formula Molecular Weight 619.7m.p.148-149℃ * 固相合成用アミノ酸 * N-α-Fmoc-N-im-trityl-L-histidine merck>04-12-1065 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-ile-oh?rev=1264296982&do=diff CAS No.71989-23-6m.p.143-145℃ * イソロイシン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-leu-oh?rev=1264296982&do=diff CAS No.35661-60-0m.p.154 - 155°C * ロイシン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-lys_boc_-oh?rev=1264296982&do=diff * リジン * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-met-oh?rev=1264296982&do=diff * メチオニン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-osu?rev=1264296982&do=diff =>9-フルオレニルメチルスクシンイミジルカルボネート text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-phe-oh?rev=1264296982&do=diff * フェニルアラニン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-pro-oh?rev=1264296982&do=diff * プロリン * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-ser_tbu_-oh?rev=1264296982&do=diff * セリン * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-thr_tbu_-oh?rev=1264296982&do=diff リンク * スレオニン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-trp_boc_-oh?rev=1264296982&do=diff Name Fmoc-Trp(Boc)-OH CAS No.143824-78-6Molecular Formula Molecular Weight 526.589 * トリプトファン * 固相合成用アミノ酸 ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-tyr_tbu_-oh?rev=1264296982&do=diff Name Fmoc-Tyr(tBu)-OH CAS No.71989-38-3Molecular Formula Molecular Weight 459.534m.p.143-155℃ * チロシン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc-val-oh?rev=1264296982&do=diff * バリン * 固相合成用アミノ酸 化学構造, ペプチド, 化学合成 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/fmoc?rev=1264296982&do=diff ->9-フルオレニルメチルオキシカルボニル基 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/g%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1264296982&do=diff 細胞同士のメッセージは、すぐ隣の細胞への伝えられることもあれば、血管を通って遠くに届けられることもある。多くの場合、メッセージの多くは細胞表面のレセプターで受け取り、細胞膜を通って、細胞質内のGタンパク質に伝えられる。ヒトの細胞では、このGタンパク質によるシステムが一般的なシグナル伝達方法である。 text/html 2010-01-31T12:13:18+09:00 http://biowiki.symplus.com/g?rev=1264907598&do=diff G -> グアニン (核酸) G -> グリシン (アミノ酸), Gly ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/g418%E7%A1%AB%E9%85%B8%E5%A1%A9?rev=1264296982&do=diff * 抗生物質 * G418 塩, 抗生物質 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/g418?rev=1264296982&do=diff タンパク質合成阻害抗生物質。ジェネティシン(Geneticin)。 耐性遺伝子 * Neor/Kanr * InterProエントリ interpro>IPR012149 調製法 水溶液濃度使用濃度1Lあたり100mLあたり50mg/mL300-1100μg/mL600 - 2200 μL60 - 220μL Invitrogen社の資料 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/gcn4-bzip?rev=1264296982&do=diff ロイシンジッパーと塩基性へリックス(bZIP)とDNAの完全な複合体の結晶構造解析。 PDB, DNA結合タンパク質 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/genbank?rev=1264296982&do=diff text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/gfp?rev=1264296982&do=diff GFPは、低温の北太平洋で生息するクラゲから見つかったタンパク質である。GFPはアミノ酸のみから合成され、酸素を使ってタンパク質内で蛍光発色団が形成される。そのため、タンパク質合成できる細胞（すべての細胞）で蛍光マーカーとして研究のための道具としてよく用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/gln?rev=1264296982&do=diff Gln -> グルタミン, Glutamine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/glu?rev=1264296982&do=diff Glu -> グルタミン酸, Glutamic acid 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/gly-gly?rev=1264296982&do=diff =>Glycylglycine text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/gly?rev=1264296982&do=diff Gly -> グリシン, Glycine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/glycylglycine?rev=1264296982&do=diff もっとも単純な最小のペプチドで、バッファーの溶質としても用いられる。 * グリシン * 緩衝液 * MeSH - Glycylglycine バッファー, 化学構造, アミノ酸, ペプチド text/html 2010-01-28T10:45:23+09:00 http://biowiki.symplus.com/good_buffer?rev=1264643123&do=diff 「グッドバッファー」-> 緩衝液 別名 text/html 2010-01-27T18:44:03+09:00 http://biowiki.symplus.com/gresult?rev=1264585443&do=diff text/html 2010-01-28T10:53:29+09:00 http://biowiki.symplus.com/guhcl?rev=1264643609&do=diff ->グアニジン塩酸塩 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/h-index?rev=1264296982&do=diff 科学への貢献度を定量化した指数で、質と量を同時に簡便に表すことができる。「その研究者が公刊した論文のうち、被引用数がh以上であるものがh以上あることを満たすような数値」である。 text/html 2010-01-31T12:14:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/h?rev=1264907662&do=diff H -> (塩基表記) グアニン以外の塩基 (A/C/T) H -> (アミノ酸) ヒスチジン, His ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/haba?rev=1264296982&do=diff 2-(4-Hydroxyphenylazo)benzoic acid アビジン・ビオチン結合のアッセイに用いられる色素。HABA/アビジン複合体の500nmの吸光度の変化を滴定に利用する。 Name HABA MW 242.2301 g/mol Formula XLogP 2.3 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/haeii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [RGCGCY] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O X O X * GGCGCC/AGCGCT * 塩基R,Y * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/hepes?rev=1264296982&do=diff 生化学実験に適した対イオン緩衝液。 Name HEPES Molecular Formula Molecular Weight 238.306CAS No. 7365-45-9 pKa(25ºC)7.48 調製法 1M HEPES-KOH * 800 mlのにHEPES 238.3 g を溶解 * KOHでpHを調節 * で1Lにメスアップ * 必要ならオートクレーブ text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/hhai?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GCGC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O O O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/hincii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GTCGAC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O O O X * GTCGAC * 制限酵素 * SalI * AccI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/hindiii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [AAGCTT] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O X X X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/his?rev=1264296982&do=diff His -> ヒスチジン, Histidine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/hiv-1%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%A2%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296982&do=diff * HIV-1 Protease - RCSB PDB プロテアーゼ, 酵素, ウィルス text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/hplc?rev=1264296982&do=diff HPLC -> 高速液体クロマトグラフィー, High-Performance Liquid Chromatography 分析機器, 別名 text/html 2010-01-31T12:15:30+09:00 http://biowiki.symplus.com/i?rev=1264907730&do=diff I -> イノシン (核酸) I -> イソロイシン (アミノ酸), Ile ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/ile?rev=1264296982&do=diff Ile -> イソロイシン, Isoleucine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/insd-xml?rev=1264296982&do=diff 塩基配列データベースコンソーシアム、INSDCでのXMLフォーマット。 * INSD Documents * Feature table * INSD_V1.4.dtd (クリック後ダウンロード開始) * Entrez Utilities Web Service データベース, XML text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/insdc?rev=1264296982&do=diff 国際塩基配列データベース(International Nucleotide Sequence Database Collaboration) DDBJ/EMBL/GenBankの三大DNAデータベースの協力機構。塩基配列のアクセションID(accession)の共通化やデータ形式の統一(INSD-XML)など、国際データベースとしての連携が図られている。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/international_programme_on_chemical_safety?rev=1264296982&do=diff * 国際化学物質安全性カード * <http://www.inchem.org/> 公式サイト (英語) データベース text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/isoamyl_alcohol?rev=1264296982&do=diff * Chemical safty cards - NIOSH solvents text/html 2010-03-15T21:01:20+09:00 http://biowiki.symplus.com/iupac%E3%81%AE%E5%AE%9A%E3%82%81%E3%82%8B%E5%A1%A9%E5%9F%BA%E8%A1%A8%E8%A8%98?rev=1268654480&do=diff 塩基の表記 表記ATGC名称・命名法 G GGuanineグアニン A AAdenineアデニン T TThymineチミン C CCytosineシトシン U UUridineウリジン R G or ApuRineプリン Y T or CpYrimidineピリミジン M A or CaMinoアミノ (プリン環の6位/ピリミジン環の2位) K G or TKetoケト (プリン環の6位/ピリミジン環の2位) S G or CStrong interaction(H-bonds x 3)強い水素結合 W A or TWeak interaction(H-bonds x 2)弱い水素結合 H A or C or Tnot-G, H follows G in the alphabetG以外。アルファベット順でGの次のH B G or T or Cnot-A, B follows AA以外。アルファベット順でAの次のB V G or C or Anot-T(not-U), V follows UT(U)以外。Tの次はUなので、その… text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/jchempaint?rev=1264296982&do=diff JChemPaintは、オープンソースで開発されている、化学構造を書いたり編集できるソフトで、Win/Mac/Linuxで利用できる。 * JChemPaintダウンロードサイト 開発は、ケモインフォマティクス（Chemoinformatics）のソフトウェアをオープンソースで開発している、CDK(Chemistry development kit)プロジェクト内で行われています。 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/jmol%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88?rev=1264296982&do=diff Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。 CPKモデルのオプション <jmol pro.pdb.gz 200 200> jmolBr(); jmolRadioGroup([ "spacefill off", "spacefill 20%", ["spacefill 95%", null, "checked"] ], "<br />"); jmolBr(); </jmol> text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/jpk_instruments?rev=1264296982&do=diff JPK Instruments社（ドイツ・ベルリン）は、原子間力顕微鏡(AFM)を開発している。細胞観察に使用される一般的な倒立型顕微鏡のステージにそのままAFMヘッドユニットを設置でき、光学系の画像とAFMイメージング画像がリンクするなど、ライフサイエンス研究に適した仕様が特徴。 text/html 2010-01-31T12:16:49+09:00 http://biowiki.symplus.com/k?rev=1264907809&do=diff K -> (塩基表記) グアニンあるいはチミン (G/T) K -> (アミノ酸) リジン, Lysine K -> (元素) カリウム, Pottasium ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/kpni?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GGTACC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O X X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * 制限酵素テンプレート * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-31T12:17:34+09:00 http://biowiki.symplus.com/l?rev=1264907854&do=diff L -> ロイシン(アミノ酸), Leu ---------- 別名 text/html 2010-04-19T11:11:17+09:00 http://biowiki.symplus.com/lac%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%83%E3%82%B5%E3%83%BC?rev=1271643077&do=diff 細胞の生命活動では、四六時中必要とされるタンパク質もあれば、ほんの少しだけ必要なタンパク質もある。そのため、DNAの塩基配列にはタンパク質の設計図であるコドンだけでなく、「いつ作るか」「どんな状況で作りはじめるか」という指示も含んでいる。その制御を行なうのもまた制御因子と呼ばれるタンパク質群である。 text/html 2010-04-07T12:43:40+09:00 http://biowiki.symplus.com/ld50?rev=1270611820&do=diff 物質の毒性の評価として用いられる。ある物質を与えた場合に半数の個体が死に至る物質の重さで、個体の体重1kgあたりの値とする。 さまざまな物質のLD50 LD50 mg/kg origin ボツリヌス菌毒素D 3.2×10-7 細菌毒 ボツリヌス菌毒素A 1.1×10-6 細菌毒 破傷風菌 1.7×10-6 細菌毒 ダイオキシン 0.6×10-3 サキシトキシン 3.4×10-3 プランクトン貝の毒 テトロドトキシン 1.0x10-2 フグ毒 α-アマンチン 0.3 テングダケ シアン化水素ガス 3 5 KCN((シアン化カリウム、青酸カリ) 10 4620 「身のまわりの毒」東京化学同人 より引用… text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/leu?rev=1264296982&do=diff Leu -> ロイシン, Leucine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/lys?rev=1264296982&do=diff Lys -> リジン, ライシン, Lysine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/m.bamhi?rev=1264296982&do=diff Recognition [GGATCC] 反応温度 37 ºC * BamHI * 制限酵素のバッファー * REBASE メチラーゼ text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/m.ecori?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GAATTC] 反応温度 37 °C * 制限酵素 * EcoRI * 制限酵素のバッファー * REBASE メチラーゼ text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/m.hindiii?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [AAGCTT] 反応温度 37 °C * 制限酵素 * HindIII * 制限酵素のバッファー * REBASE メチラーゼ text/html 2010-01-31T12:18:35+09:00 http://biowiki.symplus.com/m?rev=1264907915&do=diff M -> (濃度の単位) mol/L, モラー M -> (塩基表記) アデニンあるいはシトシン (A/C) M -> (アミノ酸) メチオニン, Met ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/mboi?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [GATC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O O O O イソシゾマー Sau3AI Sau3AIはMboIのイソシゾマー。MboIはメチル化サイトを切断できないが、Sau3AIはメチル化サイトも切断できるため、ゲノムDNAの部分消化にSau3AIが用いられることがある。 text/html 2010-01-28T11:26:42+09:00 http://biowiki.symplus.com/meoh?rev=1264645602&do=diff * ->メタノール * ->Methanol 別名, Alias text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/mes?rev=1264296982&do=diff 中性～弱酸性側のGoodバッファー。pKaは6.10(25ºC)。 バッファー text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/met?rev=1264296982&do=diff Met -> メチオニン, Methionine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/mfold?rev=1264296982&do=diff Michael Zuker教授のmfoldは、核酸構造の自由エネルギーを最小化することによって、RNAやDNAのループ構造などの二次構造を予測できる。 * * * Michael Zuker's Home Page * mfoldでRNAの二次構造予測 * mfoldでDNAの二次構造予測 text/html 2010-01-28T11:05:33+09:00 http://biowiki.symplus.com/mgso4?rev=1264644333&do=diff ->硫酸マグネシウム 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/mhc?rev=1264296982&do=diff MHCは 'major histocompatibility complex'（主要組織適合複合体）の略で、免疫システムの中で異物として認識されるペプチド断片を提示する膜貫通タンパク質。 * Major Histocompatibility Complex - RCSB PDB 'Molecule of the month' text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/mops?rev=1264296982&do=diff Name MOPS Molecular Weight 209.2633 g/mol Molecular Formula XLogP -1.2 pKa(25ºC) 7.17 * 緩衝液 バッファー, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/mspa1i?rev=1264296982&do=diff 認識サイト [CMGCKG] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X X O X * CAGCTG / CCGCGG * 塩基M,K * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-04-13T13:05:56+09:00 http://biowiki.symplus.com/n-%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%8E%E3%82%A4%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3%E9%85%B8?rev=1271131556&do=diff ノイラミン酸のN-アシル誘導体。N-アセチルノイラミン酸は、動物やバクテリアの多くの多糖、糖タンパク質、糖脂質に見られる。 * MeSH * N-Acetylneuraminic acid シアル酸, 化学構造, MeSH text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/n-%E3%83%96%E3%82%BF%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%AB?rev=1264296982&do=diff Name 1-butanol n-butanolMolecular Weight 74.1216g/mol Molecular Formula Density 0.81 g/cm³ Solubility 7.7g/100 mL (20℃)m.p.−90 ℃b.p.117 ℃safetyicscja>0111XLogP 0.9 * ブタノール濃縮 化学構造, 溶媒 text/html 2010-01-31T12:21:03+09:00 http://biowiki.symplus.com/n?rev=1264908063&do=diff N -> (塩基表記) すべての塩基種 (A/T/G/C) N -> (アミノ酸) アスパラギン, Asp ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/n_n-%E3%82%B8%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%83%9B%E3%83%AB%E3%83%A0%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%89?rev=1264296982&do=diff Name DMF Molecular Weight 73.0938 g/mol Molecular Formula XLogP-0.4d0.944 g/cm3m.p.−61 ºCb.p.153 ºC安全性icscja>0457 容器について ->プラスチック器具に使える溶媒 材質 耐性 ガラス O ポリプロピレン(PP) O 低密度ポリエチレン(LDPE) O 高密度ポリエチレン(HDPE) O ポリスチレン(PS) X 化学構造, 溶媒 text/html 2010-03-09T12:46:08+09:00 http://biowiki.symplus.com/nacl?rev=1268106368&do=diff ->塩化ナトリウム 別名, 塩 text/html 2010-01-24T10:36:22+09:00 http://biowiki.symplus.com/nalapro?rev=1264296982&do=diff ■第3回マイクロアレイデータ解析セミナーのご案内■ ナラプロ・テクノロジーズ株式会社では、研究者、開発者の方々を対象にした実験データの解析セミナーを定期的に開催しています。対象はマイクロアレイ実験解析に取り組んでいる研究・開発者の方々。初級から中級の方々。解析のイロハについて知りたい人、解析の基本を確認したい人、新しい解析技術や情報に興味のある人です。… text/html 2010-01-28T11:08:08+09:00 http://biowiki.symplus.com/naoac?rev=1264644488&do=diff ->酢酸ナトリウム 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/naoh?rev=1264296981&do=diff =>水酸化ナトリウム text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/nari?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [GGCGCC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O X X X X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-02-03T16:55:35+09:00 http://biowiki.symplus.com/nature_japan_highlight_feed?rev=1265183735&do=diff ---------- => NPG ネイチャー アジア・パシフィック RSSフィードより フィード text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/ncbi%E3%81%AEweb%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%93%E3%82%B9?rev=1264296981&do=diff E-Utilitiesを使うことで、アプリケーションでNCBIのデータベースを活用できる。 <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html> SOAPサービスも利用できるようになった。 <http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html> text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/ncbi?rev=1264296981&do=diff NCBI text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/ncbi_blast_api?rev=1264296981&do=diff アプリケーションやWebアプリケーションでNCBIのBLAST検索APIを使うためのメモ * Base-URL:<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi> * URI-APIページ * 注意点など RIDの取得 CMD=Putを使ってRIDを得る。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/ndei?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [CATATG] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * 制限酵素テンプレート * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/nsii?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [ATGCAT] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O X X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-31T12:22:15+09:00 http://biowiki.symplus.com/o?rev=1264908135&do=diff O -> (元素)酸素 O -> (アミノ酸)オルニチン, Orn ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/orn?rev=1264296981&do=diff Orn -> オルニチン, Ornithine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/oxalic_acid?rev=1264296981&do=diff A strong dicarboxylic acid occurring in many plants and vegetables. It is produced in the body by metabolism of glyoxylic acid or ascorbic acid. It is not metabolized but excreted in the urine. It is used as an analytical reagent and general reducing agent. text/html 2010-01-31T12:25:19+09:00 http://biowiki.symplus.com/p?rev=1264908319&do=diff P -> (元素)リン, 燐 P -> (アミノ酸)プロリン, Pro ---------- 別名 text/html 2010-05-17T23:00:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/p53?rev=1274104824&do=diff p53タンパク質はDNA結合タンパク質で、がん化を抑制するサプレッサーである。ヒトの癌においてこのタンパク質における変異が頻繁にみられる。 * * p53 - RCSB Molecule of the month * 암억제 인자 p53 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/pcr?rev=1264296981&do=diff DNAやRNAの特定の部分を増幅する方法。プライマーと呼ばれる短いDNA断片を鋳型となる核酸にアニールし、ポリメラーゼで連鎖的に伸長する。微量の鋳型からでも増幅でき、反応が2時間程度と短時間であるため、遺伝子工学研究では必要不可欠な技術となっている。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/perkinelmermicroarraydatatable?rev=1264296981&do=diff * NCBIのGEO Accession viewerのデータを元に作成 ID_REFVALUE Ratio of Sample Intensity/Reference Intensity (Lowess normalized, background subtracted)Ch1 Median Raw median pixel intensity computed over the local signal regionCh1 Bkgd Raw median pixel intensity computed over the local background regionCh1 Med SD Standard deviation of pixel intensities over the local signal regionCh1 Bkgd SD Standard deviation of pixel intensities over the local background regionCh1 Area Number of pixels in the local signal re… text/html 2010-01-29T13:36:51+09:00 http://biowiki.symplus.com/pfu_dna_ligase?rev=1264739811&do=diff 好熱細菌 Pyrococcus furiosus (Pfu)のDNAリガーゼ。 PDB 酵素, PDB, JMol, PCR text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/phe?rev=1264296981&do=diff Phe -> フェニルアラニン, Phenylalanine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/pipes?rev=1264296981&do=diff Goodバッファーのひとつで、中性付近に緩衝能をもつ。pKa=7.48 (25ºC)。 バッファー, 化学構造 text/html 2010-04-26T06:16:19+09:00 http://biowiki.symplus.com/pnas_current_feed?rev=1272230179&do=diff フィード text/html 2010-02-03T16:59:13+09:00 http://biowiki.symplus.com/pnas_mfc_feed?rev=1265183953&do=diff ---------- =>PNAS - RSS feedsより PNAS, フィード text/html 2010-02-03T16:59:34+09:00 http://biowiki.symplus.com/pnas_mfr_feed?rev=1265183974&do=diff ---------- =>PNAS - RSS feedsより PNAS, フィード text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/pro?rev=1264296981&do=diff Pro -> プロリン, Proline 別名 text/html 2010-01-29T14:37:05+09:00 http://biowiki.symplus.com/protein_spotlight?rev=1264743425&do=diff <http://www.expasy.org/spotlight/> 「Protein Spotlight」 (ISSN 1424-4721) は、スイスバイオインフォマティクス研究所のSwiss-Protチームの月間レビューである。特定のタンパク質やタンパク質ファミリーについて、やさしく解説している。 text/html 2010-02-03T16:57:00+09:00 http://biowiki.symplus.com/protein_spotlight_feed?rev=1265183820&do=diff ---------- => XML Feedsより フィード text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/psti?rev=1264296981&do=diff PstI -> PSTI -> 認識サイト [CTGCAG] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O X X リンク * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE トリプシンインヒビターはトリプシンに結合して分解活性を抑制する。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/pubchem?rev=1264296981&do=diff 米国NCBIの化学物質データベースで、化学構造情報だけでなく、MeSHや生物学的なアッセイ方法、類似化合物などと関連づけられているのが特徴。 * PubChemサイト 下の検索ボックスで直接PubChemのキーワード検索ができます。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/pvui?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [CGATCG] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O X O with BSA * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/pvuii?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [CAGCTG] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O O O X O * 制限酵素 * AluI * MspA1I * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-01-31T12:26:46+09:00 http://biowiki.symplus.com/q?rev=1264908406&do=diff Q -> (アミノ酸)グルタミン, Gln ---------- 別名 text/html 2010-01-31T12:27:47+09:00 http://biowiki.symplus.com/r?rev=1264908467&do=diff R -> (塩基表記)グアニンあるいはアデニン (A/G) R -> (アミノ酸) アルギニン, Arg ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/rna%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296981&do=diff RNA分子は転写・翻訳・触媒機能・分子認識能など多彩な機能を持っている。特に、翻訳を行なうリボソームではmRNA、tRNAを含めてさまざまなRNAが機能することによってタンパク質合成が行なわれている。これらのRNAすべてを合成しているのがRNAポリメラーゼである。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/rna?rev=1264296981&do=diff RNA -> リボ核酸, Ribonucleic acid 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/rnase?rev=1264296981&do=diff RNAの分解酵素。DNaseと異なり、活性に補因子を必要としないため、変性後にもリフォールディングして活性を取り戻す。そのため、RNAを試料として扱う実験では厄介な存在でもある。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/rsai?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [GTAC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O O X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/rubisco?rev=1264296981&do=diff (リブロース二リン酸　カルボキシラーゼ／オキシゲナーゼ) 植物細胞が二酸化炭素を固定化する際に必要な酵素で、分子状二酸化炭素をリブロース二リン酸（炭素数5）に結合させる。さらに、炭素数が6個になったその鎖を２つのホスホグリセリン酸(炭素数3)に分解し、別の代謝系に供給する。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/s-%E3%82%A2%E3%83%87%E3%83%8E%E3%82%B7%E3%83%AB%E3%83%A1%E3%83%81%E3%82%AA%E3%83%8B%E3%83%B3?rev=1264296981&do=diff 生理学的なメチルラジカルの供与化合物で、酵素によるメチル転移反応に関わり、すべての生物組織の中に存在する。抗炎症作用があり、慢性的な肝疾患の治療に使われてきた。 アミノ酸, 化学構造, ラジカル text/html 2010-01-31T12:30:59+09:00 http://biowiki.symplus.com/s?rev=1264908659&do=diff S -> (塩基表記) グアニンあるいはシトシン (G/C) S -> (アミノ酸) セリン, Ser ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/saci?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [GAGCTC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O X X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sali?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [GTCGAC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O X X * 制限酵素 * HincII * AccI * TaqI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sau3ai?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [GATC] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O O O O X イソシゾマー MboI Sau3AIはMboIのイソシゾマー。MboIはメチル化サイトを切断できないが、Sau3AIはメチル化サイトも切断できるため、ゲノムDNAの部分消化にSau3AIが用いられることがある。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/scai?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [AGTACT] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% o o O X X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-02-05T13:49:40+09:00 http://biowiki.symplus.com/science_current_feed?rev=1265345380&do=diff フィード, feed, 論文 text/html 2010-02-05T13:50:58+09:00 http://biowiki.symplus.com/science_news_feed?rev=1265345458&do=diff フィード, feed text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sdbs?rev=1264296981&do=diff 有機化合物のスペクトルデータベース - SDBS 有機化合物の種々のスペクトル（Mass,13C NMR, 1H NMR, IR, ESR）データベース。 産業技術総合研究所が運営している。1日50件しか閲覧できない。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sds?rev=1264296981&do=diff SDS -> 硫酸ドデシルナトリウム, Sodium dodecyl sulfate 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/ser?rev=1264296981&do=diff Ser -> セリン, Serine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/show_database_entries?rev=1264296981&do=diff このWiki内では、さまざまなデータベースのエントリへ簡単にリンクが張れるようになっています。(Interwiki機構) 通常のリンクのように、[[(リンク)]]のように書きますが、リンクの部分にデータベースとIDを指定すると、データベースのエントリへのリンクが作成されます。 text/html 2010-02-24T12:13:40+09:00 http://biowiki.symplus.com/si%E6%8E%A5%E9%A0%AD%E8%AA%9E?rev=1266981220&do=diff 単位 乗数 デカ deca da 10 ヘクト hecto h 102 キロ kilo k 103 メガ mega M 106 ギガ giga G 109 テラ tera T 1012 ペタ peta P 1015 エクサ exa E 1018 ゼタ zetta Z 1021 ヨタ yotta Y 1024 単位 乗数 デシ deci d 10-1 センチ centi c 10-2 ミリ milli m 10-3 マイクロ micro μ 10-6 ナノ nano n 10-9 ピコ pico p 10-12 フェムト fem… text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/smai?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [CCCGGG] 反応温度 25 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O O O X * 制限酵素 * AvaI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑, 非37°C反応 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sodium_bisulfite%E5%8F%8D%E5%BF%9C?rev=1264296981&do=diff Sodium bisulfite Sodium bisulfite (重亜硫酸ナトリウム)はシトシンの脱アミノとそれに続くウラシルへの変換反応を行う。 メチル化シトシンではこの変換反応が起こらないため、メチル化されているかを適切なプライマーとPCRによって解析することができる(MSP)。エピジェネティクス研究に用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sphi?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [GCATGC] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% O O X O X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 3&#039;突出 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/spring-8?rev=1264296981&do=diff 線型加速器全長：140m 加速エネルギー：1GeV シンクロトロン周長：396m 電子エネルギー：8GeVまで加速 蓄積リング周長：1436m ビームライン62本(48本が稼動) 研究施設 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/src%E3%83%81%E3%83%AD%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%AD%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296981&do=diff 生体の細胞は、それぞれが協力して生命を維持している。協力するためには、別の細胞に要求を伝えたり、別の細胞からの要求を受け取ったりする仕組みが必要で、さらに、やりとりするためのメッセージは、細胞の外のシグナルを、細胞膜を通過して内部に伝えなければいけない。 そのメッセージのやりとりをするのが、Srcタンパク質で、細胞膜の内側あたりで成長を制御するメッセージの授受を行っている。Srcはチロシンキナーゼであり、別の分子のチロシンにリン酸を結合させることでメッセージを伝える。… text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sspi?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [AATATT] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X o X X X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-08-02T18:46:24+09:00 http://biowiki.symplus.com/start?rev=1280742384&do=diff 用語解説や実験プロトコルなど、自由に投稿・編集できるバイオ専門のWikiです。 * 運営会社である株式会社シンプラスは2010年度内に解散します。 * 解散にともない、新規業務は終了、継続業務も2010年8月31日に終了いたします。 * edu-wiki.orgドメイン上の全コンテンツは、管理者が会社から引き継ぎます。 * symplus.comドメイン上のツールやコンテンツは、要望があれば管理者が引き継ぎます。… text/html 2010-01-29T13:57:45+09:00 http://biowiki.symplus.com/start_en?rev=1264741065&do=diff Information resource for molecular biology Post & edit ! playground Use applets in ease ->Try as a Java applet <jmol phe.pdb.gz 150 150></jmol> Use PubMed and PubChem plugins You can create the link for the journal article with simple syntax using PubMed plugin. Moreover, you can create the link or retrieve the images from PubChem using PubChem plugin. text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/stui?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [AGGCCT] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% o O X o X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 平滑 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/sv40?rev=1264296981&do=diff ウィルス粒子は、単純かつ巧妙な構造を持っている。SV40は 5243塩基 の環状DNAを格納できる殻を、1種類のキャプシドタンパク質360個で組み上げてしまう。 * 今月の分子2003 * Simian Virus 40 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/t%E7%B4%B0%E8%83%9E%E5%8F%97%E5%AE%B9%E4%BD%93?rev=1264296981&do=diff T細胞受容体 (TCR)は、T細胞の表面に存在するレセプター。その多くはα鎖とβ鎖からなる。TCRはMHC分子に結合したウィルスのペプチド断片などの抗原を認識し、TCRがMHC分子と結合するとT細胞は活性化され、細胞障害性の細胞やヘルパー細胞へと変化する。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/t-%E3%83%99%E3%82%AF%E3%82%BF%E3%83%BC?rev=1264296981&do=diff TAクローニングで用いるT突出ベクター。PCR反応後のA突出フラグメントをそのままインサートできる。 調製 Taqを用いる系か、TdTを用いる系で作製できる。 SystemProductReferenceTaq + dTTPThymine-protruding1,3TdT + ddTTPThyimine-protruding2,3 * * * Ming-Yi Zhou and Celso E. Gomez-Sanchez, Universal TA Cloning. Current Issues in Molecular Biology, (2000) 2,1-7. (<http://www.open-access-biology.com/pcr/pcr-zhou.html>) text/html 2010-03-14T20:56:08+09:00 http://biowiki.symplus.com/t?rev=1268567768&do=diff T -> (塩基) チミン T -> (アミノ酸) スレオニン, Thr ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/t4_dna%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BC?rev=1264296981&do=diff 鋳型ssDNAとプライマーssDNAの存在下、プライマーの3'ヒドロキシル基に相補鎖を合成する（5'->3'合成活性）ポリメラーゼ。同時にssDNA特異的な3'->5'エキソヌクレアーゼ活性を持っている。DNAフラグメントの末端の平滑化に用いられる。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/ta%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0?rev=1264296981&do=diff オーバーハングがアデニンの断片とチミンの断片をリガーゼでライゲーションする、クローニング手法。TdT活性を持つポリメラーゼで作成したPCR産物のT-ベクターへライゲーションすることを示すことが多い。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tae%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC%E3%81%A8tbe%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC%E3%81%AE%E6%AF%94%E8%BC%83?rev=1264296981&do=diff TAEバッファーとTBEバッファーには以下のような違いがある。一般的に、アガロースゲル電気泳動には1xTAEまたは0.5x TAE、ポリアクリルアミドゲル(PAGE)には1xTBEが使用される。 核酸の回収率 TBEはゲルからのDNAの回収率が低いということがあるので、アガロースゲル電気泳動の場合は主にTAEが用いられてきました。ただ、最近の市販の回収キットは、TAE,TBEいずれからでも回収できるようになってきています。… text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tae%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC?rev=1264296981&do=diff アガロースゲル電気泳動などのバッファーとして用いられる、キレート剤EDTAと酢酸を含むTrisバッファー。 調製 50x TAE 組成Tris242 g酢酸57.1 mLEDTA・2Na (2)18.6 g濃度50x TAE2M Tris-acetate/ 50mM EDTA使用濃度 (1x)40 mM Tris-acetate / 1 mM EDTA text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/taq_dna%E3%83%9D%E3%83%AA%E3%83%A1%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%BCi?rev=1264296981&do=diff 好熱細菌Thermus aquaticus(Taq)のDNAポリメラーゼI。高温でも活性を失わないため、PCRに利用される。 PDB Taq DNA ポリメラーゼ／DNAの複合体結晶構造 * PCR * Pfu DNA ligase 酵素, PDB, JMol, PCR text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/taqi?rev=1264296981&do=diff 認識サイト [TCGA] 反応温度 65 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O O X * Origin: Thermus aquaticus YTI * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出, 非37°C反応 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tata%E7%B5%90%E5%90%88%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA?rev=1264296981&do=diff タンパク質のアミノ酸配列がコードされたDNA配列の上流には、RNAに転写を開始するためのプロモーターと呼ばれる特別な配列が配置されている。この部分には'TATA'という塩基配列が現れるため、TATA-boxと呼ばれる。このTATA-box配列を認識し、転写機構が働き始める位置を決めるのがTATA結合タンパク質である。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tbe%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC?rev=1264296981&do=diff PAGE電気泳動などのバッファーとして用いられる、EDTAとホウ酸(Borate)を含んだTrisバッファー。 調製 10x TBE 溶質 Tris108 gホウ酸(boric acid)55 gEDTA・2Na (2)3.7 g 濃度 10x TBE890mM Tris-borate/ 20mM EDTA使用濃度 (1x)89 mM Tris-borate / 2 mM EDTA text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tdt%E6%B4%BB%E6%80%A7?rev=1264296981&do=diff TdT（terminal deoxynucleotidyl-transferase)活性。2本鎖DNAの平滑末端の3'末端にヌクレオチドを1つだけ付加する活性。 TaqとPfu [TaqとPfuの生成物の違い] PCRで用いられるTaqなどがTdT活性をもっている。平滑末端の3'-OHにヌクレオチドを1つだけ付加するため、PCR産物も3'突出となる。基質としてdNTPを用いてもアデニンが選択的に付加される。 （PfuのようにTdT活性を持たない酵素は、PCR産物も平滑末端となる。）… text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/te?rev=1264296981&do=diff DNAを保存する際に使う、Tris/EDTA溶液。EDTAは、エンドヌクレアーゼの補因子である金属イオンをキレートし、DNAの分解を防ぐために添加されている。(-> 制限酵素の補因子) 調製法 Tris-HClバッファーEDTA ストック 1M Tris-HCl (pH8.0)10 mL0.5 M EDTA (pH8.0)2 mL => text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/thr?rev=1264296981&do=diff Thr -> スレオニン, トレオニン, Threonine 別名 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tricine?rev=1264296981&do=diff -> pKa(25ºC): 8.05 * 緩衝液 化学構造, バッファー text/html 2010-04-11T19:52:00+09:00 http://biowiki.symplus.com/tris-hcl%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC?rev=1270983120&do=diff Trisを塩酸で中和した緩衝液。安価でpKaが中性付近で分光測定も可能なので、生化学実験でよく用いられる。ただ、温度依存性／アミンの反応性／生理学的な干渉が実験系に影響を与えることがある。 text/html 2010-01-24T10:36:21+09:00 http://biowiki.symplus.com/tris?rev=1264296981&do=diff pKaが中性付近で分光学測定も可能なため、生化学実験でTris-HClバッファーとして使用されることが多い。 Name Tris base TromethamineMeSH mesh>68014325 Molecular Weight 121.13504 g/mol Molecular Formula XLogP -2.7 CAS No.77-86-1pKa(25ºC)8.08 * 緩衝液 * Tris-HClバッファー * トリス - サントリー text/html 2010-04-21T09:00:46+09:00 http://biowiki.symplus.com/trna?rev=1271808046&do=diff 転移RNA (transfer-RNA)。 3つの塩基配列(コドン)とアミノ酸分子を物理的に対応付けるRNA分子。DNAの情報はmRNAに転写され、その配列に相補するtRNAでアミノ酸配列として翻訳される。 * John G. Arnez and Dino Moras (1999) Transfer RNA. In “Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure” (Stephen Neidle, Editor) Oxford University Press. Pages 603-651. * Alexander Rich and Sung Hou Kim (1978) The Three-dimensional Structure of Transfer RNA. Scientific American 238 (No. 1), 52-62. * Jack Parker (1989) Errors and Alternatives in Reading the Universal Genetic Code. Microbio… text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/trp?rev=1264296987&do=diff Trp -> トリプトファン, Tryptophan 別名 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/tween_20?rev=1264296987&do=diff mono-9-octadecanoate poly(oxy-1,2-ethanediyl)の誘導体。両親媒的なポリオキシエチレンの性質によりエマルジョンの調製や溶質の可溶化に用いられる。 界面活性剤, 調製法, 化学構造 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/tyr?rev=1264296987&do=diff Tyr -> チロシン, タイロシン, Tyrosine 別名 text/html 2010-01-31T12:35:06+09:00 http://biowiki.symplus.com/u?rev=1264908906&do=diff U -> (核酸) ウラシル 別名 text/html 2010-01-31T12:35:45+09:00 http://biowiki.symplus.com/v?rev=1264908945&do=diff V -> (塩基表記) チミン以外の塩基 (A/C/G) V -> (アミノ酸) バリン, Val ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/val?rev=1264296987&do=diff Val -> バリン, Valine 別名 text/html 2010-01-31T12:36:34+09:00 http://biowiki.symplus.com/w?rev=1264908994&do=diff W -> (塩基表記) アデニンあるいはチミン (A/T) W -> (アミノ酸) トリプトファン, Trp ---------- 別名 text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/xbai?rev=1264296987&do=diff 認識サイト [TCTAGA] 反応温度 37 °C バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X O X X X * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 制限酵素, 5&#039;突出 text/html 2010-03-08T21:42:57+09:00 http://biowiki.symplus.com/xc?rev=1268052177&do=diff XC -> キシレンシアノールFF 電気泳動, 色素, マーカー, 別名 text/html 2010-01-28T11:12:19+09:00 http://biowiki.symplus.com/xlogp?rev=1264644739&do=diff ->分配係数 別名 text/html 2010-01-31T12:38:05+09:00 http://biowiki.symplus.com/y?rev=1264909085&do=diff Y -> (塩基表記) チミンあるいはシトシン (T/C) Y -> (アミノ酸) チロシン, Tyr ---------- 別名 text/html 2010-02-02T13:04:29+09:00 http://biowiki.symplus.com/yahoo_science_topics_feed?rev=1265083469&do=diff フィード text/html 2010-01-24T10:36:27+09:00 http://biowiki.symplus.com/zinc%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%BC?rev=1264296987&do=diff Zincフィンガーは、DNAを結合する構造モチーフで、カエルの卵の転写因子TFIIIAから発見された。20-30個程度の少ないアミノ酸残基からなり、2個のヒスチジンと2個のシステインが亜鉛イオン()に配位結合することで、DNAと結合する部分のαヘリックス構造が安定化されている。 text/html 2010-03-09T12:49:19+09:00 http://biowiki.symplus.com/znso4?rev=1268106559&do=diff ->硫酸亜鉛 別名